More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_3400 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_3400  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
436 aa  893    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.41623  normal  0.0330149 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1847  twin-arginine translocation pathway signal  31.55 
 
 
416 aa  243  5e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3620  twin-arginine translocation pathway signal  33.1 
 
 
416 aa  242  9e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.963637  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1948  Extracellular ligand-binding receptor  32.46 
 
 
415 aa  242  1e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1665  extracellular ligand-binding receptor  33.91 
 
 
414 aa  238  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.910877  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2884  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  32.67 
 
 
414 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.144097 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2126  extracellular ligand-binding receptor  31.72 
 
 
416 aa  229  9e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105916  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1098  Extracellular ligand-binding receptor  32.41 
 
 
416 aa  227  3e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0210365  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1502  extracellular ligand-binding receptor  31.97 
 
 
418 aa  203  4e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23648  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0641  extracellular ligand-binding receptor  26.8 
 
 
418 aa  142  9.999999999999999e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0197785 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0004  extracellular ligand-binding receptor  27.16 
 
 
417 aa  138  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000538672 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2279  extracellular ligand-binding receptor  24.42 
 
 
448 aa  128  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.208973 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0363  extracellular ligand-binding receptor  25.55 
 
 
413 aa  127  3e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2827  extracellular ligand-binding receptor  24.58 
 
 
458 aa  124  3e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.11004  normal  0.674457 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  24.87 
 
 
434 aa  120  3e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1561  extracellular ligand-binding receptor  27.78 
 
 
402 aa  112  9e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1562  extracellular ligand-binding receptor  27.66 
 
 
406 aa  112  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.775767  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1927  extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 
406 aa  106  9e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195593  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1620  extracellular ligand-binding receptor  27.29 
 
 
408 aa  106  9e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.294267  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0792  Extracellular ligand-binding receptor  24.26 
 
 
400 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3017  extracellular ligand-binding receptor  26.1 
 
 
382 aa  105  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  23.66 
 
 
394 aa  105  2e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  23.96 
 
 
397 aa  104  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0050  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.78 
 
 
382 aa  104  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143388  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0895  extracellular ligand-binding receptor  22.46 
 
 
421 aa  102  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5995  putative leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  24.83 
 
 
407 aa  101  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524183  normal  0.0200525 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1575  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.71 
 
 
379 aa  100  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3027  putative periplasmic substrate-binding protein  25.71 
 
 
379 aa  100  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3344  putative periplasmic substrate-binding protein  25.71 
 
 
379 aa  100  5e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2966  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.71 
 
 
375 aa  100  6e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0113  extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 
379 aa  100  6e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0104  extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 
379 aa  100  6e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3886  Extracellular ligand-binding receptor  25.64 
 
 
382 aa  99.8  9e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0400  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.24 
 
 
387 aa  98.6  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0165  outative extracellular ligand binding protein  25.43 
 
 
379 aa  98.6  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3300  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.07 
 
 
379 aa  99  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4031  putative periplasmic substrate-binding protein  25.43 
 
 
379 aa  98.6  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3957  putative periplasmic substrate-binding protein  25.43 
 
 
379 aa  98.6  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.877185  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1092  Extracellular ligand-binding receptor  25.77 
 
 
434 aa  97.8  3e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.629609  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0115  extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 
379 aa  97.4  4e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0129  extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 
379 aa  97.1  6e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.212558  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2941  extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 
379 aa  97.1  6e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.70065  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0114  extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 
379 aa  97.1  6e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2140  extracellular ligand-binding receptor  25.36 
 
 
407 aa  96.7  7e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.285517 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  22.55 
 
 
383 aa  95.5  2e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  26.14 
 
 
386 aa  94.4  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1539  Extracellular ligand-binding receptor  24.46 
 
 
383 aa  94.7  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3295  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.44 
 
 
379 aa  94.4  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114756  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1972  extracellular ligand-binding receptor  22.86 
 
 
403 aa  94.4  4e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3416  extracellular ligand-binding receptor  24.73 
 
 
383 aa  94  4e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5249  extracellular ligand-binding receptor  24.45 
 
 
383 aa  94  5e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.513235 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  23.86 
 
 
339 aa  93.2  9e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  24.46 
 
 
371 aa  92.8  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  22.06 
 
 
383 aa  92.4  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0392  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.15 
 
 
403 aa  92.4  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.224611  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  22.06 
 
 
383 aa  92  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0549  extracellular ligand-binding receptor  23.83 
 
 
453 aa  91.7  2e-17  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.183642  hitchhiker  0.0000167924 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1904  extracellular ligand-binding receptor  22.93 
 
 
400 aa  91.3  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2938  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.46 
 
 
383 aa  91.3  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679208  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.36 
 
 
385 aa  90.5  5e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5152  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
383 aa  90.9  5e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.482519  normal  0.580615 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1141  extracellular ligand-binding receptor  24.22 
 
 
382 aa  90.5  5e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5696  extracellular ligand-binding receptor  26.19 
 
 
382 aa  90.1  6e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.668558  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3414  extracellular ligand-binding receptor  23.01 
 
 
378 aa  90.1  7e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0938732  normal  0.686919 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1095  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.08 
 
 
406 aa  89  1e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  22.36 
 
 
402 aa  89.4  1e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  24.22 
 
 
383 aa  89.7  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0686  extracellular ligand-binding receptor  24.22 
 
 
461 aa  89.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1165  extracellular ligand-binding receptor  24.22 
 
 
461 aa  89.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.439455  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1193  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.08 
 
 
406 aa  89  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  25.35 
 
 
378 aa  88.6  2e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  23.74 
 
 
376 aa  88.6  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1524  extracellular ligand-binding receptor  23.6 
 
 
459 aa  88.6  2e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0533175  normal  0.466259 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  24.76 
 
 
382 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5642  extracellular ligand-binding receptor  24.08 
 
 
411 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324496  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6618  extracellular ligand-binding receptor  27.24 
 
 
382 aa  87.4  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.868668 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  22.75 
 
 
379 aa  87.4  4e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6393  extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 
383 aa  87.4  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25 
 
 
402 aa  87.4  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0861  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.34 
 
 
401 aa  87.4  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00284433  normal  0.49325 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4242  extracellular ligand-binding receptor  28.06 
 
 
373 aa  87  6e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000756343  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3768  extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 
373 aa  87  6e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000000114958  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1661  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.34 
 
 
373 aa  86.7  7e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  normal  0.0729717 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3058  extracellular ligand-binding receptor  23.43 
 
 
392 aa  86.7  7e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5309  extracellular ligand-binding receptor  23.43 
 
 
392 aa  86.7  7e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.186665 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  22.13 
 
 
382 aa  86.7  8e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
381 aa  86.7  8e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1676  extracellular ligand-binding receptor  25.81 
 
 
370 aa  86.7  9e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000661006  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0141  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
406 aa  86.3  9e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.202322  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4960  extracellular ligand-binding receptor  23.14 
 
 
392 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00971777 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5197  extracellular ligand-binding receptor  22.73 
 
 
378 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.308157  normal  0.258081 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2268  extracellular ligand-binding receptor  25.53 
 
 
413 aa  85.9  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0458822  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4669  extracellular ligand-binding receptor  22.73 
 
 
378 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.969731 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3428  extracellular ligand-binding receptor  23.81 
 
 
388 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
381 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0339  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.14 
 
 
428 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.824912 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2733  Extracellular ligand-binding receptor  25.66 
 
 
401 aa  85.1  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.464024  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1610  extracellular ligand-binding receptor  26.02 
 
 
370 aa  84.7  0.000000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000136446  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.82 
 
 
396 aa  84.3  0.000000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3506  extracellular ligand-binding receptor  24.23 
 
 
388 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>