More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3022 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2661  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  79.63 
 
 
385 aa  637    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.547475  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3022  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  100 
 
 
384 aa  780    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.486671 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3200  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, amiC  79.69 
 
 
386 aa  602  1.0000000000000001e-171  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3324  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  62.01 
 
 
402 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4295  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  42.09 
 
 
388 aa  311  1e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0107993 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1755  putative regulator protein  42.12 
 
 
388 aa  295  1e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.348648  normal  0.0589242 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6672  ABC transporter substrate binding protein  41.87 
 
 
377 aa  277  2e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0124966  normal  0.374205 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2996  putative amidase expression-regulating protein  40.76 
 
 
391 aa  275  7e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5639  ABC transporter substrate binding protein  40.16 
 
 
410 aa  273  5.000000000000001e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.137599  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5692  putative amidase expression-regulating protein  39.95 
 
 
377 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0892365  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4902  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.92 
 
 
405 aa  266  5.999999999999999e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6645  Extracellular ligand-binding receptor  39.68 
 
 
377 aa  265  8.999999999999999e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548908  normal  0.064075 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3638  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.65 
 
 
382 aa  265  1e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13399  normal  0.0727576 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0049  putative amidase expression-regulating protein  38.77 
 
 
380 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4419  putative amidase expression-regulating protein  42.93 
 
 
384 aa  258  2e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  37.91 
 
 
418 aa  256  4e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  37.91 
 
 
419 aa  253  3e-66  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1951  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  37.47 
 
 
388 aa  253  3e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1846  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.13 
 
 
380 aa  248  9e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.280778 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1305  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.33 
 
 
397 aa  248  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.614657  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5905  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.33 
 
 
391 aa  243  5e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.607996  normal  0.0988317 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2419  regulatory protein, putative  37.27 
 
 
382 aa  242  9e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.816344  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2206  regulatory protein, putative  37.27 
 
 
382 aa  242  9e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.137264  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3881  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  35.54 
 
 
411 aa  238  2e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  37.98 
 
 
443 aa  237  3e-61  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3780  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  35.73 
 
 
404 aa  237  3e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.583472  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5753  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  37.13 
 
 
384 aa  236  4e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.887831 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0803  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  38.48 
 
 
388 aa  236  4e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.123562  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20580  aliphatic amidase expression-regulating protein  38.36 
 
 
385 aa  235  8e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0172164  normal  0.861433 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2143  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  36.86 
 
 
385 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1766  aliphatic amidase expression-regulating protein  38.19 
 
 
385 aa  234  3e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3992  putative negative amidase regulator, AmiC  38.36 
 
 
353 aa  234  3e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3260  putative negative amidase regulator, AmiC  38.62 
 
 
353 aa  233  6e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.469072  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1674  urea ABC transporter, urea binding protein  40.06 
 
 
407 aa  232  8.000000000000001e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0130  extracellular ligand-binding receptor  35.71 
 
 
423 aa  231  2e-59  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0243473 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3279  hypothetical protein  38.99 
 
 
353 aa  230  3e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.379355  normal  0.855443 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1662  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  35.89 
 
 
428 aa  229  4e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  37.36 
 
 
405 aa  229  4e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0462  chain B, amide receptor of the amidase operon (Amic)  36.51 
 
 
388 aa  227  2e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.564198 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4361  extracellular ligand-binding receptor  34.55 
 
 
438 aa  226  4e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000367621  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.9 
 
 
393 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  34.35 
 
 
393 aa  225  9e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5281  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  35.23 
 
 
425 aa  223  4e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2260  urea ABC transporter, urea binding protein  34.24 
 
 
440 aa  215  9e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.411735  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0208  putative regulator protein  36.29 
 
 
401 aa  212  1e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1289  putative substrate-binding component of ABC transporter  31.82 
 
 
436 aa  209  6e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1953  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  34.07 
 
 
410 aa  207  2e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1506  putative substrate-binding component of ABC transporter  31.55 
 
 
436 aa  206  4e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  31.96 
 
 
397 aa  206  6e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  33.15 
 
 
421 aa  204  2e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  33.15 
 
 
421 aa  204  2e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  32.87 
 
 
421 aa  202  9.999999999999999e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2161  urea ABC transporter, urea binding protein  34.52 
 
 
422 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.269161  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1557  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  32.35 
 
 
441 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2746  urea ABC transporter, urea binding protein  34.77 
 
 
423 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.276837  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4596  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  34.15 
 
 
372 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2500  urea ABC transporter, urea binding protein  34.52 
 
 
422 aa  199  5e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.172849  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  32.69 
 
 
402 aa  199  5e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  31.97 
 
 
421 aa  198  1.0000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0810  putative PAS/PAC sensor protein  32.88 
 
 
840 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.643579  normal  0.828908 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0701  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  33.95 
 
 
421 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.525993  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  33.15 
 
 
419 aa  197  2.0000000000000003e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4841  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  33.68 
 
 
421 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.365474 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  32.04 
 
 
402 aa  197  3e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4719  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  33.68 
 
 
421 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.14369  normal  0.0383938 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2620  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  33.06 
 
 
432 aa  196  4.0000000000000005e-49  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0558299  normal  0.886918 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4898  urea ABC transporter, urea binding protein  33.95 
 
 
421 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0308389 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4426  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.16 
 
 
421 aa  196  6e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.171999 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2007  urea ABC transporter, urea binding protein  32.42 
 
 
405 aa  195  1e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29741  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  31.98 
 
 
431 aa  195  1e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1393  twin-arginine translocation pathway signal  32.55 
 
 
428 aa  194  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656328  normal  0.386042 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4633  urea ABC transporter, urea binding protein  33.95 
 
 
421 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.688874  normal  0.0837107 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3112  urea ABC transporter, urea binding protein  33.33 
 
 
416 aa  193  4e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0994  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  31.66 
 
 
454 aa  193  4e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.603537  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1988  putative substrate-binding periplasmic transport protein  34.04 
 
 
423 aa  193  4e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.146215 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3211  twin-arginine translocation pathway signal  32.99 
 
 
420 aa  193  5e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.35137  normal  0.840301 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1775  twin-arginine translocation pathway signal  33.51 
 
 
414 aa  192  7e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185236  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3381  twin-arginine translocation pathway signal  33.68 
 
 
419 aa  192  8e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5668  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.61 
 
 
424 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851164  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0654  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  30.77 
 
 
391 aa  192  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.379667 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1421  putative substrate-binding periplasmic transport protein  34.56 
 
 
422 aa  192  1e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1084  urea ABC transporter, urea binding protein  33.25 
 
 
425 aa  191  1e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0986  twin-arginine translocation pathway signal  31.84 
 
 
418 aa  191  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0590  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.63 
 
 
421 aa  191  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2250  putative urea ABC transporter, urea binding protein  32.25 
 
 
431 aa  191  2e-47  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.582147  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0697  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.98 
 
 
425 aa  191  2e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.951166  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0997  twin-arginine translocation pathway signal  31.76 
 
 
427 aa  191  2e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1139  urea ABC transporter, urea binding protein  31.61 
 
 
413 aa  191  2e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3732  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.61 
 
 
424 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4636  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.61 
 
 
424 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6186  urea ABC transporter, urea binding protein  32.23 
 
 
410 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.411723  normal  0.830735 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1200  urea ABC transporter, urea binding protein  31.61 
 
 
413 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12535 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1360  urea ABC transporter, urea binding protein  31.61 
 
 
413 aa  190  4e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396806  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4885  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.37 
 
 
421 aa  190  5e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4078  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.78 
 
 
414 aa  189  7e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.749846  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0952  twin-arginine translocation pathway signal  31.32 
 
 
419 aa  189  7e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.553309  normal  0.40345 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3572  ABC transporter substrate-binding protein  31.4 
 
 
422 aa  189  8e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.536665  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5579  hypothetical protein  34.21 
 
 
421 aa  189  8e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3500  twin-arginine translocation pathway signal  32.55 
 
 
420 aa  189  9e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5512  ABC transporter substrate-binding protein  31.68 
 
 
422 aa  188  1e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115941  normal  0.320522 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>