More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4292 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_4292  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  100 
 
 
412 aa  858    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0103855 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3202  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, amiC  61.4 
 
 
412 aa  514  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.836908 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3020  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  61.82 
 
 
412 aa  514  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.692302 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3322  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  61.52 
 
 
415 aa  510  1e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12992  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2663  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  59.21 
 
 
412 aa  511  1e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0749447  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5759  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  58.82 
 
 
411 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0809  Extracellular ligand-binding receptor  57.77 
 
 
414 aa  504  1e-141  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1560  urea ABC transporter, substrate-binding protein  42.75 
 
 
422 aa  343  2.9999999999999997e-93  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4452  putative Leu/Ile/Val/Thr/Ala-binding protein  37.62 
 
 
412 aa  268  1e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.133528 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0349  extracellular ligand-binding receptor  38.59 
 
 
407 aa  242  7.999999999999999e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3980  histidine kinase  32.85 
 
 
659 aa  218  1e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  31.71 
 
 
393 aa  195  1e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  32.48 
 
 
397 aa  194  3e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.2 
 
 
393 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  32.94 
 
 
443 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  31.94 
 
 
418 aa  177  3e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1310  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.53 
 
 
389 aa  177  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.381196  normal  0.934076 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4361  extracellular ligand-binding receptor  31.34 
 
 
438 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000367621  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2260  urea ABC transporter, urea binding protein  33.53 
 
 
440 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.411735  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5900  extracellular ligand-binding receptor  32.41 
 
 
384 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.137338 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  30.93 
 
 
421 aa  169  1e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1597  urea ABC transporter, urea binding protein  30.31 
 
 
414 aa  166  5.9999999999999996e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.948764  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29741  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  30.1 
 
 
431 aa  166  6.9999999999999995e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2620  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  32.37 
 
 
432 aa  165  1.0000000000000001e-39  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0558299  normal  0.886918 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2993  hypothetical protein  32.5 
 
 
386 aa  166  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6648  Extracellular ligand-binding receptor  31.77 
 
 
382 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0122953  normal  0.152 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1200  urea ABC transporter, urea binding protein  30.4 
 
 
413 aa  164  3e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12535 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1360  urea ABC transporter, urea binding protein  30.4 
 
 
413 aa  164  3e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396806  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  28.7 
 
 
419 aa  164  3e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0130  extracellular ligand-binding receptor  29.65 
 
 
423 aa  163  5.0000000000000005e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0243473 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1139  urea ABC transporter, urea binding protein  31.58 
 
 
413 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5695  Extracellular ligand-binding receptor  31.22 
 
 
382 aa  163  6e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0211011  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3638  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.37 
 
 
382 aa  161  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13399  normal  0.0727576 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5753  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  30 
 
 
384 aa  160  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.887831 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  28.36 
 
 
413 aa  160  5e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1775  twin-arginine translocation pathway signal  30.25 
 
 
414 aa  159  6e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185236  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1662  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  27.76 
 
 
428 aa  159  7e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0803  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  28.43 
 
 
388 aa  159  8e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.123562  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2007  urea ABC transporter, urea binding protein  31.78 
 
 
405 aa  159  9e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08881  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  29.03 
 
 
425 aa  157  2e-37  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3881  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  30 
 
 
411 aa  158  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4078  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.35 
 
 
414 aa  157  4e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.749846  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1506  putative substrate-binding component of ABC transporter  30.56 
 
 
436 aa  157  4e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2975  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.64 
 
 
416 aa  156  6e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.13601 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  28.93 
 
 
421 aa  156  8e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  28.93 
 
 
421 aa  156  8e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4422  extracellular ligand-binding receptor  30.64 
 
 
384 aa  155  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2250  putative urea ABC transporter, urea binding protein  28.97 
 
 
431 aa  154  2e-36  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.582147  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  29.39 
 
 
405 aa  154  2e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0052  Extracellular ligand-binding receptor  28.98 
 
 
387 aa  153  5e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4902  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.7 
 
 
405 aa  153  5e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1674  urea ABC transporter, urea binding protein  27.68 
 
 
407 aa  152  1e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3112  urea ABC transporter, urea binding protein  30.3 
 
 
416 aa  152  1e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2996  putative amidase expression-regulating protein  29.74 
 
 
391 aa  151  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  28.33 
 
 
421 aa  151  2e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1557  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  28.99 
 
 
441 aa  150  4e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  27.92 
 
 
419 aa  150  5e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  28.48 
 
 
463 aa  150  5e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0593  urea ABC transporter, urea binding protein  29.41 
 
 
418 aa  150  5e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0692994 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6254  putative urea/short-chain binding protein  27.9 
 
 
369 aa  150  5e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.172457  normal  0.370606 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  28.25 
 
 
402 aa  149  9e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0829  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  27.91 
 
 
425 aa  148  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1953  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  26.74 
 
 
410 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1289  putative substrate-binding component of ABC transporter  30.41 
 
 
436 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0810  putative PAS/PAC sensor protein  29.19 
 
 
840 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.643579  normal  0.828908 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0976  urea ABC transporter, urea binding protein  29.17 
 
 
426 aa  148  2.0000000000000003e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1048  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  26.59 
 
 
425 aa  147  2.0000000000000003e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.293483  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08861  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  27.91 
 
 
425 aa  148  2.0000000000000003e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3572  ABC transporter substrate-binding protein  29.08 
 
 
422 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.536665  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19191  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  26.59 
 
 
425 aa  147  3e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0564  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.27 
 
 
420 aa  145  9e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3690  urea ABC transporter, urea binding protein  28.46 
 
 
417 aa  145  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3381  ABC transporter substrate-binding protein  28.46 
 
 
417 aa  145  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  28.7 
 
 
402 aa  145  1e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1255  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.12 
 
 
415 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0484775 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1305  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.92 
 
 
397 aa  145  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.614657  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5512  ABC transporter substrate-binding protein  29.04 
 
 
422 aa  144  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115941  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3780  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  28.99 
 
 
404 aa  144  3e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.583472  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6186  urea ABC transporter, urea binding protein  29.75 
 
 
410 aa  144  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.411723  normal  0.830735 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1252  amide-urea binding protein  30.18 
 
 
392 aa  143  6e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0854371  normal  0.451875 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0942  twin-arginine translocation pathway signal  34.16 
 
 
407 aa  143  7e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1443  urea ABC transporter, urea binding protein  29.38 
 
 
420 aa  143  7e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1846  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.44 
 
 
380 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.280778 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0654  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  29.21 
 
 
391 aa  142  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.379667 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0952  twin-arginine translocation pathway signal  30.14 
 
 
419 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.553309  normal  0.40345 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0049  putative amidase expression-regulating protein  27.03 
 
 
380 aa  140  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6645  Extracellular ligand-binding receptor  27.49 
 
 
377 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548908  normal  0.064075 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5692  putative amidase expression-regulating protein  27.79 
 
 
377 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0892365  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1711  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.43 
 
 
421 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0299695  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3864  amide-urea binding protein  29.59 
 
 
420 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601855  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1045  twin-arginine translocation pathway signal  27.32 
 
 
407 aa  139  7e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.457214  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0462  chain B, amide receptor of the amidase operon (Amic)  27.84 
 
 
388 aa  138  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.564198 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2193  urea ABC transporter, urea binding protein  29.18 
 
 
418 aa  139  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1443  twin-arginine translocation pathway signal  30.75 
 
 
420 aa  137  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1870  urea ABC transporter, urea binding protein  29.37 
 
 
418 aa  136  5e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.510403  normal  0.303887 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5905  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.48 
 
 
391 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.607996  normal  0.0988317 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0986  twin-arginine translocation pathway signal  28.69 
 
 
418 aa  136  7.000000000000001e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3587  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.77 
 
 
418 aa  136  7.000000000000001e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4295  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  26.98 
 
 
388 aa  136  8e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0107993 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2143  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.26 
 
 
385 aa  136  8e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>