More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2827 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2827  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
458 aa  912    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.11004  normal  0.674457 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2279  extracellular ligand-binding receptor  51.9 
 
 
448 aa  390  1e-107  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.208973 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2884  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  28.9 
 
 
414 aa  176  6e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.144097 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1847  twin-arginine translocation pathway signal  29.41 
 
 
416 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3620  twin-arginine translocation pathway signal  29.16 
 
 
416 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.963637  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1948  Extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 
415 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1665  extracellular ligand-binding receptor  28.86 
 
 
414 aa  164  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.910877  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2126  extracellular ligand-binding receptor  29.56 
 
 
416 aa  160  3e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105916  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1098  Extracellular ligand-binding receptor  28.33 
 
 
416 aa  154  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0210365  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1502  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 
418 aa  149  7e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23648  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3400  extracellular ligand-binding receptor  24.58 
 
 
436 aa  124  3e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.41623  normal  0.0330149 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 
434 aa  120  6e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0004  extracellular ligand-binding receptor  26.28 
 
 
417 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000538672 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.06 
 
 
385 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5995  putative leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  28.07 
 
 
407 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524183  normal  0.0200525 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0641  extracellular ligand-binding receptor  23.61 
 
 
418 aa  101  3e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0197785 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1562  extracellular ligand-binding receptor  26.77 
 
 
406 aa  98.6  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.775767  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  23.51 
 
 
383 aa  97.4  4e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1561  extracellular ligand-binding receptor  27.76 
 
 
402 aa  97.4  5e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0400  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.26 
 
 
387 aa  96.7  7e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  23.27 
 
 
383 aa  95.9  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  23.27 
 
 
383 aa  95.5  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  22.78 
 
 
402 aa  95.1  2e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1927  extracellular ligand-binding receptor  27.61 
 
 
406 aa  91.7  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195593  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1972  extracellular ligand-binding receptor  24.26 
 
 
403 aa  90.9  4e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1620  extracellular ligand-binding receptor  24.13 
 
 
408 aa  86.7  8e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.294267  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0895  extracellular ligand-binding receptor  24.43 
 
 
421 aa  84.3  0.000000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0853  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.11 
 
 
381 aa  84  0.000000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18061  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0326  extracellular ligand-binding receptor  22.54 
 
 
441 aa  81.6  0.00000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.933316  normal  0.182521 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0363  extracellular ligand-binding receptor  23.92 
 
 
413 aa  81.6  0.00000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1830  Extracellular ligand-binding receptor  24.7 
 
 
381 aa  80.5  0.00000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.000000559355  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0792  Extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 
400 aa  74.3  0.000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
378 aa  73.9  0.000000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  24.26 
 
 
376 aa  73.6  0.000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  24.81 
 
 
339 aa  73.2  0.000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0392  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  22.56 
 
 
403 aa  73.2  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.224611  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1092  Extracellular ligand-binding receptor  25.26 
 
 
434 aa  72.8  0.00000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.629609  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1904  extracellular ligand-binding receptor  26.56 
 
 
400 aa  72.4  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  23.92 
 
 
397 aa  71.2  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6166  extracellular ligand-binding receptor  25.86 
 
 
375 aa  70.5  0.00000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.644445  normal  0.0557295 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.84 
 
 
376 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4659  extracellular ligand-binding receptor  28.38 
 
 
378 aa  67.8  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00580673 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4867  extracellular ligand-binding receptor  28.38 
 
 
378 aa  67.4  0.0000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0924005  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4745  extracellular ligand-binding receptor  28.38 
 
 
378 aa  67.4  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000119526 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4923  extracellular ligand-binding receptor  28.38 
 
 
378 aa  67.4  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000164326 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2954  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.07 
 
 
412 aa  66.6  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.281102  normal  0.041771 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2148  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
390 aa  62.4  0.00000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0472  Extracellular ligand-binding receptor  31.69 
 
 
373 aa  62  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.538302  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0258  amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  26.38 
 
 
393 aa  61.2  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0862  extracellular ligand-binding receptor  26.57 
 
 
375 aa  60.8  0.00000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  25.66 
 
 
384 aa  60.8  0.00000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2938  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.46 
 
 
383 aa  60.5  0.00000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679208  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2935  extracellular ligand-binding receptor  23.64 
 
 
386 aa  60.5  0.00000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.412779  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1539  Extracellular ligand-binding receptor  31.03 
 
 
383 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1418  extracellular ligand-binding receptor  27.94 
 
 
404 aa  59.3  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3208  Extracellular ligand-binding receptor  26.59 
 
 
376 aa  59.3  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  26.25 
 
 
376 aa  58.9  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0270  extracellular ligand-binding receptor  23.49 
 
 
460 aa  58.5  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.186259  normal  0.56965 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4277  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.83 
 
 
515 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0628932  normal  0.928843 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1842  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
394 aa  58.5  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.843132  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1469  extracellular ligand-binding receptor  22.28 
 
 
396 aa  58.5  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0141  extracellular ligand-binding receptor  22.49 
 
 
406 aa  57.8  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.202322  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3654  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
399 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.131877  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  24.5 
 
 
371 aa  57.4  0.0000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0404  extracellular ligand-binding receptor  23.82 
 
 
409 aa  57.4  0.0000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0168747  normal  0.259327 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2268  extracellular ligand-binding receptor  21.39 
 
 
413 aa  56.6  0.0000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0458822  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2166  extracellular ligand-binding receptor  25.66 
 
 
376 aa  56.6  0.0000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.179903  normal  0.0643115 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2750  Extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 
375 aa  56.6  0.0000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1925  extracellular ligand-binding receptor  31.25 
 
 
377 aa  56.6  0.0000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0315464  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1695  extracellular ligand-binding receptor  25.27 
 
 
381 aa  56.6  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  25.1 
 
 
379 aa  56.2  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2411  extracellular ligand-binding receptor  26.09 
 
 
376 aa  56.6  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.32979  normal  0.572085 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0611  Extracellular ligand-binding receptor  24.73 
 
 
371 aa  56.6  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  24.39 
 
 
382 aa  56.2  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0727  extracellular ligand-binding receptor  23.33 
 
 
370 aa  55.1  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1175  extracellular ligand-binding receptor  25.28 
 
 
371 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.343144  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2285  extracellular ligand-binding receptor  24.53 
 
 
417 aa  55.5  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1141  extracellular ligand-binding receptor  25.28 
 
 
371 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0701  Extracellular ligand-binding receptor  23.56 
 
 
377 aa  54.7  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0183935  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1047  extracellular ligand-binding receptor  29.48 
 
 
382 aa  55.1  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.545009 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5642  extracellular ligand-binding receptor  23.31 
 
 
411 aa  55.1  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324496  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0610  Extracellular ligand-binding receptor  29.58 
 
 
378 aa  55.1  0.000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  31.14 
 
 
393 aa  55.1  0.000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1044  extracellular ligand-binding receptor  28.9 
 
 
382 aa  55.1  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.483308  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4919  extracellular ligand-binding receptor  26.58 
 
 
376 aa  55.1  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1592  leucine-specific binding precursor transmembrane protein  27.43 
 
 
380 aa  54.3  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0514  extracellular ligand-binding receptor  23.04 
 
 
409 aa  54.7  0.000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0686  extracellular ligand-binding receptor  23.51 
 
 
461 aa  54.3  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1165  extracellular ligand-binding receptor  23.51 
 
 
461 aa  54.3  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.439455  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0643  Extracellular ligand-binding receptor  24.92 
 
 
395 aa  53.9  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1468  extracellular ligand-binding receptor  23.16 
 
 
369 aa  54.3  0.000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000538626  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.85 
 
 
397 aa  54.3  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4914  extracellular ligand-binding receptor  26.09 
 
 
375 aa  54.3  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.113346  normal  0.710388 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1193  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  21.83 
 
 
406 aa  53.9  0.000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0588  extracellular ligand-binding receptor  25.66 
 
 
399 aa  53.5  0.000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833048  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1095  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  21.83 
 
 
406 aa  53.5  0.000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1636  extracellular ligand-binding receptor  23.06 
 
 
384 aa  53.5  0.000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0385235  normal  0.485465 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1728  Extracellular ligand-binding receptor  30.71 
 
 
375 aa  53.5  0.000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1141  extracellular ligand-binding receptor  23.51 
 
 
382 aa  53.1  0.000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2140  extracellular ligand-binding receptor  31.21 
 
 
382 aa  53.1  0.000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.250679  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>