More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_1904 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0792  Extracellular ligand-binding receptor  91 
 
 
400 aa  763    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1904  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
400 aa  823    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1927  extracellular ligand-binding receptor  49.75 
 
 
406 aa  413  1e-114  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195593  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5995  putative leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  49.12 
 
 
407 aa  411  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524183  normal  0.0200525 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0363  extracellular ligand-binding receptor  31.37 
 
 
413 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0895  extracellular ligand-binding receptor  30.79 
 
 
421 aa  148  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0004  extracellular ligand-binding receptor  28.93 
 
 
417 aa  144  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000538672 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2884  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  28.93 
 
 
414 aa  139  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.144097 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1561  extracellular ligand-binding receptor  31.82 
 
 
402 aa  137  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1092  Extracellular ligand-binding receptor  28.95 
 
 
434 aa  138  2e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.629609  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0641  extracellular ligand-binding receptor  28.3 
 
 
418 aa  137  4e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0197785 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1847  twin-arginine translocation pathway signal  28.47 
 
 
416 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  27.66 
 
 
434 aa  134  3e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3620  twin-arginine translocation pathway signal  28.27 
 
 
416 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.963637  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1948  Extracellular ligand-binding receptor  27.44 
 
 
415 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1620  extracellular ligand-binding receptor  29.74 
 
 
408 aa  122  9e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.294267  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1665  extracellular ligand-binding receptor  26.14 
 
 
414 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.910877  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2126  extracellular ligand-binding receptor  26.28 
 
 
416 aa  114  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105916  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1098  Extracellular ligand-binding receptor  24.48 
 
 
416 aa  113  5e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0210365  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1562  extracellular ligand-binding receptor  28.85 
 
 
406 aa  113  6e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.775767  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  25.12 
 
 
397 aa  112  1.0000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1502  extracellular ligand-binding receptor  25.38 
 
 
418 aa  105  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23648  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  25.59 
 
 
394 aa  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1830  Extracellular ligand-binding receptor  26.42 
 
 
381 aa  104  3e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.000000559355  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3685  extracellular ligand-binding receptor  26.79 
 
 
371 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28436  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0853  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.06 
 
 
381 aa  100  6e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18061  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  27.62 
 
 
372 aa  100  6e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.62 
 
 
385 aa  99.8  7e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5327  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  25.15 
 
 
372 aa  99.8  8e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.25236 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1775  extracellular ligand-binding receptor  27.51 
 
 
370 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.915027  normal  0.416814 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3905  extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 
388 aa  98.6  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.504593  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5642  extracellular ligand-binding receptor  26.3 
 
 
411 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324496  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4914  extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 
375 aa  98.6  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.113346  normal  0.710388 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3203  extracellular ligand-binding receptor  31.58 
 
 
372 aa  97.8  3e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.458632 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4334  Extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 
368 aa  97.4  4e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0248694  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2254  extracellular ligand-binding receptor  30.8 
 
 
373 aa  97.4  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.412845 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5431  extracellular ligand-binding receptor  27.89 
 
 
372 aa  96.3  9e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.601412 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1774  extracellular ligand-binding receptor  26.46 
 
 
377 aa  95.5  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.110922  normal  0.433234 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2213  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
371 aa  93.2  6e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.650544 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0400  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.65 
 
 
387 aa  92  1e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2392  extracellular ligand-binding receptor  30.24 
 
 
372 aa  92.4  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0457851 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2140  extracellular ligand-binding receptor  25.72 
 
 
407 aa  92.4  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.285517 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2615  extracellular ligand-binding receptor  25.89 
 
 
373 aa  92.8  1e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  28.19 
 
 
375 aa  92  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3748  Extracellular ligand-binding receptor  31.05 
 
 
401 aa  92  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.253584  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3510  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  27.25 
 
 
371 aa  92  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3400  extracellular ligand-binding receptor  22.83 
 
 
436 aa  91.3  3e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.41623  normal  0.0330149 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0569  Extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 
364 aa  91.3  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.783749  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3159  extracellular ligand-binding receptor  27.93 
 
 
376 aa  90.5  4e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5337  Extracellular ligand-binding receptor  25.47 
 
 
383 aa  90.9  4e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.958288  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3294  ABC transporter substrate binding protein (branched chain amino acid)  28.06 
 
 
368 aa  90.1  5e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0602747  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0392  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.28 
 
 
403 aa  90.1  6e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.224611  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1618  extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 
371 aa  90.1  6e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.64009  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.33 
 
 
374 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  26.41 
 
 
375 aa  90.1  7e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0258  amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  29.6 
 
 
393 aa  89.7  8e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4261  extracellular ligand-binding receptor  25.52 
 
 
373 aa  89.4  9e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  27.08 
 
 
339 aa  89  1e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0538  extracellular ligand-binding receptor  27.68 
 
 
368 aa  89  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0513259  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1925  extracellular ligand-binding receptor  25.61 
 
 
377 aa  89  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0315464  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5152  extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 
383 aa  88.2  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.482519  normal  0.580615 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4698  extracellular ligand-binding receptor  29.11 
 
 
366 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.026016  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3768  extracellular ligand-binding receptor  23.96 
 
 
373 aa  87.8  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000000114958  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  27.1 
 
 
382 aa  87.4  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4242  extracellular ligand-binding receptor  23.58 
 
 
373 aa  87  5e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000756343  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1746  extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 
368 aa  87  5e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.681098  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1592  leucine-specific binding precursor transmembrane protein  25.28 
 
 
380 aa  87  6e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
383 aa  87  6e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3416  extracellular ligand-binding receptor  26.38 
 
 
383 aa  86.7  6e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2491  extracellular ligand-binding receptor  30.74 
 
 
373 aa  86.7  7e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946067  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  26.79 
 
 
374 aa  86.3  8e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0727  extracellular ligand-binding receptor  29.7 
 
 
370 aa  86.3  9e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
383 aa  86.3  9e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2750  Extracellular ligand-binding receptor  28.22 
 
 
375 aa  86.3  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1141  extracellular ligand-binding receptor  26.11 
 
 
371 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1175  extracellular ligand-binding receptor  26.11 
 
 
371 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.343144  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1661  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.45 
 
 
373 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  normal  0.0729717 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0861  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.76 
 
 
401 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00284433  normal  0.49325 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4919  extracellular ligand-binding receptor  26.06 
 
 
376 aa  85.5  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  28.05 
 
 
376 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5249  extracellular ligand-binding receptor  26.24 
 
 
383 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.513235 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0472  Extracellular ligand-binding receptor  27.46 
 
 
373 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.538302  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0042  extracellular ligand-binding receptor  25.76 
 
 
368 aa  85.5  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1387  extracellular ligand-binding receptor  26.38 
 
 
373 aa  85.5  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.279691 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  24.07 
 
 
383 aa  85.1  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2411  extracellular ligand-binding receptor  24.63 
 
 
376 aa  85.1  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.32979  normal  0.572085 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  25.88 
 
 
402 aa  85.5  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3114  Extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
364 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1785  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.95 
 
 
371 aa  84.3  0.000000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  26.43 
 
 
373 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1720  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.95 
 
 
371 aa  84.3  0.000000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3323  Extracellular ligand-binding receptor  26.22 
 
 
373 aa  84.3  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.41386 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2171  extracellular ligand-binding receptor  26.06 
 
 
370 aa  83.6  0.000000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0906  extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 
439 aa  83.2  0.000000000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4276  extracellular ligand-binding receptor  25.85 
 
 
371 aa  83.2  0.000000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1728  Extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
375 aa  82.8  0.000000000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1158  extracellular ligand-binding receptor  25.85 
 
 
371 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0616664  normal  0.0422789 
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  25.23 
 
 
368 aa  82.8  0.00000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1539  Extracellular ligand-binding receptor  26.54 
 
 
383 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  25.23 
 
 
368 aa  82.8  0.00000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>