More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_2148 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_2148  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
390 aa  774    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1404  Extracellular ligand-binding receptor  29.9 
 
 
383 aa  151  1e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11568  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  30.36 
 
 
379 aa  145  1e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.81 
 
 
380 aa  143  4e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  30.67 
 
 
393 aa  143  4e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
381 aa  139  7e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  29.2 
 
 
380 aa  137  2e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  31.13 
 
 
379 aa  134  3e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  29.55 
 
 
379 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 
383 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  25.89 
 
 
385 aa  131  2.0000000000000002e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  30.81 
 
 
380 aa  130  3e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  29.75 
 
 
379 aa  130  3e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.42 
 
 
378 aa  130  6e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  26.22 
 
 
394 aa  124  2e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  29.9 
 
 
381 aa  124  4e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  28.09 
 
 
392 aa  121  1.9999999999999998e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0378  extracellular ligand-binding receptor  29.92 
 
 
396 aa  121  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.432032 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  28.18 
 
 
379 aa  121  3e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  26.85 
 
 
379 aa  120  3e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  26.45 
 
 
382 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  29.6 
 
 
393 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4127  extracellular ligand-binding receptor  32.07 
 
 
400 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.515914  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0893  extracellular ligand-binding receptor  30.49 
 
 
396 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 
379 aa  110  3e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  27.53 
 
 
399 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
381 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  24.62 
 
 
394 aa  109  7.000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  26.59 
 
 
379 aa  109  9.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  26.88 
 
 
389 aa  107  4e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1478  Extracellular ligand-binding receptor  26.84 
 
 
405 aa  106  7e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4797  extracellular ligand-binding receptor  28.38 
 
 
381 aa  100  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.863571  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  28.86 
 
 
385 aa  97.8  3e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  26.93 
 
 
383 aa  96.3  8e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27 
 
 
396 aa  95.5  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4630  extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 
383 aa  95.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511173  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
376 aa  94.7  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2935  extracellular ligand-binding receptor  27.47 
 
 
386 aa  94.7  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.412779  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 
382 aa  92.8  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  26 
 
 
394 aa  90.5  4e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  27.05 
 
 
382 aa  90.9  4e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  31.19 
 
 
386 aa  89.7  9e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  25.68 
 
 
397 aa  89.4  9e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6271  putative amino-acid ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.66 
 
 
381 aa  89  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0611  Extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
371 aa  89.4  1e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3892  extracellular ligand-binding receptor  27.78 
 
 
381 aa  88.2  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 
395 aa  87.4  4e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  27.53 
 
 
397 aa  87  5e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1559  Extracellular ligand-binding receptor  28.79 
 
 
386 aa  86.3  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4434  extracellular ligand-binding receptor  28.09 
 
 
378 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  26.84 
 
 
384 aa  85.5  0.000000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  27.79 
 
 
386 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  26.81 
 
 
382 aa  84.7  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  27.49 
 
 
383 aa  84.7  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0265  extracellular ligand-binding receptor  27.1 
 
 
376 aa  84.3  0.000000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000854786  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  27.54 
 
 
382 aa  84  0.000000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  26.89 
 
 
397 aa  83.2  0.000000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  26.01 
 
 
419 aa  83.2  0.000000000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.46 
 
 
376 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2884  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  24.47 
 
 
414 aa  82.8  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.144097 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2165  extracellular ligand-binding receptor  26.16 
 
 
390 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2607  Extracellular ligand-binding receptor  25.9 
 
 
372 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.69 
 
 
386 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  29.96 
 
 
411 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1429  Extracellular ligand-binding receptor  29.04 
 
 
386 aa  81.3  0.00000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0505624  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.6 
 
 
385 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.85 
 
 
403 aa  80.5  0.00000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  27.58 
 
 
386 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  28.5 
 
 
378 aa  80.9  0.00000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  24.68 
 
 
415 aa  80.5  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  23.68 
 
 
381 aa  80.1  0.00000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  25.62 
 
 
384 aa  80.1  0.00000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  25.96 
 
 
382 aa  80.1  0.00000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1500  Extracellular ligand-binding receptor  24.8 
 
 
388 aa  79.7  0.00000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145866  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  25.4 
 
 
382 aa  79.3  0.00000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0117  extracellular ligand-binding receptor  24.87 
 
 
414 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  24.73 
 
 
377 aa  79  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  24.33 
 
 
395 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  26.74 
 
 
385 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4013  extracellular ligand-binding receptor  27.39 
 
 
391 aa  79.3  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00118971  normal  0.173861 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3335  extracellular ligand-binding receptor  27.07 
 
 
370 aa  79.3  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  25.41 
 
 
390 aa  78.6  0.0000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  24.73 
 
 
381 aa  78.2  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5696  extracellular ligand-binding receptor  24.22 
 
 
382 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.668558  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 
378 aa  78.2  0.0000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  27.03 
 
 
410 aa  78.6  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  28.14 
 
 
394 aa  78.2  0.0000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  25.48 
 
 
403 aa  78.2  0.0000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  26.6 
 
 
381 aa  77.8  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0480  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  27.6 
 
 
391 aa  77.8  0.0000000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.199357  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  26.78 
 
 
389 aa  77.4  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.544878  normal  0.0284097 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  27.61 
 
 
376 aa  77.4  0.0000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 
385 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 
385 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 
385 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  30.38 
 
 
398 aa  77.4  0.0000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  25.49 
 
 
396 aa  77.4  0.0000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  25.06 
 
 
379 aa  77  0.0000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  25.55 
 
 
407 aa  77  0.0000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2237  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.9 
 
 
395 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.937762  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>