More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3202 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_3322  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  84.29 
 
 
415 aa  689    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12992  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3020  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  91.5 
 
 
412 aa  793    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.692302 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3202  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, amiC  100 
 
 
412 aa  861    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.836908 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2663  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  91.5 
 
 
412 aa  789    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0749447  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0809  Extracellular ligand-binding receptor  68.92 
 
 
414 aa  598  1e-170  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5759  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  67.49 
 
 
411 aa  600  1e-170  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4292  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  61.4 
 
 
412 aa  514  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0103855 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1560  urea ABC transporter, substrate-binding protein  42.72 
 
 
422 aa  354  2e-96  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4452  putative Leu/Ile/Val/Thr/Ala-binding protein  40.84 
 
 
412 aa  297  2e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.133528 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0349  extracellular ligand-binding receptor  39.53 
 
 
407 aa  252  9.000000000000001e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3980  histidine kinase  33.72 
 
 
659 aa  225  1e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  32.11 
 
 
418 aa  206  7e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  31.38 
 
 
419 aa  203  5e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  31.9 
 
 
443 aa  200  3e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3881  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  29.72 
 
 
411 aa  192  8e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  31.13 
 
 
421 aa  189  5.999999999999999e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  31.78 
 
 
393 aa  188  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  30.25 
 
 
413 aa  186  5e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2260  urea ABC transporter, urea binding protein  32.27 
 
 
440 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.411735  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.96 
 
 
393 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  30.08 
 
 
421 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  30.08 
 
 
421 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4361  extracellular ligand-binding receptor  30.7 
 
 
438 aa  183  4.0000000000000006e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000367621  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0130  extracellular ligand-binding receptor  29.2 
 
 
423 aa  183  5.0000000000000004e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0243473 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29741  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  30.73 
 
 
431 aa  181  2e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  30.53 
 
 
463 aa  181  2.9999999999999997e-44  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  30.34 
 
 
397 aa  180  4e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  30.81 
 
 
402 aa  180  4.999999999999999e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  29.18 
 
 
419 aa  178  2e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1506  putative substrate-binding component of ABC transporter  31.61 
 
 
436 aa  176  5e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  30.25 
 
 
421 aa  176  7e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  30.25 
 
 
402 aa  176  8e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2007  urea ABC transporter, urea binding protein  30.48 
 
 
405 aa  176  9e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  30 
 
 
405 aa  175  1.9999999999999998e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1289  putative substrate-binding component of ABC transporter  31.64 
 
 
436 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2250  putative urea ABC transporter, urea binding protein  28.77 
 
 
431 aa  171  2e-41  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.582147  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5695  Extracellular ligand-binding receptor  30.56 
 
 
382 aa  169  7e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0211011  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08881  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  29.93 
 
 
425 aa  169  8e-41  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3780  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  27.69 
 
 
404 aa  169  8e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.583472  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0188  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.1 
 
 
444 aa  169  8e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1674  urea ABC transporter, urea binding protein  29.86 
 
 
407 aa  169  1e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1310  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.05 
 
 
389 aa  169  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.381196  normal  0.934076 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1953  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  29.97 
 
 
410 aa  169  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5900  extracellular ligand-binding receptor  29.84 
 
 
384 aa  168  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.137338 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5905  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29 
 
 
391 aa  168  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.607996  normal  0.0988317 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1597  urea ABC transporter, urea binding protein  27.81 
 
 
414 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.948764  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1305  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.36 
 
 
397 aa  167  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.614657  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6648  Extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
382 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0122953  normal  0.152 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1775  twin-arginine translocation pathway signal  29.44 
 
 
414 aa  166  6.9999999999999995e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185236  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0997  twin-arginine translocation pathway signal  30.35 
 
 
427 aa  166  6.9999999999999995e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1443  twin-arginine translocation pathway signal  29.59 
 
 
420 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3864  amide-urea binding protein  28.57 
 
 
420 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601855  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3638  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.36 
 
 
382 aa  164  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13399  normal  0.0727576 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5692  putative amidase expression-regulating protein  28.61 
 
 
377 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0892365  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5281  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  25.51 
 
 
425 aa  164  4.0000000000000004e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1360  urea ABC transporter, urea binding protein  30.79 
 
 
413 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396806  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1200  urea ABC transporter, urea binding protein  30.79 
 
 
413 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12535 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2993  hypothetical protein  31.02 
 
 
386 aa  162  8.000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1443  urea ABC transporter, urea binding protein  28.09 
 
 
420 aa  161  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1139  urea ABC transporter, urea binding protein  29.68 
 
 
413 aa  161  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2620  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  29.89 
 
 
432 aa  160  3e-38  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0558299  normal  0.886918 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1252  amide-urea binding protein  28.01 
 
 
392 aa  160  4e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0854371  normal  0.451875 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1393  twin-arginine translocation pathway signal  29.78 
 
 
428 aa  160  4e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656328  normal  0.386042 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6645  Extracellular ligand-binding receptor  28.01 
 
 
377 aa  160  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548908  normal  0.064075 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0654  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  27.81 
 
 
391 aa  159  8e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.379667 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3211  twin-arginine translocation pathway signal  29.1 
 
 
420 aa  159  8e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.35137  normal  0.840301 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4078  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.34 
 
 
414 aa  159  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.749846  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4012  urea ABC transporter, urea binding protein  29.35 
 
 
422 aa  158  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.394915  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3690  urea ABC transporter, urea binding protein  28.3 
 
 
417 aa  159  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0976  urea ABC transporter, urea binding protein  28.73 
 
 
426 aa  159  1e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3381  ABC transporter substrate-binding protein  28.3 
 
 
417 aa  159  1e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3572  ABC transporter substrate-binding protein  28.69 
 
 
422 aa  157  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.536665  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3931  urea ABC transporter, urea binding protein  28.86 
 
 
417 aa  157  3e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.606906  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2975  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.17 
 
 
416 aa  157  4e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.13601 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3381  twin-arginine translocation pathway signal  29.68 
 
 
419 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4422  extracellular ligand-binding receptor  29.33 
 
 
384 aa  156  7e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0994  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  29.92 
 
 
454 aa  156  7e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.603537  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3112  urea ABC transporter, urea binding protein  28.81 
 
 
416 aa  156  8e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2996  putative amidase expression-regulating protein  27.65 
 
 
391 aa  156  8e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1711  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.37 
 
 
421 aa  155  9e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0299695  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1048  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  29.15 
 
 
425 aa  155  1e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.293483  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0829  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  29.69 
 
 
425 aa  155  1e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1557  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  26.5 
 
 
441 aa  155  1e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19191  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  29.15 
 
 
425 aa  155  1e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08861  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  29.45 
 
 
425 aa  153  5e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1870  urea ABC transporter, urea binding protein  28.07 
 
 
418 aa  152  7e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.510403  normal  0.303887 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0810  putative PAS/PAC sensor protein  26.76 
 
 
840 aa  152  7e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.643579  normal  0.828908 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2193  urea ABC transporter, urea binding protein  28.97 
 
 
418 aa  152  7e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1846  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.5 
 
 
380 aa  152  8e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.280778 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4014  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.98 
 
 
435 aa  152  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0416471  normal  0.65931 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1951  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  27.2 
 
 
388 aa  152  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4902  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.54 
 
 
405 aa  152  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0798  urea ABC transporter, urea binding protein  27.98 
 
 
435 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.398503  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0564  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.75 
 
 
420 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1255  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.84 
 
 
415 aa  150  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0484775 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3500  twin-arginine translocation pathway signal  28.36 
 
 
420 aa  150  4e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0431  twin-arginine translocation pathway signal  27.98 
 
 
435 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0910  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  27.98 
 
 
435 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.988343  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0880  urea ABC transporter, urea binding protein  27.98 
 
 
435 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.824913 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0787  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.72 
 
 
435 aa  149  9e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.238628  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>