More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_1360 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_5512  ABC transporter substrate-binding protein  75.62 
 
 
422 aa  655    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115941  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3690  urea ABC transporter, urea binding protein  78.26 
 
 
417 aa  679    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1443  urea ABC transporter, urea binding protein  71.43 
 
 
420 aa  640    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6186  urea ABC transporter, urea binding protein  79.95 
 
 
410 aa  637    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.411723  normal  0.830735 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3381  ABC transporter substrate-binding protein  78.26 
 
 
417 aa  679    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1360  urea ABC transporter, urea binding protein  100 
 
 
413 aa  853    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396806  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1139  urea ABC transporter, urea binding protein  92.98 
 
 
413 aa  789    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1200  urea ABC transporter, urea binding protein  99.76 
 
 
413 aa  852    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12535 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3572  ABC transporter substrate-binding protein  79.8 
 
 
422 aa  684    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.536665  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3864  amide-urea binding protein  71.67 
 
 
420 aa  644    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601855  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0593  urea ABC transporter, urea binding protein  75.24 
 
 
418 aa  637    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0692994 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1252  amide-urea binding protein  73.91 
 
 
392 aa  618  1e-176  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0854371  normal  0.451875 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0654  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  73.85 
 
 
391 aa  618  1e-176  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.379667 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0976  urea ABC transporter, urea binding protein  69.01 
 
 
426 aa  617  1e-176  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4078  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  71.29 
 
 
414 aa  598  1e-170  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.749846  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3587  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  68.9 
 
 
418 aa  586  1e-166  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1711  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  68.25 
 
 
421 aa  586  1e-166  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0299695  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  67.24 
 
 
421 aa  575  1.0000000000000001e-163  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0564  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  66.67 
 
 
420 aa  573  1.0000000000000001e-162  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0220  urea ABC transporter, urea binding protein  67.82 
 
 
421 aa  568  1e-161  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618006  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3145  urea ABC transporter, urea binding protein  68.58 
 
 
422 aa  567  1e-160  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5668  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  66.34 
 
 
424 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851164  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2975  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  67.49 
 
 
416 aa  557  1e-158  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.13601 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1775  twin-arginine translocation pathway signal  70.11 
 
 
414 aa  555  1e-157  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185236  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3732  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  65.85 
 
 
424 aa  556  1e-157  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4636  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  65.85 
 
 
424 aa  556  1e-157  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3112  urea ABC transporter, urea binding protein  63.24 
 
 
416 aa  535  1e-151  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1597  urea ABC transporter, urea binding protein  65.67 
 
 
414 aa  530  1e-149  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.948764  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  58.87 
 
 
393 aa  475  1e-133  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  58.37 
 
 
393 aa  473  1e-132  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  60.77 
 
 
397 aa  463  1e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  51.1 
 
 
419 aa  380  1e-104  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  51.37 
 
 
418 aa  373  1e-102  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  47.83 
 
 
443 aa  369  1e-101  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  47.33 
 
 
419 aa  352  8e-96  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4361  extracellular ligand-binding receptor  46.7 
 
 
438 aa  349  6e-95  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000367621  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0130  extracellular ligand-binding receptor  44.47 
 
 
423 aa  348  1e-94  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0243473 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2260  urea ABC transporter, urea binding protein  45.1 
 
 
440 aa  343  2e-93  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.411735  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  44.23 
 
 
421 aa  340  4e-92  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  45.71 
 
 
402 aa  338  9.999999999999999e-92  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  48.35 
 
 
405 aa  338  9.999999999999999e-92  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1674  urea ABC transporter, urea binding protein  45.43 
 
 
407 aa  337  2.9999999999999997e-91  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  45.69 
 
 
402 aa  336  3.9999999999999995e-91  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  43.51 
 
 
421 aa  332  1e-89  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  43.51 
 
 
421 aa  332  1e-89  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  46.85 
 
 
463 aa  324  2e-87  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2007  urea ABC transporter, urea binding protein  46.8 
 
 
405 aa  323  3e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29741  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  42.89 
 
 
431 aa  312  6.999999999999999e-84  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  44.84 
 
 
413 aa  309  5e-83  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2620  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  42.93 
 
 
432 aa  307  2.0000000000000002e-82  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0558299  normal  0.886918 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2250  putative urea ABC transporter, urea binding protein  43.14 
 
 
431 aa  303  3.0000000000000004e-81  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.582147  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08881  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  43.22 
 
 
425 aa  301  1e-80  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2193  urea ABC transporter, urea binding protein  40.82 
 
 
418 aa  300  4e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1870  urea ABC transporter, urea binding protein  41.45 
 
 
418 aa  299  7e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.510403  normal  0.303887 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3881  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  41.26 
 
 
411 aa  295  7e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2041  putative urea/short-chain amide-binding signal peptide protein  42.08 
 
 
418 aa  293  5e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.300905 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1048  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  42.17 
 
 
425 aa  291  2e-77  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.293483  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19191  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  42.17 
 
 
425 aa  291  2e-77  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0952  twin-arginine translocation pathway signal  40.24 
 
 
419 aa  291  2e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.553309  normal  0.40345 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1662  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  42.35 
 
 
428 aa  289  6e-77  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3931  urea ABC transporter, urea binding protein  41.84 
 
 
417 aa  286  4e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.606906  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0810  putative PAS/PAC sensor protein  41.5 
 
 
840 aa  286  7e-76  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.643579  normal  0.828908 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3683  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.1 
 
 
432 aa  285  9e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.277595 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0986  twin-arginine translocation pathway signal  41.09 
 
 
418 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0829  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  42.71 
 
 
425 aa  285  1.0000000000000001e-75  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3211  twin-arginine translocation pathway signal  40.9 
 
 
420 aa  284  2.0000000000000002e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.35137  normal  0.840301 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2251  urea ABC transporter, urea binding protein  40.53 
 
 
433 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0994  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.22 
 
 
454 aa  284  2.0000000000000002e-75  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.603537  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08861  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  42.71 
 
 
425 aa  283  3.0000000000000004e-75  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0954  urea ABC transporter, urea binding protein  40.38 
 
 
431 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1443  twin-arginine translocation pathway signal  40.61 
 
 
420 aa  282  6.000000000000001e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1393  twin-arginine translocation pathway signal  40.45 
 
 
428 aa  282  8.000000000000001e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656328  normal  0.386042 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1255  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic protein  40.14 
 
 
445 aa  281  1e-74  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.857524 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5579  hypothetical protein  42.13 
 
 
421 aa  280  3e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0993  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  38.83 
 
 
426 aa  280  4e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1504  urea/short-chain amide ABC transporter, periplasmic urea/short-chain amide-binding protein  39.76 
 
 
435 aa  279  5e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00196796  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3381  twin-arginine translocation pathway signal  39.65 
 
 
419 aa  279  6e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0787  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.24 
 
 
435 aa  279  6e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.238628  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64270  hypothetical protein  42.13 
 
 
421 aa  279  7e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00916173  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1945  ABC branched chain amino acid transporter, substrate binding protein  39.52 
 
 
426 aa  278  1e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00107842  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0301  ABC branched chain amino acid transporter, substrate binding protein  39.52 
 
 
426 aa  278  1e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.176929  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2482  urea ABC transporter, urea binding protein  40 
 
 
435 aa  278  1e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4426  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.78 
 
 
421 aa  278  2e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.171999 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0880  urea ABC transporter, urea binding protein  39.76 
 
 
435 aa  278  2e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.824913 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0431  twin-arginine translocation pathway signal  39.76 
 
 
435 aa  278  2e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0910  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  39.76 
 
 
435 aa  278  2e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.988343  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0798  urea ABC transporter, urea binding protein  39.9 
 
 
435 aa  277  2e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.398503  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4014  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.76 
 
 
435 aa  277  3e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0416471  normal  0.65931 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3780  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  38.9 
 
 
404 aa  277  3e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.583472  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2176  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein, putative  39.52 
 
 
435 aa  276  4e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.253407  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0732  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  39.52 
 
 
435 aa  276  4e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.909457  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2048  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  39.52 
 
 
435 aa  276  4e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0410415  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2565  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  39.52 
 
 
435 aa  276  4e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000125255  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3127  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  39.52 
 
 
435 aa  276  5e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0701  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  42.4 
 
 
421 aa  276  5e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.525993  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3067  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  39.52 
 
 
435 aa  276  5e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.656729  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3103  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  39.52 
 
 
435 aa  276  5e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4149  putative urea short-chain amide or branched-chain amino acid uptake ABC transporter  38.78 
 
 
434 aa  275  9e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4017  ABC branched chain amino acid transporter, substrate binding protein  39.18 
 
 
428 aa  274  2.0000000000000002e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.568826  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3500  twin-arginine translocation pathway signal  40.53 
 
 
420 aa  273  3e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>