More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4596 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_4596  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  100 
 
 
372 aa  771    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1951  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  51.9 
 
 
388 aa  388  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4902  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.36 
 
 
405 aa  355  5.999999999999999e-97  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3638  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  47.67 
 
 
382 aa  346  5e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13399  normal  0.0727576 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1846  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  47.12 
 
 
380 aa  333  3e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.280778 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0462  chain B, amide receptor of the amidase operon (Amic)  47.11 
 
 
388 aa  323  4e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.564198 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1766  aliphatic amidase expression-regulating protein  45.18 
 
 
385 aa  318  9e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2143  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  44.93 
 
 
385 aa  318  1e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0803  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  45.08 
 
 
388 aa  314  9.999999999999999e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.123562  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1305  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.78 
 
 
397 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.614657  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5692  putative amidase expression-regulating protein  45.23 
 
 
377 aa  313  3.9999999999999997e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0892365  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6645  Extracellular ligand-binding receptor  44.96 
 
 
377 aa  311  7.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548908  normal  0.064075 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2206  regulatory protein, putative  41.69 
 
 
382 aa  309  5e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.137264  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20580  aliphatic amidase expression-regulating protein  43.53 
 
 
385 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0172164  normal  0.861433 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5753  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  43.17 
 
 
384 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.887831 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5905  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.25 
 
 
391 aa  305  6e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.607996  normal  0.0988317 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2996  putative amidase expression-regulating protein  43.37 
 
 
391 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2419  regulatory protein, putative  40.87 
 
 
382 aa  302  5.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.816344  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4419  putative amidase expression-regulating protein  43.09 
 
 
384 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0049  putative amidase expression-regulating protein  39.18 
 
 
380 aa  281  1e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1953  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  38.52 
 
 
410 aa  259  5.0000000000000005e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  35.28 
 
 
419 aa  255  1.0000000000000001e-66  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  36.11 
 
 
421 aa  254  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  36.11 
 
 
421 aa  254  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1289  putative substrate-binding component of ABC transporter  35.48 
 
 
436 aa  253  3e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  34.71 
 
 
418 aa  252  6e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1506  putative substrate-binding component of ABC transporter  34.95 
 
 
436 aa  249  4e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  34.88 
 
 
402 aa  248  2e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  35 
 
 
402 aa  244  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  34.44 
 
 
421 aa  241  2e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  34.92 
 
 
397 aa  235  1.0000000000000001e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4361  extracellular ligand-binding receptor  35.15 
 
 
438 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000367621  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  36.46 
 
 
443 aa  233  5e-60  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  34.25 
 
 
413 aa  233  6e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  33.06 
 
 
463 aa  229  8e-59  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1662  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  35.65 
 
 
428 aa  228  1e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.96 
 
 
393 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3881  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  34.9 
 
 
411 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  31.84 
 
 
393 aa  225  1e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1674  urea ABC transporter, urea binding protein  35 
 
 
407 aa  223  4e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  33.06 
 
 
405 aa  222  6e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0130  extracellular ligand-binding receptor  33.15 
 
 
423 aa  221  1.9999999999999999e-56  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0243473 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3780  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  31.96 
 
 
404 aa  219  6e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.583472  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2661  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  35.25 
 
 
385 aa  219  6e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.547475  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0810  putative PAS/PAC sensor protein  36.11 
 
 
840 aa  218  1e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.643579  normal  0.828908 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1557  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  34.24 
 
 
441 aa  216  5.9999999999999996e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5281  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  33.15 
 
 
425 aa  214  1.9999999999999998e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2260  urea ABC transporter, urea binding protein  33.6 
 
 
440 aa  213  2.9999999999999995e-54  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.411735  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3324  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  37.23 
 
 
402 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  32.5 
 
 
419 aa  213  5.999999999999999e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0590  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.07 
 
 
421 aa  208  9e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29741  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  33.79 
 
 
431 aa  208  2e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4885  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.54 
 
 
421 aa  207  3e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4426  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.8 
 
 
421 aa  206  5e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.171999 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4898  urea ABC transporter, urea binding protein  32.8 
 
 
421 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0308389 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4633  urea ABC transporter, urea binding protein  32.8 
 
 
421 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.688874  normal  0.0837107 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4841  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.28 
 
 
421 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.365474 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2500  urea ABC transporter, urea binding protein  32.11 
 
 
422 aa  204  2e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.172849  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2746  urea ABC transporter, urea binding protein  33.07 
 
 
423 aa  204  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.276837  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4719  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  32.28 
 
 
421 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.14369  normal  0.0383938 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4295  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  34.15 
 
 
388 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0107993 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2250  putative urea ABC transporter, urea binding protein  33.16 
 
 
431 aa  203  3e-51  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.582147  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0701  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  32.37 
 
 
421 aa  202  7e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.525993  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64270  hypothetical protein  31.58 
 
 
421 aa  202  7e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00916173  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3200  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, amiC  34.22 
 
 
386 aa  201  9.999999999999999e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2161  urea ABC transporter, urea binding protein  31.84 
 
 
422 aa  200  3e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.269161  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5579  hypothetical protein  31.32 
 
 
421 aa  200  3e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1421  putative substrate-binding periplasmic transport protein  32.28 
 
 
422 aa  200  3e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2007  urea ABC transporter, urea binding protein  33.24 
 
 
405 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  31.22 
 
 
421 aa  198  1.0000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3211  twin-arginine translocation pathway signal  31.75 
 
 
420 aa  197  3e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.35137  normal  0.840301 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2873  urea ABC transporter, urea binding protein  31.66 
 
 
422 aa  197  3e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.862041  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1340  urea ABC transporter urea binding protein  31.66 
 
 
422 aa  197  3e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.231626 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2794  urea ABC transporter, urea binding protein  31.66 
 
 
422 aa  197  3e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1711  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.97 
 
 
421 aa  196  6e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0299695  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3381  twin-arginine translocation pathway signal  31.48 
 
 
419 aa  195  8.000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1393  twin-arginine translocation pathway signal  31.66 
 
 
428 aa  195  1e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656328  normal  0.386042 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08881  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  33.15 
 
 
425 aa  194  2e-48  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0994  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.21 
 
 
454 aa  193  4e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.603537  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0593  urea ABC transporter, urea binding protein  31.51 
 
 
418 aa  193  5e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0692994 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5668  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.39 
 
 
424 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851164  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1084  urea ABC transporter, urea binding protein  32.46 
 
 
425 aa  192  6e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0952  twin-arginine translocation pathway signal  31.37 
 
 
419 aa  192  7e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.553309  normal  0.40345 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3732  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.39 
 
 
424 aa  192  7e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4636  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.39 
 
 
424 aa  192  7e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1139  urea ABC transporter, urea binding protein  31.15 
 
 
413 aa  192  8e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1988  putative substrate-binding periplasmic transport protein  32.01 
 
 
423 aa  190  2.9999999999999997e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.146215 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0997  twin-arginine translocation pathway signal  30.93 
 
 
427 aa  189  5e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3022  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  33.88 
 
 
384 aa  189  8e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.486671 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0564  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.52 
 
 
420 aa  188  1e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1360  urea ABC transporter, urea binding protein  31.69 
 
 
413 aa  188  1e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396806  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4078  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.68 
 
 
414 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.749846  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0986  twin-arginine translocation pathway signal  30.56 
 
 
418 aa  188  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4012  urea ABC transporter, urea binding protein  30.61 
 
 
422 aa  187  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.394915  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0976  urea ABC transporter, urea binding protein  30.41 
 
 
426 aa  187  2e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1200  urea ABC transporter, urea binding protein  30.87 
 
 
413 aa  187  3e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12535 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3500  twin-arginine translocation pathway signal  30.45 
 
 
420 aa  186  4e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3587  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.68 
 
 
418 aa  186  5e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2193  urea ABC transporter, urea binding protein  30.29 
 
 
418 aa  186  7e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6186  urea ABC transporter, urea binding protein  31.06 
 
 
410 aa  186  7e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.411723  normal  0.830735 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>