More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3638 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_4902  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  80.26 
 
 
405 aa  642    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3638  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  100 
 
 
382 aa  790    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13399  normal  0.0727576 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1846  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  65.95 
 
 
380 aa  503  1e-141  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.280778 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0462  chain B, amide receptor of the amidase operon (Amic)  59.95 
 
 
388 aa  491  1e-137  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.564198 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5753  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  57.56 
 
 
384 aa  472  1e-132  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.887831 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0803  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  57.41 
 
 
388 aa  448  1e-125  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.123562  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2206  regulatory protein, putative  52.11 
 
 
382 aa  411  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.137264  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2419  regulatory protein, putative  51.58 
 
 
382 aa  404  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.816344  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1951  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  52.85 
 
 
388 aa  398  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2996  putative amidase expression-regulating protein  46.49 
 
 
391 aa  345  5e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5692  putative amidase expression-regulating protein  45.78 
 
 
377 aa  342  7e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0892365  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4596  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  47.67 
 
 
372 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6645  Extracellular ligand-binding receptor  44.69 
 
 
377 aa  336  3.9999999999999995e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548908  normal  0.064075 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2143  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  44.5 
 
 
385 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0049  putative amidase expression-regulating protein  42.97 
 
 
380 aa  323  2e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5905  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.99 
 
 
391 aa  316  5e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.607996  normal  0.0988317 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1766  aliphatic amidase expression-regulating protein  45.58 
 
 
385 aa  315  6e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1305  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.09 
 
 
397 aa  315  9e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.614657  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20580  aliphatic amidase expression-regulating protein  44.62 
 
 
385 aa  310  2e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0172164  normal  0.861433 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4419  putative amidase expression-regulating protein  45.71 
 
 
384 aa  296  5e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1289  putative substrate-binding component of ABC transporter  38.18 
 
 
436 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1506  putative substrate-binding component of ABC transporter  38.18 
 
 
436 aa  280  3e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  37.23 
 
 
419 aa  277  3e-73  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  38.16 
 
 
443 aa  269  5e-71  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  37.53 
 
 
418 aa  265  8e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2661  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  37.43 
 
 
385 aa  264  2e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.547475  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3200  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, amiC  40.65 
 
 
386 aa  261  2e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1953  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  36.91 
 
 
410 aa  261  2e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3022  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  40.38 
 
 
384 aa  259  6e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.486671 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1662  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  36.6 
 
 
428 aa  257  3e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5668  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  38.12 
 
 
424 aa  256  3e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851164  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1139  urea ABC transporter, urea binding protein  35.89 
 
 
413 aa  255  7e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3732  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.85 
 
 
424 aa  255  8e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4636  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.85 
 
 
424 aa  255  8e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  35.73 
 
 
421 aa  254  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  35.66 
 
 
402 aa  254  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  35.73 
 
 
421 aa  254  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  35.2 
 
 
463 aa  253  3e-66  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5281  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  36.41 
 
 
425 aa  251  2e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  35.39 
 
 
402 aa  251  2e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  34.93 
 
 
421 aa  250  3e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1200  urea ABC transporter, urea binding protein  35.07 
 
 
413 aa  249  4e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12535 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  37.3 
 
 
421 aa  249  7e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0130  extracellular ligand-binding receptor  34.7 
 
 
423 aa  248  9e-65  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0243473 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3324  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  40.44 
 
 
402 aa  248  1e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1360  urea ABC transporter, urea binding protein  34.79 
 
 
413 aa  248  2e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396806  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  34.99 
 
 
393 aa  246  3e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3881  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  36.84 
 
 
411 aa  247  3e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.36 
 
 
393 aa  246  4e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0810  putative PAS/PAC sensor protein  39.29 
 
 
840 aa  246  4.9999999999999997e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.643579  normal  0.828908 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3572  ABC transporter substrate-binding protein  35.91 
 
 
422 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.536665  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1443  urea ABC transporter, urea binding protein  36.09 
 
 
420 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3864  amide-urea binding protein  36.09 
 
 
420 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601855  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3780  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  35.53 
 
 
404 aa  244  3e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.583472  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1252  amide-urea binding protein  36.09 
 
 
392 aa  244  3e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0854371  normal  0.451875 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3381  ABC transporter substrate-binding protein  35.64 
 
 
417 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3690  urea ABC transporter, urea binding protein  35.64 
 
 
417 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1255  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic protein  34.38 
 
 
445 aa  243  3.9999999999999997e-63  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.857524 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  36.39 
 
 
397 aa  242  7.999999999999999e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0654  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  35.25 
 
 
391 aa  242  9e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.379667 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0976  urea ABC transporter, urea binding protein  35.08 
 
 
426 aa  241  2e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2260  urea ABC transporter, urea binding protein  34.91 
 
 
440 aa  240  2.9999999999999997e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.411735  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1775  twin-arginine translocation pathway signal  35.34 
 
 
414 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185236  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4361  extracellular ligand-binding receptor  34.83 
 
 
438 aa  239  5e-62  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000367621  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0593  urea ABC transporter, urea binding protein  34.97 
 
 
418 aa  236  6e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0692994 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6186  urea ABC transporter, urea binding protein  35.91 
 
 
410 aa  236  7e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.411723  normal  0.830735 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4078  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.08 
 
 
414 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.749846  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4295  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  38.11 
 
 
388 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0107993 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3145  urea ABC transporter, urea binding protein  34.81 
 
 
422 aa  234  2.0000000000000002e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2975  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.6 
 
 
416 aa  234  2.0000000000000002e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.13601 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0564  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.71 
 
 
420 aa  233  3e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3211  twin-arginine translocation pathway signal  36.94 
 
 
420 aa  232  7.000000000000001e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.35137  normal  0.840301 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0986  twin-arginine translocation pathway signal  34.48 
 
 
418 aa  232  8.000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  33.61 
 
 
405 aa  232  8.000000000000001e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3112  urea ABC transporter, urea binding protein  36.16 
 
 
416 aa  231  1e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5512  ABC transporter substrate-binding protein  35.64 
 
 
422 aa  231  2e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115941  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0952  twin-arginine translocation pathway signal  34.75 
 
 
419 aa  231  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.553309  normal  0.40345 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  35.26 
 
 
413 aa  231  2e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2746  urea ABC transporter, urea binding protein  35.98 
 
 
423 aa  230  3e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.276837  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0220  urea ABC transporter, urea binding protein  34.25 
 
 
421 aa  230  3e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618006  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1755  putative regulator protein  36.59 
 
 
388 aa  229  7e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.348648  normal  0.0589242 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3587  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.25 
 
 
418 aa  228  1e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1393  twin-arginine translocation pathway signal  35.54 
 
 
428 aa  228  2e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656328  normal  0.386042 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1711  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.16 
 
 
421 aa  227  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0299695  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0994  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  32.36 
 
 
454 aa  227  3e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.603537  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0701  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  34.22 
 
 
421 aa  226  6e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.525993  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0997  twin-arginine translocation pathway signal  34.83 
 
 
427 aa  225  9e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4012  urea ABC transporter, urea binding protein  34.56 
 
 
422 aa  225  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.394915  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  34.75 
 
 
419 aa  224  1e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5579  hypothetical protein  34.22 
 
 
421 aa  223  3e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3381  twin-arginine translocation pathway signal  35.09 
 
 
419 aa  223  3e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64270  hypothetical protein  34.22 
 
 
421 aa  223  4e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00916173  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2500  urea ABC transporter, urea binding protein  34.66 
 
 
422 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.172849  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2161  urea ABC transporter, urea binding protein  34.39 
 
 
422 aa  222  7e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.269161  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0188  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  35.64 
 
 
444 aa  222  8e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08881  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  36.5 
 
 
425 aa  222  9.999999999999999e-57  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4426  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.48 
 
 
421 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.171999 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4898  urea ABC transporter, urea binding protein  33.95 
 
 
421 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0308389 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4885  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.22 
 
 
421 aa  220  3e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3500  twin-arginine translocation pathway signal  34.3 
 
 
420 aa  220  3e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>