More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2589 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_2589  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
390 aa  796    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.282343  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3208  Extracellular ligand-binding receptor  26.95 
 
 
376 aa  99.8  8e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0472  Extracellular ligand-binding receptor  27.99 
 
 
373 aa  97.8  3e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.538302  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3295  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.51 
 
 
379 aa  95.1  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114756  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  26.44 
 
 
394 aa  92.8  1e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6166  extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 
375 aa  90.5  4e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.644445  normal  0.0557295 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  27.87 
 
 
400 aa  90.1  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  26.39 
 
 
376 aa  89.7  7e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.47 
 
 
376 aa  89.7  8e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  28.81 
 
 
398 aa  89  1e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1941  Extracellular ligand-binding receptor  26.6 
 
 
416 aa  88.6  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4089  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  26.41 
 
 
428 aa  88.6  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.120438  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3401  extracellular ligand-binding receptor  25.95 
 
 
381 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.526257  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2941  extracellular ligand-binding receptor  25.6 
 
 
379 aa  87.8  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.70065  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0129  extracellular ligand-binding receptor  25.6 
 
 
379 aa  87.8  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.212558  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0114  extracellular ligand-binding receptor  25.6 
 
 
379 aa  87.8  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4759  extracellular ligand-binding receptor  25.26 
 
 
421 aa  87  5e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0104  extracellular ligand-binding receptor  25.98 
 
 
379 aa  87  5e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0113  extracellular ligand-binding receptor  25.98 
 
 
379 aa  86.7  6e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0115  extracellular ligand-binding receptor  25.98 
 
 
379 aa  86.7  6e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1661  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.92 
 
 
373 aa  86.7  7e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  normal  0.0729717 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0363  extracellular ligand-binding receptor  25.52 
 
 
413 aa  86.3  8e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2965  extracellular ligand-binding receptor  24.87 
 
 
413 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.820015  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0064  Extracellular ligand-binding receptor  24.69 
 
 
421 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0141  extracellular ligand-binding receptor  26.57 
 
 
406 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.202322  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2867  extracellular ligand-binding receptor  27.63 
 
 
401 aa  85.9  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.867317  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  26.99 
 
 
390 aa  84.3  0.000000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 
378 aa  84  0.000000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1575  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.28 
 
 
379 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3027  putative periplasmic substrate-binding protein  26.28 
 
 
379 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0165  outative extracellular ligand binding protein  26.28 
 
 
379 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4031  putative periplasmic substrate-binding protein  26.28 
 
 
379 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3957  putative periplasmic substrate-binding protein  26.28 
 
 
379 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.877185  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3344  putative periplasmic substrate-binding protein  26.28 
 
 
379 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2480  extracellular ligand-binding receptor  26.37 
 
 
375 aa  83.6  0.000000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143282  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4762  extracellular ligand-binding receptor  25.31 
 
 
424 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.78314 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3300  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.98 
 
 
379 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3428  extracellular ligand-binding receptor  24.8 
 
 
388 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
371 aa  82  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1815  extracellular ligand-binding receptor  24.51 
 
 
419 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00146471 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0792  Extracellular ligand-binding receptor  27.63 
 
 
400 aa  80.9  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2750  Extracellular ligand-binding receptor  26.52 
 
 
375 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  26.55 
 
 
393 aa  81.3  0.00000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1925  extracellular ligand-binding receptor  26.05 
 
 
377 aa  80.5  0.00000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0315464  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1870  extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 
358 aa  80.1  0.00000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0220738 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  23.65 
 
 
397 aa  80.5  0.00000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.2 
 
 
374 aa  80.1  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4359  extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 
373 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4008  extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 
373 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.746913  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4231  Extracellular ligand-binding receptor  25.59 
 
 
384 aa  79.7  0.00000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4030  extracellular ligand-binding receptor  25.22 
 
 
386 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.229342  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5431  extracellular ligand-binding receptor  25.53 
 
 
372 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.601412 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1927  extracellular ligand-binding receptor  25.8 
 
 
406 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195593  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  27.01 
 
 
401 aa  79  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  27.01 
 
 
401 aa  79.3  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2966  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.99 
 
 
375 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  25.22 
 
 
381 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2319  extracellular ligand-binding receptor  25.56 
 
 
371 aa  78.6  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2392  extracellular ligand-binding receptor  27.07 
 
 
372 aa  78.2  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0457851 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  28.38 
 
 
339 aa  78.2  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3492  extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 
386 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.839805 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3989  extracellular ligand-binding receptor  23.03 
 
 
388 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.143637 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4492  extracellular ligand-binding receptor  24.36 
 
 
388 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.531817 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  24.72 
 
 
373 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  25.42 
 
 
381 aa  77.4  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6618  extracellular ligand-binding receptor  22.86 
 
 
382 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.868668 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5995  extracellular ligand-binding receptor  25.7 
 
 
373 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.814001  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.21 
 
 
402 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3506  extracellular ligand-binding receptor  22.75 
 
 
388 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
382 aa  77  0.0000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1205  extracellular ligand-binding receptor  26.5 
 
 
384 aa  76.6  0.0000000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00000303202  normal  0.322412 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2140  extracellular ligand-binding receptor  23.67 
 
 
407 aa  76.3  0.0000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.285517 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  25.41 
 
 
374 aa  76.3  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3495  Extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 
381 aa  76.3  0.0000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0853  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  22.51 
 
 
381 aa  76.3  0.0000000000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18061  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1972  extracellular ligand-binding receptor  22.49 
 
 
403 aa  76.3  0.0000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3623  extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 
372 aa  76.3  0.0000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.606149  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4261  extracellular ligand-binding receptor  26.54 
 
 
373 aa  76.3  0.0000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0398  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  29.87 
 
 
391 aa  76.3  0.0000000000009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000849541  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1904  extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 
400 aa  75.5  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  25.65 
 
 
375 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0651  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.02 
 
 
399 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.837637  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5019  extracellular ligand-binding receptor  26.02 
 
 
372 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2254  extracellular ligand-binding receptor  31.06 
 
 
373 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.412845 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3348  extracellular ligand-binding receptor  26.02 
 
 
372 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4432  extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 
372 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.197262  hitchhiker  0.000137112 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3323  Extracellular ligand-binding receptor  27.17 
 
 
373 aa  75.5  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.41386 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5268  extracellular ligand-binding receptor  26.02 
 
 
372 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.6 
 
 
380 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.6 
 
 
380 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3300  putative amino-acid transport signal peptide protein  26.34 
 
 
377 aa  75.1  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.6 
 
 
380 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4242  extracellular ligand-binding receptor  26.11 
 
 
373 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000756343  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0258  amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  25.68 
 
 
393 aa  74.7  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0004  extracellular ligand-binding receptor  23.98 
 
 
417 aa  75.1  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000538672 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  23.32 
 
 
383 aa  75.1  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  24.13 
 
 
402 aa  75.5  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4271  extracellular ligand-binding receptor  23.24 
 
 
388 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  23.59 
 
 
383 aa  75.5  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4095  extracellular ligand-binding receptor  23.24 
 
 
388 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>