More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1252 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_3690  urea ABC transporter, urea binding protein  84.18 
 
 
417 aa  687    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0654  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  94.37 
 
 
391 aa  773    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.379667 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0593  urea ABC transporter, urea binding protein  86.58 
 
 
418 aa  686    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0692994 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1252  amide-urea binding protein  100 
 
 
392 aa  810    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0854371  normal  0.451875 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6186  urea ABC transporter, urea binding protein  83.51 
 
 
410 aa  650    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.411723  normal  0.830735 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0976  urea ABC transporter, urea binding protein  89.77 
 
 
426 aa  728    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3572  ABC transporter substrate-binding protein  84.18 
 
 
422 aa  690    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.536665  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1711  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  77.92 
 
 
421 aa  635    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0299695  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3381  ABC transporter substrate-binding protein  84.18 
 
 
417 aa  687    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1443  urea ABC transporter, urea binding protein  96.68 
 
 
420 aa  790    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3864  amide-urea binding protein  97.19 
 
 
420 aa  792    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601855  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5512  ABC transporter substrate-binding protein  84.18 
 
 
422 aa  693    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115941  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  77.41 
 
 
421 aa  644    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4078  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  75.26 
 
 
414 aa  627  1e-178  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.749846  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1139  urea ABC transporter, urea binding protein  74.68 
 
 
413 aa  626  1e-178  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0564  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  75.45 
 
 
420 aa  622  1e-177  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1360  urea ABC transporter, urea binding protein  73.91 
 
 
413 aa  618  1e-176  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396806  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1200  urea ABC transporter, urea binding protein  73.91 
 
 
413 aa  618  1e-176  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12535 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3145  urea ABC transporter, urea binding protein  73.98 
 
 
422 aa  602  1.0000000000000001e-171  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1775  twin-arginine translocation pathway signal  74.74 
 
 
414 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185236  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2975  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  76.72 
 
 
416 aa  591  1e-168  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.13601 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3587  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  73.4 
 
 
418 aa  593  1e-168  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5668  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  71.28 
 
 
424 aa  588  1e-167  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851164  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0220  urea ABC transporter, urea binding protein  72.12 
 
 
421 aa  587  1e-167  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618006  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3732  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  71.28 
 
 
424 aa  590  1e-167  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4636  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  71.28 
 
 
424 aa  590  1e-167  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3112  urea ABC transporter, urea binding protein  71.2 
 
 
416 aa  579  1e-164  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1597  urea ABC transporter, urea binding protein  72.32 
 
 
414 aa  553  1e-156  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.948764  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  60.88 
 
 
397 aa  457  1e-127  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  56.92 
 
 
393 aa  448  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  59.57 
 
 
393 aa  450  1e-125  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  52.14 
 
 
419 aa  390  1e-107  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  52.05 
 
 
418 aa  384  1e-105  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  49.22 
 
 
443 aa  373  1e-102  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4361  extracellular ligand-binding receptor  50.13 
 
 
438 aa  356  3.9999999999999996e-97  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000367621  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  47.67 
 
 
419 aa  355  5.999999999999999e-97  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2260  urea ABC transporter, urea binding protein  51.37 
 
 
440 aa  354  2e-96  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.411735  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0130  extracellular ligand-binding receptor  47.21 
 
 
423 aa  343  2.9999999999999997e-93  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0243473 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  45.69 
 
 
421 aa  341  1e-92  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  45.17 
 
 
402 aa  335  5.999999999999999e-91  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  44.68 
 
 
405 aa  333  3e-90  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  44.27 
 
 
402 aa  333  3e-90  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  44.65 
 
 
421 aa  332  6e-90  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  44.65 
 
 
421 aa  332  6e-90  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1674  urea ABC transporter, urea binding protein  44.96 
 
 
407 aa  327  2.0000000000000001e-88  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2007  urea ABC transporter, urea binding protein  45.48 
 
 
405 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  45.9 
 
 
463 aa  326  3e-88  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29741  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  47.91 
 
 
431 aa  319  5e-86  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3881  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  42.04 
 
 
411 aa  313  3.9999999999999997e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  43.8 
 
 
413 aa  310  2.9999999999999997e-83  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2620  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  45.38 
 
 
432 aa  309  5e-83  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0558299  normal  0.886918 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08881  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  47.38 
 
 
425 aa  308  9e-83  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3931  urea ABC transporter, urea binding protein  42.97 
 
 
417 aa  304  2.0000000000000002e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.606906  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2250  putative urea ABC transporter, urea binding protein  46.61 
 
 
431 aa  303  3.0000000000000004e-81  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.582147  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19191  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  46.6 
 
 
425 aa  298  1e-79  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1048  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  46.6 
 
 
425 aa  298  1e-79  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.293483  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0952  twin-arginine translocation pathway signal  41.88 
 
 
419 aa  296  5e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.553309  normal  0.40345 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0986  twin-arginine translocation pathway signal  41.67 
 
 
418 aa  295  1e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2193  urea ABC transporter, urea binding protein  41.94 
 
 
418 aa  294  1e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1870  urea ABC transporter, urea binding protein  41.94 
 
 
418 aa  294  2e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.510403  normal  0.303887 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3780  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  40.82 
 
 
404 aa  294  2e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.583472  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0829  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  47.11 
 
 
425 aa  293  3e-78  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1443  twin-arginine translocation pathway signal  41.13 
 
 
420 aa  293  4e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1988  putative substrate-binding periplasmic transport protein  42.41 
 
 
423 aa  293  4e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.146215 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2041  putative urea/short-chain amide-binding signal peptide protein  42.23 
 
 
418 aa  293  5e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.300905 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2161  urea ABC transporter, urea binding protein  41.98 
 
 
422 aa  292  6e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.269161  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0810  putative PAS/PAC sensor protein  42.22 
 
 
840 aa  292  6e-78  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.643579  normal  0.828908 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2500  urea ABC transporter, urea binding protein  41.98 
 
 
422 aa  291  1e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.172849  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08861  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  46.83 
 
 
425 aa  291  1e-77  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1084  urea ABC transporter, urea binding protein  42.22 
 
 
425 aa  291  1e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5579  hypothetical protein  41.98 
 
 
421 aa  291  1e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0994  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.18 
 
 
454 aa  291  1e-77  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.603537  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64270  hypothetical protein  41.98 
 
 
421 aa  290  3e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00916173  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0701  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  41.98 
 
 
421 aa  289  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.525993  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0697  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  42.82 
 
 
425 aa  289  7e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.951166  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4841  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  42.25 
 
 
421 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.365474 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4719  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  42.25 
 
 
421 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.14369  normal  0.0383938 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4229  hypothetical protein  42.31 
 
 
426 aa  288  1e-76  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.527328  normal  0.405756 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4426  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  42.02 
 
 
421 aa  287  2e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.171999 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3683  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.85 
 
 
432 aa  287  2e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.277595 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4898  urea ABC transporter, urea binding protein  41.98 
 
 
421 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0308389 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0954  urea ABC transporter, urea binding protein  40.85 
 
 
431 aa  286  4e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0880  urea ABC transporter, urea binding protein  42.25 
 
 
435 aa  286  5e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.824913 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0431  twin-arginine translocation pathway signal  42.25 
 
 
435 aa  286  5e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0910  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  42.25 
 
 
435 aa  286  5e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.988343  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2251  urea ABC transporter, urea binding protein  40.85 
 
 
433 aa  286  5.999999999999999e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3381  twin-arginine translocation pathway signal  42.51 
 
 
419 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2482  urea ABC transporter, urea binding protein  42.25 
 
 
435 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1255  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic protein  41.16 
 
 
445 aa  285  1.0000000000000001e-75  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.857524 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2746  urea ABC transporter, urea binding protein  42.02 
 
 
423 aa  284  2.0000000000000002e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.276837  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4014  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.98 
 
 
435 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0416471  normal  0.65931 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0787  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.21 
 
 
435 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.238628  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4885  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.91 
 
 
421 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0798  urea ABC transporter, urea binding protein  41.98 
 
 
435 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.398503  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3211  twin-arginine translocation pathway signal  42.4 
 
 
420 aa  283  4.0000000000000003e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.35137  normal  0.840301 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4633  urea ABC transporter, urea binding protein  41.18 
 
 
421 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.688874  normal  0.0837107 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1421  putative substrate-binding periplasmic transport protein  41.98 
 
 
422 aa  281  1e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4149  putative urea short-chain amide or branched-chain amino acid uptake ABC transporter  40.58 
 
 
434 aa  281  2e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0997  twin-arginine translocation pathway signal  41.99 
 
 
427 aa  281  2e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3500  twin-arginine translocation pathway signal  42.13 
 
 
420 aa  281  2e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>