294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5639 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5639  ABC transporter substrate binding protein  100 
 
 
410 aa  848    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.137599  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6672  ABC transporter substrate binding protein  47.24 
 
 
377 aa  333  3e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0124966  normal  0.374205 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1755  putative regulator protein  41.84 
 
 
388 aa  326  4.0000000000000003e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.348648  normal  0.0589242 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4295  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  38.69 
 
 
388 aa  288  1e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0107993 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3324  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  40.69 
 
 
402 aa  279  8e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3200  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, amiC  40.05 
 
 
386 aa  277  2e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2661  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  39.34 
 
 
385 aa  273  6e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.547475  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3022  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  40.21 
 
 
384 aa  269  7e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.486671 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3260  putative negative amidase regulator, AmiC  41.08 
 
 
353 aa  268  2e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.469072  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3992  putative negative amidase regulator, AmiC  41.08 
 
 
353 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3279  hypothetical protein  46.06 
 
 
353 aa  250  3e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.379355  normal  0.855443 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0208  putative regulator protein  37.6 
 
 
401 aa  240  4e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  32.3 
 
 
418 aa  209  9e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1846  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.51 
 
 
380 aa  206  8e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.280778 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3638  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.15 
 
 
382 aa  204  2e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13399  normal  0.0727576 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1305  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.9 
 
 
397 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.614657  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5281  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  32.6 
 
 
425 aa  201  3e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2996  putative amidase expression-regulating protein  31.68 
 
 
391 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4902  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.15 
 
 
405 aa  197  3e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6645  Extracellular ligand-binding receptor  32.81 
 
 
377 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548908  normal  0.064075 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1951  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  32.14 
 
 
388 aa  194  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5692  putative amidase expression-regulating protein  33.6 
 
 
377 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0892365  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0462  chain B, amide receptor of the amidase operon (Amic)  32.07 
 
 
388 aa  193  6e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.564198 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5753  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  32.88 
 
 
384 aa  192  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.887831 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0803  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  32.88 
 
 
388 aa  191  2e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.123562  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0049  putative amidase expression-regulating protein  31.13 
 
 
380 aa  189  7e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5905  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.88 
 
 
391 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.607996  normal  0.0988317 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2206  regulatory protein, putative  31.18 
 
 
382 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.137264  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2419  regulatory protein, putative  31.18 
 
 
382 aa  187  4e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.816344  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
419 aa  187  4e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1662  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  32.97 
 
 
428 aa  183  5.0000000000000004e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1766  aliphatic amidase expression-regulating protein  32.42 
 
 
385 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20580  aliphatic amidase expression-regulating protein  31.87 
 
 
385 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0172164  normal  0.861433 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4419  putative amidase expression-regulating protein  32.7 
 
 
384 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1953  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  30.33 
 
 
410 aa  179  7e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4596  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  30.34 
 
 
372 aa  176  5e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0130  extracellular ligand-binding receptor  30.24 
 
 
423 aa  176  6e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0243473 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2143  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  30.22 
 
 
385 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  31.71 
 
 
443 aa  175  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.66 
 
 
393 aa  170  4e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2260  urea ABC transporter, urea binding protein  29.97 
 
 
440 aa  169  8e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.411735  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  30.11 
 
 
393 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4361  extracellular ligand-binding receptor  30.14 
 
 
438 aa  168  2e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000367621  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3881  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  27.55 
 
 
411 aa  168  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3780  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  28.18 
 
 
404 aa  166  9e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.583472  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  28.3 
 
 
405 aa  163  5.0000000000000005e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1674  urea ABC transporter, urea binding protein  29.75 
 
 
407 aa  162  1e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1506  putative substrate-binding component of ABC transporter  27.82 
 
 
436 aa  157  3e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  27.75 
 
 
419 aa  157  4e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1289  putative substrate-binding component of ABC transporter  27.56 
 
 
436 aa  156  6e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0810  putative PAS/PAC sensor protein  29.4 
 
 
840 aa  156  8e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.643579  normal  0.828908 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29741  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  29.73 
 
 
431 aa  155  1e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1557  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  28.27 
 
 
441 aa  154  4e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08881  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  29.78 
 
 
425 aa  154  4e-36  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  27.2 
 
 
463 aa  150  5e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  27.54 
 
 
421 aa  147  3e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  28.69 
 
 
402 aa  147  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  27.81 
 
 
421 aa  147  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  27.81 
 
 
421 aa  147  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  27.01 
 
 
402 aa  147  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  29.19 
 
 
421 aa  144  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19191  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  29.51 
 
 
425 aa  144  3e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1048  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  29.51 
 
 
425 aa  144  3e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.293483  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0986  twin-arginine translocation pathway signal  28.35 
 
 
418 aa  144  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0829  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  29.23 
 
 
425 aa  144  3e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08861  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  29.23 
 
 
425 aa  144  4e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0952  twin-arginine translocation pathway signal  27.34 
 
 
419 aa  144  4e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.553309  normal  0.40345 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2007  urea ABC transporter, urea binding protein  27.82 
 
 
405 aa  143  6e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2250  putative urea ABC transporter, urea binding protein  29.46 
 
 
431 aa  143  6e-33  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.582147  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  27.67 
 
 
413 aa  143  6e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1200  urea ABC transporter, urea binding protein  28.69 
 
 
413 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12535 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2620  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  29.77 
 
 
432 aa  139  1e-31  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0558299  normal  0.886918 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1360  urea ABC transporter, urea binding protein  28.69 
 
 
413 aa  139  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396806  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1139  urea ABC transporter, urea binding protein  27.76 
 
 
413 aa  137  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  28.1 
 
 
397 aa  137  4e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6186  urea ABC transporter, urea binding protein  30.38 
 
 
410 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.411723  normal  0.830735 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5668  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.78 
 
 
424 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851164  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4885  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.49 
 
 
421 aa  133  5e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3572  ABC transporter substrate-binding protein  28.3 
 
 
422 aa  133  5e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.536665  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3211  twin-arginine translocation pathway signal  27.11 
 
 
420 aa  133  6e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.35137  normal  0.840301 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0701  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.88 
 
 
421 aa  133  6e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.525993  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3732  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.51 
 
 
424 aa  133  6e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1255  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic protein  25.71 
 
 
445 aa  133  6e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.857524 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4636  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.51 
 
 
424 aa  133  6e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3690  urea ABC transporter, urea binding protein  28.3 
 
 
417 aa  133  6.999999999999999e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3381  ABC transporter substrate-binding protein  28.3 
 
 
417 aa  133  6.999999999999999e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5512  ABC transporter substrate-binding protein  29.22 
 
 
422 aa  132  9e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115941  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0593  urea ABC transporter, urea binding protein  27.66 
 
 
418 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0692994 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4426  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.91 
 
 
421 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.171999 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3500  twin-arginine translocation pathway signal  26.05 
 
 
420 aa  130  6e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2041  putative urea/short-chain amide-binding signal peptide protein  25.99 
 
 
418 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.300905 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2193  urea ABC transporter, urea binding protein  25.99 
 
 
418 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3112  urea ABC transporter, urea binding protein  30.48 
 
 
416 aa  129  8.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1870  urea ABC transporter, urea binding protein  25.99 
 
 
418 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.510403  normal  0.303887 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1393  twin-arginine translocation pathway signal  25.58 
 
 
428 aa  128  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656328  normal  0.386042 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0997  twin-arginine translocation pathway signal  25.92 
 
 
427 aa  128  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4841  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.96 
 
 
421 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.365474 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0654  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  27.96 
 
 
391 aa  127  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.379667 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4719  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.96 
 
 
421 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.14369  normal  0.0383938 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0220  urea ABC transporter, urea binding protein  28.03 
 
 
421 aa  127  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618006  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>