More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_2965 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_1815  extracellular ligand-binding receptor  78.71 
 
 
419 aa  678    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00146471 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2965  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
413 aa  842    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.820015  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1941  Extracellular ligand-binding receptor  67.73 
 
 
416 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4759  extracellular ligand-binding receptor  70.23 
 
 
421 aa  588  1e-167  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0064  Extracellular ligand-binding receptor  67.08 
 
 
421 aa  584  1e-166  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4762  extracellular ligand-binding receptor  68.37 
 
 
424 aa  580  1e-164  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.78314 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4089  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  63.46 
 
 
428 aa  542  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.120438  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0482  extracellular ligand-binding receptor  53.3 
 
 
412 aa  441  9.999999999999999e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1322  extracellular ligand-binding receptor  50.4 
 
 
418 aa  390  1e-107  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0679703  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3307  Extracellular ligand-binding receptor  30.81 
 
 
461 aa  171  2e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1321  Extracellular ligand-binding receptor  27.01 
 
 
444 aa  148  2.0000000000000003e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1254  Extracellular ligand-binding receptor  29.4 
 
 
474 aa  142  9e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3808  Extracellular ligand-binding receptor  26.28 
 
 
434 aa  129  1.0000000000000001e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2285  extracellular ligand-binding receptor  27.52 
 
 
417 aa  112  1.0000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.89 
 
 
376 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1257  extracellular ligand-binding receptor  28.32 
 
 
386 aa  104  3e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000744493  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  27.93 
 
 
381 aa  102  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1310  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.63 
 
 
389 aa  102  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.381196  normal  0.934076 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 
381 aa  100  5e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  25.6 
 
 
382 aa  100  5e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  24.7 
 
 
397 aa  99.4  9e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  26.37 
 
 
381 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  27.75 
 
 
376 aa  97.8  3e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  26.63 
 
 
377 aa  97.4  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0052  Extracellular ligand-binding receptor  30.06 
 
 
387 aa  96.7  7e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 
398 aa  96.7  7e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  24.6 
 
 
394 aa  95.1  2e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  25.62 
 
 
389 aa  95.1  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.544878  normal  0.0284097 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
384 aa  95.1  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2993  hypothetical protein  29.67 
 
 
386 aa  94.4  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5900  extracellular ligand-binding receptor  26.33 
 
 
384 aa  93.6  6e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.137338 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3728  extracellular ligand-binding receptor  27.89 
 
 
392 aa  93.6  7e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.172455  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  25.22 
 
 
382 aa  93.2  8e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 
378 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  28.78 
 
 
404 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4422  extracellular ligand-binding receptor  28.4 
 
 
384 aa  92  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0906  extracellular ligand-binding receptor  23.94 
 
 
439 aa  92  2e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1193  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.54 
 
 
406 aa  91.3  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0404  extracellular ligand-binding receptor  26.06 
 
 
409 aa  91.3  3e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0168747  normal  0.259327 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1095  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.54 
 
 
406 aa  91.3  3e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0326  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
441 aa  91.3  3e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.933316  normal  0.182521 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2589  extracellular ligand-binding receptor  25.48 
 
 
390 aa  91.3  3e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.282343  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  23.64 
 
 
402 aa  90.5  5e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  29.01 
 
 
339 aa  90.5  5e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0514  extracellular ligand-binding receptor  24.13 
 
 
409 aa  89.7  8e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2306  extracellular ligand-binding receptor  23.92 
 
 
376 aa  89.7  8e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  26.02 
 
 
397 aa  89.4  1e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3645  extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 
401 aa  89.4  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.218866  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0067  Extracellular ligand-binding receptor  25.66 
 
 
376 aa  88.2  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188079 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3492  extracellular ligand-binding receptor  28.86 
 
 
386 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.839805 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  24.38 
 
 
390 aa  87.8  3e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4030  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
386 aa  87.8  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.229342  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1798  extracellular ligand-binding receptor  29.35 
 
 
402 aa  87.4  4e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.637603  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0360  extracellular ligand-binding receptor  30.38 
 
 
381 aa  87  5e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  26.76 
 
 
384 aa  86.7  8e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0834  extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 
373 aa  86.3  9e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6648  Extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 
382 aa  85.5  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0122953  normal  0.152 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1970  extracellular ligand-binding receptor  25.92 
 
 
372 aa  85.5  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0123  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  27.46 
 
 
445 aa  84.3  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4434  extracellular ligand-binding receptor  25.36 
 
 
378 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  25.7 
 
 
402 aa  84.7  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1524  extracellular ligand-binding receptor  23.53 
 
 
459 aa  84.7  0.000000000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0533175  normal  0.466259 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4231  Extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 
384 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1620  extracellular ligand-binding receptor  27.98 
 
 
408 aa  84.3  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.294267  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  25.28 
 
 
380 aa  84  0.000000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  22.38 
 
 
394 aa  83.6  0.000000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.02 
 
 
378 aa  83.2  0.000000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
395 aa  82.8  0.000000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  26.99 
 
 
415 aa  83.2  0.000000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1972  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
403 aa  82.8  0.000000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0229  Extracellular ligand-binding receptor  25.75 
 
 
441 aa  82.8  0.00000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  decreased coverage  0.00108704  normal  0.192891 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  27.66 
 
 
381 aa  82.4  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  25.64 
 
 
379 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  25.77 
 
 
381 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 
399 aa  82  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  25.72 
 
 
411 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  24.8 
 
 
389 aa  82  0.00000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
400 aa  82  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5695  Extracellular ligand-binding receptor  26.73 
 
 
382 aa  81.6  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0211011  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  23.42 
 
 
383 aa  81.3  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  23.42 
 
 
383 aa  80.9  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  27.54 
 
 
384 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  25.68 
 
 
376 aa  81.3  0.00000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  24.62 
 
 
404 aa  80.9  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  25.49 
 
 
379 aa  80.9  0.00000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  23.68 
 
 
383 aa  80.5  0.00000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  27.54 
 
 
393 aa  80.5  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0895  extracellular ligand-binding receptor  25.49 
 
 
421 aa  80.5  0.00000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
380 aa  80.5  0.00000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3303  extracellular ligand-binding receptor  25.31 
 
 
393 aa  80.5  0.00000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  25.62 
 
 
396 aa  80.5  0.00000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5642  extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 
411 aa  80.5  0.00000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324496  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  25.47 
 
 
434 aa  80.5  0.00000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0549  extracellular ligand-binding receptor  22.73 
 
 
453 aa  80.5  0.00000000000006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.183642  hitchhiker  0.0000167924 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  26.63 
 
 
399 aa  80.1  0.00000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  25.3 
 
 
390 aa  80.5  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  24.32 
 
 
404 aa  80.1  0.00000000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  29.18 
 
 
405 aa  79.7  0.00000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  24.74 
 
 
394 aa  79.3  0.0000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0299  extracellular ligand-binding receptor  29.11 
 
 
403 aa  79.7  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102439  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>