More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2419 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2419  regulatory protein, putative  100 
 
 
382 aa  796    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.816344  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2206  regulatory protein, putative  96.6 
 
 
382 aa  769    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.137264  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3638  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  51.58 
 
 
382 aa  404  1e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13399  normal  0.0727576 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4902  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52 
 
 
405 aa  398  9.999999999999999e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5753  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  49.74 
 
 
384 aa  363  4e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.887831 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0462  chain B, amide receptor of the amidase operon (Amic)  49.07 
 
 
388 aa  361  1e-98  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.564198 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1951  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  46.09 
 
 
388 aa  360  2e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1846  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.08 
 
 
380 aa  354  2e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.280778 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0803  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  49.86 
 
 
388 aa  348  7e-95  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.123562  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2996  putative amidase expression-regulating protein  41.78 
 
 
391 aa  305  9.000000000000001e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5692  putative amidase expression-regulating protein  40.7 
 
 
377 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0892365  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5905  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.51 
 
 
391 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.607996  normal  0.0988317 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1766  aliphatic amidase expression-regulating protein  41.94 
 
 
385 aa  300  2e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6645  Extracellular ligand-binding receptor  39.89 
 
 
377 aa  299  5e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548908  normal  0.064075 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20580  aliphatic amidase expression-regulating protein  42.47 
 
 
385 aa  297  3e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0172164  normal  0.861433 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4596  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  40.87 
 
 
372 aa  293  4e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1305  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.19 
 
 
397 aa  291  1e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.614657  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2143  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  39.9 
 
 
385 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0049  putative amidase expression-regulating protein  40 
 
 
380 aa  290  4e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  39.34 
 
 
418 aa  288  1e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  36.86 
 
 
419 aa  276  5e-73  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4419  putative amidase expression-regulating protein  39.57 
 
 
384 aa  272  8.000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  36.19 
 
 
421 aa  260  3e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1289  putative substrate-binding component of ABC transporter  37.23 
 
 
436 aa  257  3e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  35.47 
 
 
443 aa  257  3e-67  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  36.29 
 
 
402 aa  255  1.0000000000000001e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  36.19 
 
 
421 aa  254  1.0000000000000001e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  36.19 
 
 
421 aa  254  1.0000000000000001e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1506  putative substrate-binding component of ABC transporter  36.97 
 
 
436 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5281  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  35.56 
 
 
425 aa  253  3e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0130  extracellular ligand-binding receptor  35.01 
 
 
423 aa  253  4.0000000000000004e-66  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0243473 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.73 
 
 
393 aa  253  6e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  35.26 
 
 
393 aa  253  6e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  36.01 
 
 
402 aa  252  6e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0810  putative PAS/PAC sensor protein  37.12 
 
 
840 aa  251  2e-65  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.643579  normal  0.828908 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  37.12 
 
 
419 aa  248  1e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1139  urea ABC transporter, urea binding protein  36.41 
 
 
413 aa  248  2e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1662  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  36.36 
 
 
428 aa  246  4e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3881  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  35.54 
 
 
411 aa  246  6e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1360  urea ABC transporter, urea binding protein  36.41 
 
 
413 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396806  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1200  urea ABC transporter, urea binding protein  36.41 
 
 
413 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12535 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4361  extracellular ligand-binding receptor  35.54 
 
 
438 aa  243  3.9999999999999997e-63  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000367621  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3200  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, amiC  36.39 
 
 
386 aa  241  1e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  33.8 
 
 
397 aa  238  9e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  33.8 
 
 
463 aa  237  2e-61  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2661  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  35.69 
 
 
385 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.547475  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4295  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  36.36 
 
 
388 aa  237  3e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0107993 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2260  urea ABC transporter, urea binding protein  34.52 
 
 
440 aa  235  8e-61  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.411735  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3022  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  37 
 
 
384 aa  235  8e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.486671 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4841  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  33.33 
 
 
421 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.365474 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4719  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  33.33 
 
 
421 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.14369  normal  0.0383938 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  35.26 
 
 
405 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
421 aa  234  2.0000000000000002e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3780  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  33.06 
 
 
404 aa  233  3e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.583472  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1255  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic protein  32.81 
 
 
445 aa  233  4.0000000000000004e-60  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.857524 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0701  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  33.07 
 
 
421 aa  233  5e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.525993  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4898  urea ABC transporter, urea binding protein  33.07 
 
 
421 aa  232  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0308389 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4426  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.53 
 
 
421 aa  231  1e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.171999 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1953  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  35.08 
 
 
410 aa  231  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0654  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  33.06 
 
 
391 aa  229  4e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.379667 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4633  urea ABC transporter, urea binding protein  33.33 
 
 
421 aa  229  5e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.688874  normal  0.0837107 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6186  urea ABC transporter, urea binding protein  35.04 
 
 
410 aa  229  6e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.411723  normal  0.830735 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64270  hypothetical protein  32.8 
 
 
421 aa  229  6e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00916173  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3864  amide-urea binding protein  32.79 
 
 
420 aa  229  7e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601855  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1443  urea ABC transporter, urea binding protein  33.06 
 
 
420 aa  229  8e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5579  hypothetical protein  32.8 
 
 
421 aa  228  9e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  34.07 
 
 
413 aa  228  1e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3211  twin-arginine translocation pathway signal  33.24 
 
 
420 aa  228  1e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.35137  normal  0.840301 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4885  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.45 
 
 
421 aa  228  2e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3931  urea ABC transporter, urea binding protein  33.51 
 
 
417 aa  228  2e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.606906  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5512  ABC transporter substrate-binding protein  34.77 
 
 
422 aa  227  3e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115941  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1557  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  35.23 
 
 
441 aa  226  4e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1393  twin-arginine translocation pathway signal  32.45 
 
 
428 aa  226  5.0000000000000005e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656328  normal  0.386042 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3500  twin-arginine translocation pathway signal  32.45 
 
 
420 aa  226  7e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0994  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  32.8 
 
 
454 aa  226  7e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.603537  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3324  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  35.04 
 
 
402 aa  226  7e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2007  urea ABC transporter, urea binding protein  34.35 
 
 
405 aa  225  9e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5668  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.97 
 
 
424 aa  225  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851164  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1674  urea ABC transporter, urea binding protein  35.83 
 
 
407 aa  225  1e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1252  amide-urea binding protein  32.25 
 
 
392 aa  225  1e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0854371  normal  0.451875 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1775  twin-arginine translocation pathway signal  32.61 
 
 
414 aa  225  1e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185236  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2746  urea ABC transporter, urea binding protein  32.8 
 
 
423 aa  225  1e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.276837  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3572  ABC transporter substrate-binding protein  33.15 
 
 
422 aa  224  1e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.536665  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3381  twin-arginine translocation pathway signal  32.27 
 
 
419 aa  224  2e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0590  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.73 
 
 
421 aa  224  3e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3732  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.7 
 
 
424 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4636  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.7 
 
 
424 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1443  twin-arginine translocation pathway signal  31.65 
 
 
420 aa  223  4.9999999999999996e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0997  twin-arginine translocation pathway signal  31.91 
 
 
427 aa  223  6e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0593  urea ABC transporter, urea binding protein  33.16 
 
 
418 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0692994 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1340  urea ABC transporter urea binding protein  32.27 
 
 
422 aa  220  3e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.231626 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4012  urea ABC transporter, urea binding protein  31.65 
 
 
422 aa  220  3e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.394915  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1755  putative regulator protein  34.78 
 
 
388 aa  220  3e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.348648  normal  0.0589242 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2873  urea ABC transporter, urea binding protein  32.27 
 
 
422 aa  220  3e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.862041  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2794  urea ABC transporter, urea binding protein  32.27 
 
 
422 aa  220  3.9999999999999997e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0952  twin-arginine translocation pathway signal  32.44 
 
 
419 aa  220  3.9999999999999997e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.553309  normal  0.40345 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1421  putative substrate-binding periplasmic transport protein  31.73 
 
 
422 aa  219  7.999999999999999e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2041  putative urea/short-chain amide-binding signal peptide protein  31.64 
 
 
418 aa  218  8.999999999999998e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.300905 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2193  urea ABC transporter, urea binding protein  31.37 
 
 
418 aa  219  8.999999999999998e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0697  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.58 
 
 
425 aa  218  1e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.951166  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>