More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2996 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_2996  putative amidase expression-regulating protein  100 
 
 
391 aa  799    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4419  putative amidase expression-regulating protein  59.27 
 
 
384 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5692  putative amidase expression-regulating protein  58.65 
 
 
377 aa  456  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0892365  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6645  Extracellular ligand-binding receptor  57.84 
 
 
377 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548908  normal  0.064075 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1305  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  57.22 
 
 
397 aa  449  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.614657  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5905  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  56.54 
 
 
391 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.607996  normal  0.0988317 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0049  putative amidase expression-regulating protein  55.1 
 
 
380 aa  414  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1951  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  46.13 
 
 
388 aa  357  9.999999999999999e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3638  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  46.49 
 
 
382 aa  345  6e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13399  normal  0.0727576 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4902  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  47.58 
 
 
405 aa  345  6e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0462  chain B, amide receptor of the amidase operon (Amic)  44.71 
 
 
388 aa  330  3e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.564198 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5753  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  42.93 
 
 
384 aa  323  2e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.887831 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2206  regulatory protein, putative  43.13 
 
 
382 aa  317  2e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.137264  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1846  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  45.38 
 
 
380 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.280778 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2419  regulatory protein, putative  41.78 
 
 
382 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.816344  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2143  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  40.17 
 
 
385 aa  302  8.000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20580  aliphatic amidase expression-regulating protein  40.56 
 
 
385 aa  298  1e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0172164  normal  0.861433 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0803  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  40.86 
 
 
388 aa  296  3e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.123562  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  38.92 
 
 
419 aa  297  3e-79  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  41.46 
 
 
443 aa  295  7e-79  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1766  aliphatic amidase expression-regulating protein  40.83 
 
 
385 aa  295  7e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  41.9 
 
 
393 aa  294  2e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  39.39 
 
 
418 aa  294  2e-78  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4596  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  43.37 
 
 
372 aa  293  3e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.55 
 
 
393 aa  293  5e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5281  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  41.99 
 
 
425 aa  286  4e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0130  extracellular ligand-binding receptor  38.34 
 
 
423 aa  286  4e-76  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0243473 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4361  extracellular ligand-binding receptor  38.98 
 
 
438 aa  283  3.0000000000000004e-75  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000367621  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2661  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  42.03 
 
 
385 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.547475  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3780  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  41.62 
 
 
404 aa  280  3e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.583472  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  39.62 
 
 
405 aa  279  5e-74  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  38.57 
 
 
421 aa  279  5e-74  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  38.57 
 
 
421 aa  279  5e-74  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6186  urea ABC transporter, urea binding protein  41.69 
 
 
410 aa  279  7e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.411723  normal  0.830735 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  38.02 
 
 
402 aa  279  8e-74  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  38.38 
 
 
397 aa  278  9e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2260  urea ABC transporter, urea binding protein  39.78 
 
 
440 aa  275  8e-73  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.411735  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  37.81 
 
 
463 aa  274  2.0000000000000002e-72  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  38.02 
 
 
421 aa  273  4.0000000000000004e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0810  putative PAS/PAC sensor protein  40.72 
 
 
840 aa  273  5.000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.643579  normal  0.828908 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  39.18 
 
 
421 aa  272  8.000000000000001e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1662  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  39.94 
 
 
428 aa  271  1e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  37.33 
 
 
402 aa  271  1e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5512  ABC transporter substrate-binding protein  40.56 
 
 
422 aa  271  2e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115941  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1139  urea ABC transporter, urea binding protein  38.15 
 
 
413 aa  271  2e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3881  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  40.44 
 
 
411 aa  271  2e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3022  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  40.76 
 
 
384 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.486671 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1775  twin-arginine translocation pathway signal  40.11 
 
 
414 aa  268  1e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185236  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0593  urea ABC transporter, urea binding protein  38.42 
 
 
418 aa  267  2e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0692994 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0976  urea ABC transporter, urea binding protein  38.61 
 
 
426 aa  267  2e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1200  urea ABC transporter, urea binding protein  37.6 
 
 
413 aa  266  5e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12535 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  38.34 
 
 
419 aa  266  5.999999999999999e-70  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0654  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  38.04 
 
 
391 aa  265  7e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.379667 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1360  urea ABC transporter, urea binding protein  37.6 
 
 
413 aa  266  7e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396806  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3572  ABC transporter substrate-binding protein  38.06 
 
 
422 aa  265  8e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.536665  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  37.98 
 
 
413 aa  265  1e-69  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5668  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  38.85 
 
 
424 aa  263  4e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851164  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3732  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  38.85 
 
 
424 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4636  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  38.85 
 
 
424 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1443  urea ABC transporter, urea binding protein  37.95 
 
 
420 aa  262  6.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3864  amide-urea binding protein  37.95 
 
 
420 aa  262  8.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601855  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4078  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  39.72 
 
 
414 aa  261  2e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.749846  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1711  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.47 
 
 
421 aa  260  3e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0299695  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3112  urea ABC transporter, urea binding protein  40.11 
 
 
416 aa  259  5.0000000000000005e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1252  amide-urea binding protein  37.4 
 
 
392 aa  259  7e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0854371  normal  0.451875 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3690  urea ABC transporter, urea binding protein  37.22 
 
 
417 aa  258  9e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3381  ABC transporter substrate-binding protein  37.22 
 
 
417 aa  258  9e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3200  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, amiC  39.95 
 
 
386 aa  258  1e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1674  urea ABC transporter, urea binding protein  38.84 
 
 
407 aa  258  1e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1953  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  37.85 
 
 
410 aa  258  2e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1289  putative substrate-binding component of ABC transporter  36.22 
 
 
436 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1597  urea ABC transporter, urea binding protein  39.18 
 
 
414 aa  254  1.0000000000000001e-66  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.948764  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3145  urea ABC transporter, urea binding protein  38.61 
 
 
422 aa  254  2.0000000000000002e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1506  putative substrate-binding component of ABC transporter  37.04 
 
 
436 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0564  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.89 
 
 
420 aa  253  3e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3587  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  38.06 
 
 
418 aa  254  3e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0220  urea ABC transporter, urea binding protein  39.44 
 
 
421 aa  251  2e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618006  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0986  twin-arginine translocation pathway signal  36.39 
 
 
418 aa  246  4.9999999999999997e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2620  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  37.7 
 
 
432 aa  246  4.9999999999999997e-64  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0558299  normal  0.886918 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2975  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.33 
 
 
416 aa  246  6e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.13601 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0997  twin-arginine translocation pathway signal  36.34 
 
 
427 aa  245  9.999999999999999e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3381  twin-arginine translocation pathway signal  36.43 
 
 
419 aa  243  3e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0952  twin-arginine translocation pathway signal  35.75 
 
 
419 aa  243  3.9999999999999997e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.553309  normal  0.40345 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3324  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  38.46 
 
 
402 aa  243  6e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2193  urea ABC transporter, urea binding protein  36.53 
 
 
418 aa  242  7e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2041  putative urea/short-chain amide-binding signal peptide protein  37.47 
 
 
418 aa  242  7.999999999999999e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.300905 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1443  twin-arginine translocation pathway signal  36.77 
 
 
420 aa  241  1e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29741  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  36.29 
 
 
431 aa  241  1e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0701  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  36.02 
 
 
421 aa  241  1e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.525993  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1870  urea ABC transporter, urea binding protein  36.27 
 
 
418 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.510403  normal  0.303887 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1393  twin-arginine translocation pathway signal  36.19 
 
 
428 aa  239  5e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656328  normal  0.386042 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4012  urea ABC transporter, urea binding protein  35.9 
 
 
422 aa  239  6.999999999999999e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.394915  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4295  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  36.36 
 
 
388 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0107993 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0431  twin-arginine translocation pathway signal  35.85 
 
 
435 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0910  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  35.85 
 
 
435 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.988343  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0880  urea ABC transporter, urea binding protein  35.85 
 
 
435 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.824913 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2007  urea ABC transporter, urea binding protein  35.75 
 
 
405 aa  237  2e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1255  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic protein  34.13 
 
 
445 aa  238  2e-61  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.857524 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4841  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  36.02 
 
 
421 aa  237  3e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.365474 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4719  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  36.02 
 
 
421 aa  237  3e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.14369  normal  0.0383938 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>