More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_C1305 on replicon NC_007953
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010515  Bcenmc03_5905  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  85.35 
 
 
391 aa  704    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.607996  normal  0.0988317 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1305  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  100 
 
 
397 aa  823    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.614657  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2996  putative amidase expression-regulating protein  57.22 
 
 
391 aa  449  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6645  Extracellular ligand-binding receptor  56.99 
 
 
377 aa  443  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548908  normal  0.064075 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5692  putative amidase expression-regulating protein  56.45 
 
 
377 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0892365  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4419  putative amidase expression-regulating protein  56.15 
 
 
384 aa  421  1e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0049  putative amidase expression-regulating protein  53.15 
 
 
380 aa  397  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1951  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  44.33 
 
 
388 aa  361  1e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1846  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  46.87 
 
 
380 aa  327  3e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.280778 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4902  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.99 
 
 
405 aa  318  7.999999999999999e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0462  chain B, amide receptor of the amidase operon (Amic)  45.33 
 
 
388 aa  317  3e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.564198 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3638  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.09 
 
 
382 aa  315  9e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13399  normal  0.0727576 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4596  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  42.78 
 
 
372 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2206  regulatory protein, putative  40.93 
 
 
382 aa  302  8.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.137264  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  39.53 
 
 
418 aa  300  2e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5753  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  42.94 
 
 
384 aa  301  2e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.887831 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  40.98 
 
 
419 aa  300  4e-80  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2143  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  41.55 
 
 
385 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1766  aliphatic amidase expression-regulating protein  39.78 
 
 
385 aa  292  6e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2419  regulatory protein, putative  39.19 
 
 
382 aa  291  1e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.816344  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0803  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  41.73 
 
 
388 aa  291  2e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.123562  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20580  aliphatic amidase expression-regulating protein  39.51 
 
 
385 aa  289  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0172164  normal  0.861433 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  40.85 
 
 
443 aa  278  1e-73  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  38.69 
 
 
393 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1674  urea ABC transporter, urea binding protein  39.01 
 
 
407 aa  267  2e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.85 
 
 
393 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0130  extracellular ligand-binding receptor  36.27 
 
 
423 aa  264  2e-69  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0243473 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  38.8 
 
 
419 aa  263  3e-69  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4361  extracellular ligand-binding receptor  37.5 
 
 
438 aa  258  1e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000367621  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  36.99 
 
 
405 aa  258  1e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  37.53 
 
 
421 aa  258  1e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  37.53 
 
 
421 aa  258  1e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3324  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  41.1 
 
 
402 aa  257  3e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1953  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  38.8 
 
 
410 aa  257  3e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  37.53 
 
 
402 aa  257  3e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  36.99 
 
 
402 aa  257  3e-67  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1506  putative substrate-binding component of ABC transporter  36.31 
 
 
436 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2661  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  40.44 
 
 
385 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.547475  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1289  putative substrate-binding component of ABC transporter  35.77 
 
 
436 aa  251  1e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  36.71 
 
 
421 aa  250  3e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  35.2 
 
 
397 aa  249  4e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  37.53 
 
 
413 aa  249  9e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  37.16 
 
 
463 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0810  putative PAS/PAC sensor protein  36.94 
 
 
840 aa  242  9e-63  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.643579  normal  0.828908 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5281  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  37.82 
 
 
425 aa  242  1e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3022  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  40.33 
 
 
384 aa  241  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.486671 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3200  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, amiC  40.98 
 
 
386 aa  240  2.9999999999999997e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3780  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  35.68 
 
 
404 aa  238  1e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.583472  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4295  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  37.5 
 
 
388 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0107993 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3881  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  35.29 
 
 
411 aa  235  8e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1662  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  38.27 
 
 
428 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2260  urea ABC transporter, urea binding protein  35.08 
 
 
440 aa  233  5e-60  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.411735  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29741  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  36.1 
 
 
431 aa  231  2e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4841  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  33.87 
 
 
421 aa  229  8e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.365474 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4719  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  33.87 
 
 
421 aa  229  8e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.14369  normal  0.0383938 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1139  urea ABC transporter, urea binding protein  35.44 
 
 
413 aa  228  1e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0654  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  34.79 
 
 
391 aa  227  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.379667 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4898  urea ABC transporter, urea binding protein  33.87 
 
 
421 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0308389 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4426  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.6 
 
 
421 aa  227  3e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.171999 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0701  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  34.68 
 
 
421 aa  227  3e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.525993  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  35.52 
 
 
421 aa  227  3e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4633  urea ABC transporter, urea binding protein  33.87 
 
 
421 aa  227  3e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.688874  normal  0.0837107 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1443  urea ABC transporter, urea binding protein  35.07 
 
 
420 aa  225  9e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6186  urea ABC transporter, urea binding protein  36.26 
 
 
410 aa  225  1e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.411723  normal  0.830735 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1200  urea ABC transporter, urea binding protein  35.16 
 
 
413 aa  224  2e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12535 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1252  amide-urea binding protein  34.52 
 
 
392 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0854371  normal  0.451875 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1360  urea ABC transporter, urea binding protein  35.16 
 
 
413 aa  224  3e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396806  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0590  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.33 
 
 
421 aa  223  4e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0976  urea ABC transporter, urea binding protein  34.89 
 
 
426 aa  223  4.9999999999999996e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0593  urea ABC transporter, urea binding protein  34.62 
 
 
418 aa  223  6e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0692994 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3112  urea ABC transporter, urea binding protein  36.44 
 
 
416 aa  223  6e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3864  amide-urea binding protein  34.52 
 
 
420 aa  222  7e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601855  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5512  ABC transporter substrate-binding protein  35.71 
 
 
422 aa  222  9.999999999999999e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115941  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3572  ABC transporter substrate-binding protein  34.89 
 
 
422 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.536665  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0220  urea ABC transporter, urea binding protein  35.6 
 
 
421 aa  221  1.9999999999999999e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618006  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5668  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.29 
 
 
424 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851164  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2250  putative urea ABC transporter, urea binding protein  34.92 
 
 
431 aa  220  3e-56  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.582147  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1775  twin-arginine translocation pathway signal  34.25 
 
 
414 aa  219  5e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185236  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3732  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.29 
 
 
424 aa  219  5e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4636  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.29 
 
 
424 aa  219  5e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4885  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.8 
 
 
421 aa  218  1e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1597  urea ABC transporter, urea binding protein  34.97 
 
 
414 aa  218  1e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.948764  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4078  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.34 
 
 
414 aa  218  2e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.749846  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3690  urea ABC transporter, urea binding protein  33.79 
 
 
417 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3381  ABC transporter substrate-binding protein  33.79 
 
 
417 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1557  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  34.48 
 
 
441 aa  217  2.9999999999999998e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1711  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.6 
 
 
421 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0299695  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0697  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.69 
 
 
425 aa  216  4e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.951166  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64270  hypothetical protein  32.53 
 
 
421 aa  216  4e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00916173  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3587  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.62 
 
 
418 aa  216  8e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1340  urea ABC transporter urea binding protein  33.06 
 
 
422 aa  214  1.9999999999999998e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.231626 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2873  urea ABC transporter, urea binding protein  33.06 
 
 
422 aa  214  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.862041  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2794  urea ABC transporter, urea binding protein  33.06 
 
 
422 aa  214  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1084  urea ABC transporter, urea binding protein  33.95 
 
 
425 aa  214  1.9999999999999998e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0997  twin-arginine translocation pathway signal  32.71 
 
 
427 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5579  hypothetical protein  32.26 
 
 
421 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1421  putative substrate-binding periplasmic transport protein  32.8 
 
 
422 aa  214  2.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1393  twin-arginine translocation pathway signal  32.44 
 
 
428 aa  214  2.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656328  normal  0.386042 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3145  urea ABC transporter, urea binding protein  33.6 
 
 
422 aa  214  2.9999999999999995e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2161  urea ABC transporter, urea binding protein  32.26 
 
 
422 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.269161  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>