More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1755 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_1755  putative regulator protein  100 
 
 
388 aa  797    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.348648  normal  0.0589242 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5639  ABC transporter substrate binding protein  41.84 
 
 
410 aa  313  3.9999999999999997e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.137599  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6672  ABC transporter substrate binding protein  44.44 
 
 
377 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0124966  normal  0.374205 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3200  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, amiC  44.07 
 
 
386 aa  301  9e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2661  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  42.3 
 
 
385 aa  294  2e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.547475  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3992  putative negative amidase regulator, AmiC  54.76 
 
 
353 aa  285  7e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3260  putative negative amidase regulator, AmiC  54.76 
 
 
353 aa  285  8e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.469072  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3022  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  42.08 
 
 
384 aa  281  2e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.486671 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3279  hypothetical protein  43.7 
 
 
353 aa  276  5e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.379355  normal  0.855443 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3324  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  41.36 
 
 
402 aa  272  8.000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4295  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  37.15 
 
 
388 aa  270  4e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0107993 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0208  putative regulator protein  38.17 
 
 
401 aa  241  2e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0803  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  39.3 
 
 
388 aa  238  1e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.123562  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2996  putative amidase expression-regulating protein  36.86 
 
 
391 aa  236  6e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4902  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.87 
 
 
405 aa  235  8e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3638  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.59 
 
 
382 aa  229  8e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13399  normal  0.0727576 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2206  regulatory protein, putative  35.25 
 
 
382 aa  223  3e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.137264  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1846  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.47 
 
 
380 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.280778 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2419  regulatory protein, putative  34.78 
 
 
382 aa  220  3e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.816344  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1305  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.52 
 
 
397 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.614657  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5905  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.51 
 
 
391 aa  206  5e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.607996  normal  0.0988317 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5753  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  35.22 
 
 
384 aa  205  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.887831 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4419  putative amidase expression-regulating protein  35.87 
 
 
384 aa  205  1e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  32.36 
 
 
418 aa  204  2e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5692  putative amidase expression-regulating protein  34.43 
 
 
377 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0892365  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6645  Extracellular ligand-binding receptor  34.15 
 
 
377 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548908  normal  0.064075 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1951  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  33.42 
 
 
388 aa  197  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0462  chain B, amide receptor of the amidase operon (Amic)  34.04 
 
 
388 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.564198 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2143  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  32.42 
 
 
385 aa  196  7e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  31.18 
 
 
405 aa  194  3e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1662  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  32.69 
 
 
428 aa  192  1e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5281  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  31.1 
 
 
425 aa  191  2.9999999999999997e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1289  putative substrate-binding component of ABC transporter  30.46 
 
 
436 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1506  putative substrate-binding component of ABC transporter  31.71 
 
 
436 aa  188  1e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  30.03 
 
 
419 aa  188  1e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1674  urea ABC transporter, urea binding protein  33.96 
 
 
407 aa  186  5e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3881  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  31.96 
 
 
411 aa  186  9e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0810  putative PAS/PAC sensor protein  31.06 
 
 
840 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.643579  normal  0.828908 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  30.81 
 
 
443 aa  184  3e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  32.89 
 
 
402 aa  184  3e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2260  urea ABC transporter, urea binding protein  32.08 
 
 
440 aa  183  6e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.411735  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1766  aliphatic amidase expression-regulating protein  31.04 
 
 
385 aa  183  6e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4361  extracellular ligand-binding receptor  30.81 
 
 
438 aa  181  2e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000367621  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20580  aliphatic amidase expression-regulating protein  31.32 
 
 
385 aa  180  4e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0172164  normal  0.861433 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0130  extracellular ligand-binding receptor  29.74 
 
 
423 aa  179  5.999999999999999e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0243473 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1775  twin-arginine translocation pathway signal  30.87 
 
 
414 aa  177  4e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185236  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  30.08 
 
 
421 aa  176  5e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  31.45 
 
 
421 aa  176  5e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  31.45 
 
 
421 aa  176  5e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  32.43 
 
 
402 aa  176  7e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  32.2 
 
 
421 aa  175  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1139  urea ABC transporter, urea binding protein  31.04 
 
 
413 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1360  urea ABC transporter, urea binding protein  30.77 
 
 
413 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396806  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  30.58 
 
 
397 aa  174  2.9999999999999996e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0049  putative amidase expression-regulating protein  29.73 
 
 
380 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1200  urea ABC transporter, urea binding protein  30.49 
 
 
413 aa  173  5.999999999999999e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12535 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1953  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  28.92 
 
 
410 aa  169  6e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3572  ABC transporter substrate-binding protein  31.04 
 
 
422 aa  169  6e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.536665  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3780  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  29.83 
 
 
404 aa  169  7e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.583472  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3690  urea ABC transporter, urea binding protein  31.04 
 
 
417 aa  169  1e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3381  ABC transporter substrate-binding protein  31.04 
 
 
417 aa  169  1e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1443  urea ABC transporter, urea binding protein  28.8 
 
 
420 aa  166  4e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  30.33 
 
 
463 aa  166  9e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4078  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.15 
 
 
414 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.749846  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1202  putative urea/short-chain amide-binding signal peptide protein  29.6 
 
 
419 aa  163  6e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3864  amide-urea binding protein  28.8 
 
 
420 aa  162  7e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601855  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  28.89 
 
 
393 aa  162  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0220  urea ABC transporter, urea binding protein  30.85 
 
 
421 aa  162  1e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618006  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0654  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  28.26 
 
 
391 aa  162  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.379667 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  30.62 
 
 
413 aa  162  1e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3587  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.68 
 
 
418 aa  162  1e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1252  amide-urea binding protein  28.53 
 
 
392 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0854371  normal  0.451875 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.89 
 
 
393 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3145  urea ABC transporter, urea binding protein  31.13 
 
 
422 aa  160  3e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4596  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  31.13 
 
 
372 aa  160  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5668  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.85 
 
 
424 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851164  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  30.91 
 
 
419 aa  160  4e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3732  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.85 
 
 
424 aa  160  4e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4636  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.85 
 
 
424 aa  160  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0564  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.86 
 
 
420 aa  159  5e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3112  urea ABC transporter, urea binding protein  30.27 
 
 
416 aa  158  1e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2041  putative urea/short-chain amide-binding signal peptide protein  29.35 
 
 
418 aa  157  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.300905 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6186  urea ABC transporter, urea binding protein  29.75 
 
 
410 aa  158  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.411723  normal  0.830735 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1870  urea ABC transporter, urea binding protein  29.47 
 
 
418 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.510403  normal  0.303887 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2193  urea ABC transporter, urea binding protein  29.6 
 
 
418 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1711  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.59 
 
 
421 aa  157  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0299695  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2975  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.92 
 
 
416 aa  157  4e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.13601 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5512  ABC transporter substrate-binding protein  29.2 
 
 
422 aa  157  4e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115941  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0593  urea ABC transporter, urea binding protein  28.1 
 
 
418 aa  156  6e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0692994 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2620  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  28.91 
 
 
432 aa  156  6e-37  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0558299  normal  0.886918 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1504  urea/short-chain amide ABC transporter, periplasmic urea/short-chain amide-binding protein  29.84 
 
 
435 aa  156  6e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00196796  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0952  twin-arginine translocation pathway signal  29.33 
 
 
419 aa  156  6e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.553309  normal  0.40345 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2565  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.1 
 
 
435 aa  156  7e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000125255  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2176  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein, putative  30.1 
 
 
435 aa  156  7e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.253407  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0986  twin-arginine translocation pathway signal  29.07 
 
 
418 aa  156  7e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0732  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.1 
 
 
435 aa  156  7e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.909457  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2048  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.1 
 
 
435 aa  156  7e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0410415  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3103  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.84 
 
 
435 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3127  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.84 
 
 
435 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00881  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  28.09 
 
 
403 aa  155  1e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>