More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2993 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_2993  hypothetical protein  100 
 
 
386 aa  776    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6648  Extracellular ligand-binding receptor  79.61 
 
 
382 aa  574  1.0000000000000001e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0122953  normal  0.152 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5695  Extracellular ligand-binding receptor  79.61 
 
 
382 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0211011  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4422  extracellular ligand-binding receptor  80.11 
 
 
384 aa  568  1e-161  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1310  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  66.84 
 
 
389 aa  555  1e-157  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.381196  normal  0.934076 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5900  extracellular ligand-binding receptor  66.05 
 
 
384 aa  542  1e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.137338 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0052  Extracellular ligand-binding receptor  68.78 
 
 
387 aa  535  1e-151  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2007  urea ABC transporter, urea binding protein  39.52 
 
 
405 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  37.39 
 
 
443 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4361  extracellular ligand-binding receptor  37.14 
 
 
438 aa  208  1e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000367621  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  37.54 
 
 
397 aa  202  9.999999999999999e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2260  urea ABC transporter, urea binding protein  35.15 
 
 
440 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.411735  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0130  extracellular ligand-binding receptor  32.72 
 
 
423 aa  197  4.0000000000000005e-49  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0243473 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  35.26 
 
 
418 aa  193  4e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  32.72 
 
 
421 aa  191  2e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1597  urea ABC transporter, urea binding protein  33.43 
 
 
414 aa  190  4e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.948764  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.59 
 
 
393 aa  190  4e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  34.3 
 
 
393 aa  190  4e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5759  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  33.42 
 
 
411 aa  187  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  36.16 
 
 
405 aa  186  6e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4078  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.42 
 
 
414 aa  186  6e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.749846  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0809  Extracellular ligand-binding receptor  34.38 
 
 
414 aa  186  8e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
419 aa  185  1.0000000000000001e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2250  putative urea ABC transporter, urea binding protein  33.59 
 
 
431 aa  184  2.0000000000000003e-45  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.582147  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1775  twin-arginine translocation pathway signal  33.61 
 
 
414 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185236  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  33.51 
 
 
419 aa  184  2.0000000000000003e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2975  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.38 
 
 
416 aa  184  3e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.13601 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5668  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.26 
 
 
424 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851164  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1711  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.57 
 
 
421 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0299695  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0349  extracellular ligand-binding receptor  32.78 
 
 
407 aa  182  1e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29741  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  34.99 
 
 
431 aa  181  2e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0564  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.9 
 
 
420 aa  181  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08881  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  33.79 
 
 
425 aa  181  2e-44  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3732  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.98 
 
 
424 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4636  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.98 
 
 
424 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3112  urea ABC transporter, urea binding protein  32.53 
 
 
416 aa  179  7e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3145  urea ABC transporter, urea binding protein  34.12 
 
 
422 aa  177  3e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  33.72 
 
 
463 aa  177  4e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1252  amide-urea binding protein  33.24 
 
 
392 aa  176  6e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0854371  normal  0.451875 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4292  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  33.07 
 
 
412 aa  176  6e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0103855 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3381  twin-arginine translocation pathway signal  33.85 
 
 
419 aa  176  7e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3864  amide-urea binding protein  33.33 
 
 
420 aa  176  9e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601855  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1443  urea ABC transporter, urea binding protein  33.06 
 
 
420 aa  175  9e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1953  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  31.65 
 
 
410 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3322  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  32.33 
 
 
415 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12992  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19191  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  33.08 
 
 
425 aa  172  6.999999999999999e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1048  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  33.08 
 
 
425 aa  172  6.999999999999999e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.293483  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4012  urea ABC transporter, urea binding protein  32.23 
 
 
422 aa  172  6.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.394915  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3587  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.72 
 
 
418 aa  172  9e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  32.87 
 
 
413 aa  172  1e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0654  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  32.23 
 
 
391 aa  172  1e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.379667 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0810  putative PAS/PAC sensor protein  33.62 
 
 
840 aa  172  1e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.643579  normal  0.828908 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2620  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  33.06 
 
 
432 aa  171  3e-41  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0558299  normal  0.886918 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3020  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  31.46 
 
 
412 aa  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.692302 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2663  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  31.03 
 
 
412 aa  170  4e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0749447  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0997  twin-arginine translocation pathway signal  32.91 
 
 
427 aa  169  7e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  32.47 
 
 
421 aa  169  1e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  32.47 
 
 
421 aa  169  1e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  31.9 
 
 
402 aa  167  2e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0220  urea ABC transporter, urea binding protein  33.33 
 
 
421 aa  168  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618006  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0701  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  32.74 
 
 
421 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.525993  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3202  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, amiC  30.87 
 
 
412 aa  167  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.836908 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0829  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  33.24 
 
 
425 aa  166  4e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08861  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  33.24 
 
 
425 aa  166  5e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1139  urea ABC transporter, urea binding protein  31.37 
 
 
413 aa  166  5e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5512  ABC transporter substrate-binding protein  30.39 
 
 
422 aa  166  5e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115941  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1200  urea ABC transporter, urea binding protein  32.18 
 
 
413 aa  166  5e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12535 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1360  urea ABC transporter, urea binding protein  31.91 
 
 
413 aa  166  8e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396806  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1674  urea ABC transporter, urea binding protein  34.77 
 
 
407 aa  165  1.0000000000000001e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  31.03 
 
 
402 aa  165  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4841  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.74 
 
 
421 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.365474 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4719  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  32.74 
 
 
421 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.14369  normal  0.0383938 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0976  urea ABC transporter, urea binding protein  31.77 
 
 
426 aa  164  2.0000000000000002e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0593  urea ABC transporter, urea binding protein  30.94 
 
 
418 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0692994 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6186  urea ABC transporter, urea binding protein  31.52 
 
 
410 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.411723  normal  0.830735 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3381  ABC transporter substrate-binding protein  32.36 
 
 
417 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3690  urea ABC transporter, urea binding protein  32.36 
 
 
417 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7583  ABC transporter substrate-binding protein  32.11 
 
 
393 aa  163  5.0000000000000005e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185627  normal  0.979023 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3572  ABC transporter substrate-binding protein  30.94 
 
 
422 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.536665  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1393  twin-arginine translocation pathway signal  31.81 
 
 
428 aa  162  6e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656328  normal  0.386042 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1255  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic protein  31.77 
 
 
445 aa  162  7e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.857524 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4898  urea ABC transporter, urea binding protein  32.23 
 
 
421 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0308389 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2193  urea ABC transporter, urea binding protein  31.51 
 
 
418 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  31.03 
 
 
421 aa  161  2e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4229  hypothetical protein  31.68 
 
 
426 aa  160  3e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.527328  normal  0.405756 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4426  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.15 
 
 
421 aa  160  4e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.171999 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4149  putative urea short-chain amide or branched-chain amino acid uptake ABC transporter  30.91 
 
 
434 aa  160  4e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1870  urea ABC transporter, urea binding protein  32.55 
 
 
418 aa  159  1e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.510403  normal  0.303887 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1443  twin-arginine translocation pathway signal  31.33 
 
 
420 aa  159  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3211  twin-arginine translocation pathway signal  31.69 
 
 
420 aa  159  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.35137  normal  0.840301 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1084  urea ABC transporter, urea binding protein  32.73 
 
 
425 aa  159  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4633  urea ABC transporter, urea binding protein  31.46 
 
 
421 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.688874  normal  0.0837107 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64270  hypothetical protein  31.19 
 
 
421 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00916173  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3500  twin-arginine translocation pathway signal  31.97 
 
 
420 aa  158  1e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3931  urea ABC transporter, urea binding protein  32.07 
 
 
417 aa  157  2e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.606906  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2746  urea ABC transporter, urea binding protein  31.51 
 
 
423 aa  157  3e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.276837  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0590  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.2 
 
 
421 aa  157  4e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1103  urea ABC transporter, urea binding protein  31.51 
 
 
433 aa  157  4e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2161  urea ABC transporter, urea binding protein  31.07 
 
 
422 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.269161  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0948  branched-chain amino acid ABC transporter, putative  30.21 
 
 
427 aa  156  5.0000000000000005e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>