More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1598 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1136  twin-arginine translocation pathway signal  85.75 
 
 
414 aa  738    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.206863 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1598  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
414 aa  846    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3620  twin-arginine translocation pathway signal  25 
 
 
416 aa  97.8  3e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.963637  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1620  extracellular ligand-binding receptor  25.81 
 
 
408 aa  97.1  6e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.294267  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1847  twin-arginine translocation pathway signal  23.62 
 
 
416 aa  94.4  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  28.03 
 
 
378 aa  93.6  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  28.87 
 
 
377 aa  92  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0363  extracellular ligand-binding receptor  24.94 
 
 
413 aa  91.3  3e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1948  Extracellular ligand-binding receptor  25.26 
 
 
415 aa  90.9  4e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1927  extracellular ligand-binding receptor  29.11 
 
 
406 aa  89.7  8e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195593  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0392  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.06 
 
 
403 aa  88.6  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.224611  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5995  putative leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  23.92 
 
 
407 aa  88.6  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524183  normal  0.0200525 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  25.53 
 
 
397 aa  87.8  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4127  extracellular ligand-binding receptor  27.52 
 
 
400 aa  87  5e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.515914  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2884  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  21.99 
 
 
414 aa  85.5  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.144097 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1561  extracellular ligand-binding receptor  26.09 
 
 
402 aa  80.1  0.00000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0792  Extracellular ligand-binding receptor  27.73 
 
 
400 aa  78.2  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  26.21 
 
 
434 aa  78.2  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1665  extracellular ligand-binding receptor  21.84 
 
 
414 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.910877  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0861  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.92 
 
 
401 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00284433  normal  0.49325 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0400  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.77 
 
 
387 aa  76.6  0.0000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  26.29 
 
 
407 aa  76.6  0.0000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4292  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  28.24 
 
 
412 aa  75.9  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0103855 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  23.28 
 
 
339 aa  75.9  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  28.08 
 
 
397 aa  75.1  0.000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1429  Extracellular ligand-binding receptor  25.99 
 
 
386 aa  74.3  0.000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0505624  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0067  Extracellular ligand-binding receptor  28.75 
 
 
376 aa  74.7  0.000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188079 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1904  extracellular ligand-binding receptor  27.57 
 
 
400 aa  74.3  0.000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  27.8 
 
 
403 aa  74.3  0.000000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 
393 aa  73.9  0.000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0895  extracellular ligand-binding receptor  29.18 
 
 
421 aa  73.6  0.000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2165  extracellular ligand-binding receptor  32.47 
 
 
390 aa  73.2  0.000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  31.48 
 
 
406 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3400  extracellular ligand-binding receptor  24.31 
 
 
436 aa  72.4  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.41623  normal  0.0330149 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
445 aa  72  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 
415 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0641  extracellular ligand-binding receptor  24.43 
 
 
418 aa  71.6  0.00000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0197785 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2126  extracellular ligand-binding receptor  22.04 
 
 
416 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105916  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1098  Extracellular ligand-binding receptor  21.7 
 
 
416 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0210365  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
437 aa  72  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1953  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  25.24 
 
 
410 aa  71.2  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  27.33 
 
 
417 aa  71.2  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  23.55 
 
 
395 aa  70.9  0.00000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 
384 aa  70.5  0.00000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.53 
 
 
392 aa  70.5  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2672  extracellular ligand-binding receptor  28.76 
 
 
384 aa  69.7  0.0000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.211064  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  27.02 
 
 
407 aa  68.9  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3881  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  26.61 
 
 
411 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1976  extracellular ligand-binding receptor  30.56 
 
 
406 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102141  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3265  twin-arginine translocation pathway signal  26.51 
 
 
407 aa  68.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.125818  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  27.84 
 
 
384 aa  68.9  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.2 
 
 
385 aa  68.2  0.0000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1792  branched-chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  26.34 
 
 
405 aa  67.8  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 
415 aa  68.2  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0004  extracellular ligand-binding receptor  26.95 
 
 
417 aa  67.8  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000538672 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  22.48 
 
 
381 aa  68.2  0.0000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1500  Extracellular ligand-binding receptor  28.76 
 
 
388 aa  67.8  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145866  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  24.17 
 
 
402 aa  67.4  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  27.05 
 
 
376 aa  67.4  0.0000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  28.86 
 
 
386 aa  67  0.0000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1815  extracellular ligand-binding receptor  29.79 
 
 
419 aa  67  0.0000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00146471 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1749  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  26.34 
 
 
405 aa  66.6  0.0000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  26.34 
 
 
405 aa  66.6  0.0000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  29.17 
 
 
397 aa  66.6  0.0000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  27.94 
 
 
402 aa  65.9  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1931  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  26.41 
 
 
395 aa  66.2  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  29.25 
 
 
421 aa  65.9  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  25.46 
 
 
382 aa  65.9  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  26.23 
 
 
396 aa  65.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  24.66 
 
 
394 aa  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0117  extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
414 aa  66.2  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1972  extracellular ligand-binding receptor  24.82 
 
 
403 aa  66.2  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  26.23 
 
 
396 aa  65.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  23.33 
 
 
389 aa  65.9  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  27.45 
 
 
402 aa  65.5  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
401 aa  65.1  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  28.86 
 
 
400 aa  65.5  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  26.98 
 
 
410 aa  64.7  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1092  Extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 
434 aa  64.3  0.000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.629609  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2965  extracellular ligand-binding receptor  28.9 
 
 
413 aa  64.7  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.820015  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  26.75 
 
 
405 aa  64.3  0.000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  26.75 
 
 
405 aa  63.9  0.000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  27.57 
 
 
409 aa  64.3  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1842  hypothetical protein  26.98 
 
 
405 aa  63.9  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0942  twin-arginine translocation pathway signal  31.65 
 
 
407 aa  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  21.46 
 
 
395 aa  63.9  0.000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7952  Extracellular ligand-binding receptor  28.31 
 
 
384 aa  63.9  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351177  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  24.55 
 
 
379 aa  63.9  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1966  Extracellular ligand-binding receptor  24.9 
 
 
396 aa  63.5  0.000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0542442 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  26.75 
 
 
405 aa  63.5  0.000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  24.79 
 
 
402 aa  63.5  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 
401 aa  63.9  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0349  extracellular ligand-binding receptor  28.93 
 
 
407 aa  63.5  0.000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3411  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  26.75 
 
 
405 aa  63.2  0.000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000582907 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  25.61 
 
 
374 aa  63.5  0.000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3780  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  24.12 
 
 
404 aa  63.2  0.000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.583472  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1931  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  26.75 
 
 
405 aa  63.2  0.000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.9 
 
 
395 aa  63.2  0.000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 
409 aa  63.2  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  26.7 
 
 
407 aa  63.2  0.000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>