More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2007 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_2007  urea ABC transporter, urea binding protein  100 
 
 
405 aa  822    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  56.4 
 
 
443 aa  410  1e-113  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  55.87 
 
 
418 aa  406  1.0000000000000001e-112  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  53.76 
 
 
419 aa  404  1e-111  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  55.28 
 
 
405 aa  397  1e-109  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  51.81 
 
 
419 aa  389  1e-107  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0130  extracellular ligand-binding receptor  53.04 
 
 
423 aa  385  1e-106  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0243473 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  51.96 
 
 
421 aa  381  1e-104  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  51.96 
 
 
421 aa  381  1e-104  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  51.68 
 
 
402 aa  380  1e-104  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  51.12 
 
 
402 aa  376  1e-103  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4361  extracellular ligand-binding receptor  53.04 
 
 
438 aa  376  1e-103  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000367621  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2260  urea ABC transporter, urea binding protein  52.29 
 
 
440 aa  375  1e-103  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.411735  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  51.4 
 
 
421 aa  375  1e-103  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1674  urea ABC transporter, urea binding protein  50.26 
 
 
407 aa  371  1e-101  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0810  putative PAS/PAC sensor protein  48.9 
 
 
840 aa  370  1e-101  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.643579  normal  0.828908 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2250  putative urea ABC transporter, urea binding protein  50.25 
 
 
431 aa  360  3e-98  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.582147  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29741  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  51.75 
 
 
431 aa  359  4e-98  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  47.91 
 
 
463 aa  356  2.9999999999999997e-97  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1255  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic protein  46.75 
 
 
445 aa  355  7.999999999999999e-97  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.857524 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08881  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  49.37 
 
 
425 aa  352  8e-96  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  47.08 
 
 
413 aa  348  1e-94  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  43.94 
 
 
421 aa  344  2e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2620  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  50 
 
 
432 aa  343  2.9999999999999997e-93  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0558299  normal  0.886918 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  47.2 
 
 
393 aa  341  1e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  46.67 
 
 
393 aa  341  2e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  47.92 
 
 
397 aa  340  2e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1048  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  49.37 
 
 
425 aa  337  2.9999999999999997e-91  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.293483  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19191  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  49.37 
 
 
425 aa  337  2.9999999999999997e-91  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08861  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  48.87 
 
 
425 aa  336  3.9999999999999995e-91  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0829  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  48.61 
 
 
425 aa  335  9e-91  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1443  urea ABC transporter, urea binding protein  43.73 
 
 
420 aa  334  1e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1711  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.91 
 
 
421 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0299695  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4078  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.72 
 
 
414 aa  331  1e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.749846  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1139  urea ABC transporter, urea binding protein  48.19 
 
 
413 aa  332  1e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3864  amide-urea binding protein  46.28 
 
 
420 aa  332  1e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601855  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3145  urea ABC transporter, urea binding protein  47.27 
 
 
422 aa  331  2e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4426  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  45.09 
 
 
421 aa  329  4e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.171999 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0976  urea ABC transporter, urea binding protein  47.08 
 
 
426 aa  328  8e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3780  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  42.59 
 
 
404 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.583472  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1252  amide-urea binding protein  45.48 
 
 
392 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0854371  normal  0.451875 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0701  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  43.83 
 
 
421 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.525993  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2746  urea ABC transporter, urea binding protein  44.71 
 
 
423 aa  327  2.0000000000000001e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.276837  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3587  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  47.4 
 
 
418 aa  328  2.0000000000000001e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0564  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  46.49 
 
 
420 aa  327  3e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0654  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  46.39 
 
 
391 aa  326  5e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.379667 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1421  putative substrate-binding periplasmic transport protein  43.07 
 
 
422 aa  325  1e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3572  ABC transporter substrate-binding protein  47.63 
 
 
422 aa  323  2e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.536665  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4885  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.33 
 
 
421 aa  323  3e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1360  urea ABC transporter, urea binding protein  45.43 
 
 
413 aa  323  3e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396806  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1200  urea ABC transporter, urea binding protein  45.43 
 
 
413 aa  323  5e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12535 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5668  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.76 
 
 
424 aa  322  7e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851164  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3690  urea ABC transporter, urea binding protein  47.35 
 
 
417 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3381  ABC transporter substrate-binding protein  47.35 
 
 
417 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4898  urea ABC transporter, urea binding protein  43.42 
 
 
421 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0308389 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0593  urea ABC transporter, urea binding protein  45.33 
 
 
418 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0692994 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3732  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.5 
 
 
424 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4636  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.5 
 
 
424 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1870  urea ABC transporter, urea binding protein  44.66 
 
 
418 aa  318  7.999999999999999e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.510403  normal  0.303887 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4719  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  42.82 
 
 
421 aa  318  9e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.14369  normal  0.0383938 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4841  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  42.93 
 
 
421 aa  318  1e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.365474 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2873  urea ABC transporter, urea binding protein  43.04 
 
 
422 aa  318  1e-85  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.862041  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2794  urea ABC transporter, urea binding protein  43.04 
 
 
422 aa  318  1e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1340  urea ABC transporter urea binding protein  43.04 
 
 
422 aa  318  1e-85  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.231626 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4633  urea ABC transporter, urea binding protein  43.18 
 
 
421 aa  318  1e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.688874  normal  0.0837107 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3881  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  43.09 
 
 
411 aa  318  1e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0590  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.79 
 
 
421 aa  318  2e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64270  hypothetical protein  43.12 
 
 
421 aa  318  2e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00916173  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2161  urea ABC transporter, urea binding protein  42.86 
 
 
422 aa  317  3e-85  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.269161  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4229  hypothetical protein  46.13 
 
 
426 aa  317  3e-85  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.527328  normal  0.405756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1775  twin-arginine translocation pathway signal  45.04 
 
 
414 aa  316  4e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185236  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2500  urea ABC transporter, urea binding protein  42.86 
 
 
422 aa  316  4e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.172849  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2975  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  47.93 
 
 
416 aa  316  6e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.13601 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5579  hypothetical protein  42.86 
 
 
421 aa  315  6e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1597  urea ABC transporter, urea binding protein  44.87 
 
 
414 aa  315  7e-85  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.948764  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2193  urea ABC transporter, urea binding protein  44.69 
 
 
418 aa  315  8e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3931  urea ABC transporter, urea binding protein  42.96 
 
 
417 aa  315  8e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.606906  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3683  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.27 
 
 
432 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.277595 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0220  urea ABC transporter, urea binding protein  45.69 
 
 
421 aa  314  1.9999999999999998e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618006  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5512  ABC transporter substrate-binding protein  46.52 
 
 
422 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115941  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3112  urea ABC transporter, urea binding protein  45.03 
 
 
416 aa  313  2.9999999999999996e-84  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1988  putative substrate-binding periplasmic transport protein  44.18 
 
 
423 aa  313  2.9999999999999996e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.146215 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0880  urea ABC transporter, urea binding protein  44.27 
 
 
435 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.824913 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0431  twin-arginine translocation pathway signal  44.27 
 
 
435 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0910  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  44.27 
 
 
435 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.988343  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2251  urea ABC transporter, urea binding protein  44 
 
 
433 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2482  urea ABC transporter, urea binding protein  44 
 
 
435 aa  312  6.999999999999999e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4014  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44 
 
 
435 aa  312  7.999999999999999e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0416471  normal  0.65931 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6186  urea ABC transporter, urea binding protein  46.24 
 
 
410 aa  311  1e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.411723  normal  0.830735 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3381  twin-arginine translocation pathway signal  43.04 
 
 
419 aa  311  1e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1504  urea/short-chain amide ABC transporter, periplasmic urea/short-chain amide-binding protein  43.73 
 
 
435 aa  311  2e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00196796  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0954  urea ABC transporter, urea binding protein  43.73 
 
 
431 aa  311  2e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0798  urea ABC transporter, urea binding protein  43.47 
 
 
435 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.398503  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0787  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.47 
 
 
435 aa  310  4e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.238628  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4012  urea ABC transporter, urea binding protein  42.42 
 
 
422 aa  308  8e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.394915  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3211  twin-arginine translocation pathway signal  42.59 
 
 
420 aa  308  1.0000000000000001e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.35137  normal  0.840301 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1393  twin-arginine translocation pathway signal  42.03 
 
 
428 aa  308  1.0000000000000001e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656328  normal  0.386042 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0994  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  43.09 
 
 
454 aa  308  1.0000000000000001e-82  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.603537  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5281  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  43.17 
 
 
425 aa  308  1.0000000000000001e-82  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3067  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.47 
 
 
435 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.656729  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>