More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0220 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4078  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  76.98 
 
 
414 aa  635    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.749846  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3145  urea ABC transporter, urea binding protein  85.79 
 
 
422 aa  712    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0220  urea ABC transporter, urea binding protein  100 
 
 
421 aa  866    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618006  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0564  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  79.95 
 
 
420 aa  683    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1711  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  76.65 
 
 
421 aa  667    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0299695  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5668  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  76.85 
 
 
424 aa  646    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851164  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3732  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  76.6 
 
 
424 aa  644    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3587  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  86.42 
 
 
418 aa  729    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4636  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  76.6 
 
 
424 aa  644    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3572  ABC transporter substrate-binding protein  74.07 
 
 
422 aa  615  1e-175  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.536665  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3690  urea ABC transporter, urea binding protein  74.07 
 
 
417 aa  613  9.999999999999999e-175  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3381  ABC transporter substrate-binding protein  74.07 
 
 
417 aa  613  9.999999999999999e-175  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5512  ABC transporter substrate-binding protein  71.92 
 
 
422 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115941  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0976  urea ABC transporter, urea binding protein  69.45 
 
 
426 aa  602  1.0000000000000001e-171  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1443  urea ABC transporter, urea binding protein  70.02 
 
 
420 aa  595  1e-169  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3864  amide-urea binding protein  70.27 
 
 
420 aa  592  1e-168  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601855  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1775  twin-arginine translocation pathway signal  73 
 
 
414 aa  587  1e-167  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185236  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1252  amide-urea binding protein  72.12 
 
 
392 aa  587  1e-166  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0854371  normal  0.451875 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2975  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  72.5 
 
 
416 aa  585  1e-166  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.13601 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0654  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  71.13 
 
 
391 aa  584  1.0000000000000001e-165  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.379667 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0593  urea ABC transporter, urea binding protein  72.3 
 
 
418 aa  574  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0692994 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6186  urea ABC transporter, urea binding protein  74.25 
 
 
410 aa  571  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.411723  normal  0.830735 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1139  urea ABC transporter, urea binding protein  69.05 
 
 
413 aa  565  1e-160  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3112  urea ABC transporter, urea binding protein  68.22 
 
 
416 aa  566  1e-160  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1200  urea ABC transporter, urea binding protein  68.54 
 
 
413 aa  561  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12535 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1360  urea ABC transporter, urea binding protein  68.54 
 
 
413 aa  561  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396806  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  67.24 
 
 
421 aa  564  1.0000000000000001e-159  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1597  urea ABC transporter, urea binding protein  66.92 
 
 
414 aa  535  1e-151  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.948764  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  53.12 
 
 
397 aa  421  1e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  54.11 
 
 
393 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  53.87 
 
 
393 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  50.92 
 
 
419 aa  375  1e-103  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  47.96 
 
 
443 aa  362  9e-99  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  51.37 
 
 
418 aa  356  3.9999999999999996e-97  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  47.8 
 
 
419 aa  348  1e-94  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  50 
 
 
405 aa  345  8e-94  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0130  extracellular ligand-binding receptor  45.02 
 
 
423 aa  335  1e-90  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0243473 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4361  extracellular ligand-binding receptor  47.35 
 
 
438 aa  334  2e-90  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000367621  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2260  urea ABC transporter, urea binding protein  49.04 
 
 
440 aa  333  5e-90  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.411735  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1674  urea ABC transporter, urea binding protein  46.44 
 
 
407 aa  332  1e-89  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  46.43 
 
 
421 aa  328  9e-89  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  45.36 
 
 
402 aa  323  3e-87  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  43.72 
 
 
402 aa  323  3e-87  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  42.33 
 
 
421 aa  323  4e-87  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  42.33 
 
 
421 aa  323  4e-87  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2007  urea ABC transporter, urea binding protein  45.69 
 
 
405 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  45.95 
 
 
463 aa  313  4.999999999999999e-84  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29741  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  45.41 
 
 
431 aa  301  1e-80  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  44.29 
 
 
413 aa  300  2e-80  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2250  putative urea ABC transporter, urea binding protein  45.38 
 
 
431 aa  293  4e-78  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.582147  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3881  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  40.82 
 
 
411 aa  288  2e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1662  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  40.98 
 
 
428 aa  285  8e-76  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2620  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  43.6 
 
 
432 aa  284  2.0000000000000002e-75  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0558299  normal  0.886918 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08881  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  41.56 
 
 
425 aa  281  2e-74  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3931  urea ABC transporter, urea binding protein  42.08 
 
 
417 aa  278  1e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.606906  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0810  putative PAS/PAC sensor protein  41.78 
 
 
840 aa  278  2e-73  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.643579  normal  0.828908 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3780  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  40.27 
 
 
404 aa  276  4e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.583472  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3381  twin-arginine translocation pathway signal  42.48 
 
 
419 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5579  hypothetical protein  41.53 
 
 
421 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64270  hypothetical protein  41.53 
 
 
421 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00916173  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1953  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  42.82 
 
 
410 aa  271  1e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4229  hypothetical protein  41.9 
 
 
426 aa  271  1e-71  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.527328  normal  0.405756 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4426  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.49 
 
 
421 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.171999 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4898  urea ABC transporter, urea binding protein  41.05 
 
 
421 aa  270  4e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0308389 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2161  urea ABC transporter, urea binding protein  40.19 
 
 
422 aa  270  4e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.269161  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4841  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  41.05 
 
 
421 aa  269  5e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.365474 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2500  urea ABC transporter, urea binding protein  39.95 
 
 
422 aa  270  5e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.172849  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4719  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  41.05 
 
 
421 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.14369  normal  0.0383938 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0997  twin-arginine translocation pathway signal  41.23 
 
 
427 aa  269  5.9999999999999995e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1443  twin-arginine translocation pathway signal  43.16 
 
 
420 aa  269  7e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1393  twin-arginine translocation pathway signal  41.15 
 
 
428 aa  269  7e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656328  normal  0.386042 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1048  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  40.62 
 
 
425 aa  268  1e-70  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.293483  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19191  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  40.62 
 
 
425 aa  268  1e-70  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2193  urea ABC transporter, urea binding protein  40.62 
 
 
418 aa  268  1e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4633  urea ABC transporter, urea binding protein  41.29 
 
 
421 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.688874  normal  0.0837107 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0701  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  41.05 
 
 
421 aa  267  2e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.525993  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1870  urea ABC transporter, urea binding protein  40.62 
 
 
418 aa  267  2.9999999999999995e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.510403  normal  0.303887 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5281  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  35.06 
 
 
425 aa  266  4e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1988  putative substrate-binding periplasmic transport protein  41.25 
 
 
423 aa  266  4e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.146215 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0787  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.29 
 
 
435 aa  266  4e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.238628  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2746  urea ABC transporter, urea binding protein  40.38 
 
 
423 aa  266  5e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.276837  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0994  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.38 
 
 
454 aa  266  5.999999999999999e-70  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.603537  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0880  urea ABC transporter, urea binding protein  40.53 
 
 
435 aa  266  7e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.824913 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0431  twin-arginine translocation pathway signal  40.53 
 
 
435 aa  266  7e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0910  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  40.53 
 
 
435 aa  266  7e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.988343  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4885  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.05 
 
 
421 aa  265  8e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2251  urea ABC transporter, urea binding protein  39.86 
 
 
433 aa  265  8e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0829  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  41.06 
 
 
425 aa  264  2e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0798  urea ABC transporter, urea binding protein  40.05 
 
 
435 aa  265  2e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.398503  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2482  urea ABC transporter, urea binding protein  40.05 
 
 
435 aa  263  3e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08861  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  41.06 
 
 
425 aa  263  4e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1421  putative substrate-binding periplasmic transport protein  40.43 
 
 
422 aa  263  4.999999999999999e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3211  twin-arginine translocation pathway signal  41.33 
 
 
420 aa  263  6e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.35137  normal  0.840301 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3683  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.23 
 
 
432 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.277595 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4014  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.81 
 
 
435 aa  262  8e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0416471  normal  0.65931 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1084  urea ABC transporter, urea binding protein  39.76 
 
 
425 aa  262  8e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2041  putative urea/short-chain amide-binding signal peptide protein  41.84 
 
 
418 aa  261  1e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.300905 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0954  urea ABC transporter, urea binding protein  39.23 
 
 
431 aa  261  1e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1289  putative substrate-binding component of ABC transporter  40.54 
 
 
436 aa  261  2e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3500  twin-arginine translocation pathway signal  42.13 
 
 
420 aa  261  2e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>