More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_1935 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_1935  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
375 aa  756    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00837309  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0326  extracellular ligand-binding receptor  91.92 
 
 
362 aa  629  1e-179  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.169936  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2534  extracellular ligand-binding receptor  67.92 
 
 
374 aa  473  1e-132  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2757  Extracellular ligand-binding receptor  67.92 
 
 
374 aa  474  1e-132  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.364388 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2462  Extracellular ligand-binding receptor  68.71 
 
 
373 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.109923 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3766  extracellular ligand-binding receptor  65.38 
 
 
378 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.760049 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3114  Extracellular ligand-binding receptor  60.9 
 
 
364 aa  437  1e-121  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4698  extracellular ligand-binding receptor  58.94 
 
 
366 aa  424  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.026016  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1746  extracellular ligand-binding receptor  45.93 
 
 
368 aa  317  3e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.681098  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3905  extracellular ligand-binding receptor  44.41 
 
 
388 aa  301  8.000000000000001e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.504593  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3510  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  41.21 
 
 
371 aa  296  4e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2392  extracellular ligand-binding receptor  39.89 
 
 
372 aa  295  8e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0457851 
 
 
-
 
NC_004310  BR1785  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  40.16 
 
 
371 aa  294  1e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5431  extracellular ligand-binding receptor  43.73 
 
 
372 aa  294  1e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.601412 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1720  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.16 
 
 
371 aa  294  1e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2171  extracellular ligand-binding receptor  43.49 
 
 
370 aa  293  4e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5391  Extracellular ligand-binding receptor  43.24 
 
 
417 aa  283  2.0000000000000002e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.59544  normal  0.2602 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  43.18 
 
 
375 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3328  extracellular ligand-binding receptor  42.9 
 
 
366 aa  282  6.000000000000001e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1117  extracellular ligand-binding receptor  41.09 
 
 
371 aa  280  2e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000089327  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  42.21 
 
 
372 aa  278  8e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4334  Extracellular ligand-binding receptor  41.62 
 
 
368 aa  275  6e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0248694  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1782  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  40.66 
 
 
371 aa  275  1.0000000000000001e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3323  Extracellular ligand-binding receptor  38.27 
 
 
373 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.41386 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3685  extracellular ligand-binding receptor  41.02 
 
 
371 aa  273  5.000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28436  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2254  extracellular ligand-binding receptor  40.71 
 
 
373 aa  271  2e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.412845 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5327  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  40.75 
 
 
372 aa  271  2e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.25236 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2615  extracellular ligand-binding receptor  39.5 
 
 
373 aa  271  2e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3067  Extracellular ligand-binding receptor  39.35 
 
 
374 aa  269  5e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.895812  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2213  extracellular ligand-binding receptor  38.33 
 
 
371 aa  268  1e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.650544 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1775  extracellular ligand-binding receptor  39.24 
 
 
370 aa  267  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.915027  normal  0.416814 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1774  extracellular ligand-binding receptor  40.92 
 
 
377 aa  267  2e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.110922  normal  0.433234 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5638  putative ABC transporter binding protein subunit  42.11 
 
 
413 aa  266  5e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64900  putative binding protein component of ABC transporter  42.4 
 
 
374 aa  264  2e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1618  extracellular ligand-binding receptor  39.22 
 
 
371 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.64009  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1118  extracellular ligand-binding receptor  40.52 
 
 
371 aa  262  6e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.0000205251  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0569  Extracellular ligand-binding receptor  37.57 
 
 
364 aa  260  3e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.783749  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2480  extracellular ligand-binding receptor  39.25 
 
 
375 aa  257  3e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143282  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4923  extracellular ligand-binding receptor  42.32 
 
 
378 aa  256  6e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000164326 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0727  extracellular ligand-binding receptor  40.34 
 
 
370 aa  255  7e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4659  extracellular ligand-binding receptor  42.03 
 
 
378 aa  255  8e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00580673 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0538  extracellular ligand-binding receptor  39.18 
 
 
368 aa  254  2.0000000000000002e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0513259  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4867  extracellular ligand-binding receptor  42.48 
 
 
378 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0924005  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4745  extracellular ligand-binding receptor  42.48 
 
 
378 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000119526 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26140  ABC trasporter substrate binding protein  38.19 
 
 
371 aa  253  3e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.0025399  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2319  extracellular ligand-binding receptor  39.25 
 
 
371 aa  250  3e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3203  extracellular ligand-binding receptor  39.09 
 
 
372 aa  249  4e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.458632 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2491  extracellular ligand-binding receptor  37.9 
 
 
373 aa  247  2e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946067  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0552  extracellular ligand-binding receptor  40.45 
 
 
377 aa  245  8e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0988947  normal  0.266185 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0651  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.76 
 
 
399 aa  243  3e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.837637  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3623  extracellular ligand-binding receptor  37.76 
 
 
372 aa  243  3e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.606149  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3348  extracellular ligand-binding receptor  37.76 
 
 
372 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5019  extracellular ligand-binding receptor  37.76 
 
 
372 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5268  extracellular ligand-binding receptor  37.76 
 
 
372 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0862  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  36.66 
 
 
371 aa  241  1e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.22915  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2138  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  36.66 
 
 
371 aa  241  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.469771  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0772  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  36.66 
 
 
371 aa  241  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1839  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  37.1 
 
 
371 aa  239  4e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.201932  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  36.04 
 
 
373 aa  239  6.999999999999999e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1158  extracellular ligand-binding receptor  34.25 
 
 
371 aa  239  8e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0616664  normal  0.0422789 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4919  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.23 
 
 
380 aa  237  3e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4432  extracellular ligand-binding receptor  36.87 
 
 
372 aa  236  4e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.197262  hitchhiker  0.000137112 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3863  extracellular ligand-binding receptor  37.64 
 
 
366 aa  236  5.0000000000000005e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0437256 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4947  extracellular ligand-binding receptor  36.87 
 
 
372 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4276  extracellular ligand-binding receptor  33.98 
 
 
371 aa  236  6e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  35.5 
 
 
373 aa  235  9e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  34.06 
 
 
374 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1387  extracellular ligand-binding receptor  37.17 
 
 
373 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.279691 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0486  extracellular ligand-binding receptor  37.43 
 
 
374 aa  233  3e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.853674  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3861  extracellular ligand-binding receptor  35.87 
 
 
369 aa  232  7.000000000000001e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.18815 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0104  Extracellular ligand-binding receptor  35.57 
 
 
370 aa  232  7.000000000000001e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0098  Extracellular ligand-binding receptor  36.13 
 
 
370 aa  231  1e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.06 
 
 
374 aa  230  3e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0042  extracellular ligand-binding receptor  35.14 
 
 
368 aa  230  3e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1175  extracellular ligand-binding receptor  33.7 
 
 
371 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.343144  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0597  extracellular ligand-binding receptor  40.17 
 
 
378 aa  230  4e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4331  extracellular ligand-binding receptor  37.07 
 
 
373 aa  229  6e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3294  ABC transporter substrate binding protein (branched chain amino acid)  36.76 
 
 
368 aa  229  7e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0602747  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  33.43 
 
 
375 aa  229  7e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1141  extracellular ligand-binding receptor  33.43 
 
 
371 aa  229  8e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3335  extracellular ligand-binding receptor  35.94 
 
 
370 aa  228  9e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  35.36 
 
 
368 aa  228  1e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0257  Extracellular ligand-binding receptor  36.01 
 
 
369 aa  227  2e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3656  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  36.01 
 
 
369 aa  227  2e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3864  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  36.01 
 
 
369 aa  227  2e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4775  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  36.01 
 
 
369 aa  227  2e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3937  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  36.01 
 
 
369 aa  227  2e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3740  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  35.33 
 
 
369 aa  227  2e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0258  extracellular ligand-binding receptor  36.01 
 
 
369 aa  227  2e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1870  extracellular ligand-binding receptor  35.24 
 
 
358 aa  226  4e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0220738 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3876  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  35.91 
 
 
369 aa  226  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  35.07 
 
 
368 aa  226  7e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3769  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  36.61 
 
 
365 aa  226  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3872  Extracellular ligand-binding receptor  32.87 
 
 
370 aa  225  8e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3833  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  35.91 
 
 
369 aa  224  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3755  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  35.91 
 
 
369 aa  224  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3759  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  36.31 
 
 
367 aa  225  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3743  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  36.21 
 
 
367 aa  225  1e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03260  hypothetical protein  35.73 
 
 
369 aa  224  1e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3766  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  35.91 
 
 
369 aa  225  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>