269 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3260 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007494  RSP_3260  putative negative amidase regulator, AmiC  100 
 
 
353 aa  712    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.469072  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3992  putative negative amidase regulator, AmiC  98.58 
 
 
353 aa  705    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3279  hypothetical protein  90.08 
 
 
353 aa  630  1e-179  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.379355  normal  0.855443 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1755  putative regulator protein  45.26 
 
 
388 aa  290  3e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.348648  normal  0.0589242 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5639  ABC transporter substrate binding protein  41.08 
 
 
410 aa  259  4e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.137599  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6672  ABC transporter substrate binding protein  41.95 
 
 
377 aa  252  6e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0124966  normal  0.374205 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2661  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  39.79 
 
 
385 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.547475  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0208  putative regulator protein  38.78 
 
 
401 aa  233  4.0000000000000004e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3200  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, amiC  40.63 
 
 
386 aa  229  4e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3022  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  39.05 
 
 
384 aa  229  6e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.486671 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3324  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  39.89 
 
 
402 aa  211  2e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4295  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  34.6 
 
 
388 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0107993 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3638  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.12 
 
 
382 aa  179  4e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13399  normal  0.0727576 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1846  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.96 
 
 
380 aa  179  7e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.280778 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4902  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.48 
 
 
405 aa  173  3.9999999999999995e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0462  chain B, amide receptor of the amidase operon (Amic)  37.35 
 
 
388 aa  166  5e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.564198 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1951  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  31.81 
 
 
388 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2996  putative amidase expression-regulating protein  31.51 
 
 
391 aa  162  8.000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5753  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  34.42 
 
 
384 aa  160  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.887831 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  35.55 
 
 
443 aa  160  5e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4419  putative amidase expression-regulating protein  34.89 
 
 
384 aa  157  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  29.67 
 
 
418 aa  155  9e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4361  extracellular ligand-binding receptor  34.38 
 
 
438 aa  154  2e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000367621  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1305  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.42 
 
 
397 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.614657  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0130  extracellular ligand-binding receptor  30.11 
 
 
423 aa  153  2.9999999999999998e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0243473 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  31.5 
 
 
419 aa  152  8.999999999999999e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2260  urea ABC transporter, urea binding protein  34.77 
 
 
440 aa  152  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.411735  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2143  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  34.11 
 
 
385 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6645  Extracellular ligand-binding receptor  33.61 
 
 
377 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548908  normal  0.064075 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0803  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  32.34 
 
 
388 aa  152  1e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.123562  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5692  putative amidase expression-regulating protein  32.79 
 
 
377 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0892365  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0810  putative PAS/PAC sensor protein  33.2 
 
 
840 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.643579  normal  0.828908 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5905  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.8 
 
 
391 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.607996  normal  0.0988317 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1766  aliphatic amidase expression-regulating protein  32.43 
 
 
385 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2419  regulatory protein, putative  30.29 
 
 
382 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.816344  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  31.1 
 
 
393 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2206  regulatory protein, putative  30.62 
 
 
382 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.137264  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1674  urea ABC transporter, urea binding protein  30.85 
 
 
407 aa  144  2e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20580  aliphatic amidase expression-regulating protein  31.51 
 
 
385 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0172164  normal  0.861433 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.71 
 
 
393 aa  143  5e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5281  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  30.42 
 
 
425 aa  142  6e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0049  putative amidase expression-regulating protein  32.43 
 
 
380 aa  142  9e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1289  putative substrate-binding component of ABC transporter  31.89 
 
 
436 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2620  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  32.23 
 
 
432 aa  141  1.9999999999999998e-32  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0558299  normal  0.886918 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1506  putative substrate-binding component of ABC transporter  31.5 
 
 
436 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1953  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  30.08 
 
 
410 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  31.37 
 
 
421 aa  140  3.9999999999999997e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1662  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  29.13 
 
 
428 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  31.89 
 
 
405 aa  137  2e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3881  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  33.86 
 
 
411 aa  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  33.07 
 
 
397 aa  136  4e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4596  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  33.53 
 
 
372 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0593  urea ABC transporter, urea binding protein  30.74 
 
 
418 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0692994 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1775  twin-arginine translocation pathway signal  31.78 
 
 
414 aa  134  3e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185236  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0976  urea ABC transporter, urea binding protein  31.13 
 
 
426 aa  134  3e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0654  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  31.01 
 
 
391 aa  134  3e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.379667 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3780  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  30.08 
 
 
404 aa  132  6e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.583472  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1443  urea ABC transporter, urea binding protein  31.01 
 
 
420 aa  133  6e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1139  urea ABC transporter, urea binding protein  30.04 
 
 
413 aa  132  9e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0564  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.4 
 
 
420 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3864  amide-urea binding protein  30.62 
 
 
420 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601855  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2007  urea ABC transporter, urea binding protein  30.47 
 
 
405 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  31.37 
 
 
421 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  31.37 
 
 
421 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  31.5 
 
 
402 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1200  urea ABC transporter, urea binding protein  29.63 
 
 
413 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12535 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1252  amide-urea binding protein  30.62 
 
 
392 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0854371  normal  0.451875 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2975  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.27 
 
 
416 aa  130  3e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.13601 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1360  urea ABC transporter, urea binding protein  29.63 
 
 
413 aa  130  3e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396806  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  31.1 
 
 
402 aa  130  3e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4078  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.13 
 
 
414 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.749846  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6186  urea ABC transporter, urea binding protein  31.69 
 
 
410 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.411723  normal  0.830735 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3381  ABC transporter substrate-binding protein  29.57 
 
 
417 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3690  urea ABC transporter, urea binding protein  29.57 
 
 
417 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  30.59 
 
 
421 aa  129  6e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3572  ABC transporter substrate-binding protein  29.57 
 
 
422 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.536665  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5512  ABC transporter substrate-binding protein  30.35 
 
 
422 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115941  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3381  twin-arginine translocation pathway signal  28.8 
 
 
419 aa  127  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5668  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.86 
 
 
424 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851164  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3732  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.86 
 
 
424 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4636  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.86 
 
 
424 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  29.92 
 
 
463 aa  126  5e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0220  urea ABC transporter, urea binding protein  31.13 
 
 
421 aa  126  5e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618006  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1597  urea ABC transporter, urea binding protein  31.25 
 
 
414 aa  126  6e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.948764  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1393  twin-arginine translocation pathway signal  26.9 
 
 
428 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656328  normal  0.386042 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  30.96 
 
 
419 aa  125  1e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3587  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.57 
 
 
418 aa  124  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1711  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.23 
 
 
421 aa  123  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0299695  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0997  twin-arginine translocation pathway signal  26.37 
 
 
427 aa  123  5e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3145  urea ABC transporter, urea binding protein  30.35 
 
 
422 aa  122  6e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4012  urea ABC transporter, urea binding protein  26.4 
 
 
422 aa  122  7e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.394915  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29741  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  32.13 
 
 
431 aa  122  7e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3112  urea ABC transporter, urea binding protein  27.43 
 
 
416 aa  122  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3500  twin-arginine translocation pathway signal  27.15 
 
 
420 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3211  twin-arginine translocation pathway signal  27.94 
 
 
420 aa  121  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.35137  normal  0.840301 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2193  urea ABC transporter, urea binding protein  27.01 
 
 
418 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4426  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.6 
 
 
421 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.171999 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08881  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  28.38 
 
 
425 aa  120  3.9999999999999996e-26  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1870  urea ABC transporter, urea binding protein  27.08 
 
 
418 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.510403  normal  0.303887 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  30.54 
 
 
413 aa  120  4.9999999999999996e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>