More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4452 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_4452  putative Leu/Ile/Val/Thr/Ala-binding protein  100 
 
 
412 aa  854    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.133528 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0349  extracellular ligand-binding receptor  56.43 
 
 
407 aa  437  1e-121  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0809  Extracellular ligand-binding receptor  44.13 
 
 
414 aa  322  6e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5759  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  42.08 
 
 
411 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3202  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, amiC  40.84 
 
 
412 aa  297  2e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.836908 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2663  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  38.83 
 
 
412 aa  282  1e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0749447  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3020  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  37.13 
 
 
412 aa  276  4e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.692302 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4292  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  37.62 
 
 
412 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0103855 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3322  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  37.77 
 
 
415 aa  267  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12992  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1560  urea ABC transporter, substrate-binding protein  35.47 
 
 
422 aa  251  1e-65  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1045  twin-arginine translocation pathway signal  33.25 
 
 
407 aa  202  6e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.457214  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0942  twin-arginine translocation pathway signal  33.25 
 
 
407 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  32.35 
 
 
393 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  31.99 
 
 
443 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1953  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  32.2 
 
 
410 aa  197  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  30.95 
 
 
421 aa  194  2e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4078  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.17 
 
 
414 aa  194  3e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.749846  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3980  histidine kinase  33.15 
 
 
659 aa  194  3e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.79 
 
 
393 aa  193  5e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3587  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.04 
 
 
418 aa  192  6e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1597  urea ABC transporter, urea binding protein  34.86 
 
 
414 aa  192  7e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.948764  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  31.63 
 
 
421 aa  192  1e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  31.63 
 
 
421 aa  192  1e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1360  urea ABC transporter, urea binding protein  35.96 
 
 
413 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396806  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1139  urea ABC transporter, urea binding protein  35.19 
 
 
413 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1775  twin-arginine translocation pathway signal  31.84 
 
 
414 aa  188  1e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185236  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1200  urea ABC transporter, urea binding protein  35.67 
 
 
413 aa  189  1e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12535 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0976  urea ABC transporter, urea binding protein  36 
 
 
426 aa  187  3e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6254  putative urea/short-chain binding protein  29.89 
 
 
369 aa  187  4e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.172457  normal  0.370606 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  32.03 
 
 
397 aa  186  8e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1443  urea ABC transporter, urea binding protein  33.16 
 
 
420 aa  186  9e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1255  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.33 
 
 
415 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0484775 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3145  urea ABC transporter, urea binding protein  34.44 
 
 
422 aa  184  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  32.17 
 
 
419 aa  183  4.0000000000000006e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3572  ABC transporter substrate-binding protein  33.69 
 
 
422 aa  183  6e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.536665  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0130  extracellular ligand-binding receptor  29.92 
 
 
423 aa  182  7e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0243473 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3864  amide-urea binding protein  33.86 
 
 
420 aa  182  9.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601855  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  32.48 
 
 
405 aa  182  1e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1084  urea ABC transporter, urea binding protein  32.83 
 
 
425 aa  181  1e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5512  ABC transporter substrate-binding protein  34.26 
 
 
422 aa  182  1e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115941  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  32.65 
 
 
413 aa  181  2e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4361  extracellular ligand-binding receptor  32.4 
 
 
438 aa  181  2e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000367621  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2975  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.92 
 
 
416 aa  181  2e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.13601 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0654  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  34.29 
 
 
391 aa  181  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.379667 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1252  amide-urea binding protein  33.89 
 
 
392 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0854371  normal  0.451875 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0564  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.95 
 
 
420 aa  180  4.999999999999999e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0220  urea ABC transporter, urea binding protein  31.9 
 
 
421 aa  179  5.999999999999999e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618006  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0997  twin-arginine translocation pathway signal  30.96 
 
 
427 aa  179  5.999999999999999e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  31.67 
 
 
418 aa  179  9e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  32.02 
 
 
421 aa  178  1e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1393  twin-arginine translocation pathway signal  30.69 
 
 
428 aa  177  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656328  normal  0.386042 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1662  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  30.03 
 
 
428 aa  177  3e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3381  ABC transporter substrate-binding protein  34.1 
 
 
417 aa  177  3e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3690  urea ABC transporter, urea binding protein  34.1 
 
 
417 aa  177  3e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  31.47 
 
 
402 aa  177  4e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0593  urea ABC transporter, urea binding protein  33.91 
 
 
418 aa  177  4e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0692994 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6186  urea ABC transporter, urea binding protein  34.03 
 
 
410 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.411723  normal  0.830735 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1711  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.1 
 
 
421 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0299695  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1289  putative substrate-binding component of ABC transporter  33.87 
 
 
436 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  30.09 
 
 
402 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3381  twin-arginine translocation pathway signal  32.06 
 
 
419 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1443  twin-arginine translocation pathway signal  31.04 
 
 
420 aa  171  1e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4012  urea ABC transporter, urea binding protein  30.35 
 
 
422 aa  172  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.394915  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3211  twin-arginine translocation pathway signal  30.31 
 
 
420 aa  171  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.35137  normal  0.840301 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3881  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  29.52 
 
 
411 aa  171  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1506  putative substrate-binding component of ABC transporter  32.69 
 
 
436 aa  171  2e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3931  urea ABC transporter, urea binding protein  31.22 
 
 
417 aa  171  2e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.606906  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0697  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.18 
 
 
425 aa  171  3e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.951166  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3112  urea ABC transporter, urea binding protein  31.56 
 
 
416 aa  170  4e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3638  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.04 
 
 
382 aa  169  7e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13399  normal  0.0727576 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2193  urea ABC transporter, urea binding protein  31.37 
 
 
418 aa  169  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1870  urea ABC transporter, urea binding protein  31.05 
 
 
418 aa  168  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.510403  normal  0.303887 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2260  urea ABC transporter, urea binding protein  29.82 
 
 
440 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.411735  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2746  urea ABC transporter, urea binding protein  30.95 
 
 
423 aa  167  4e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.276837  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0952  twin-arginine translocation pathway signal  30.81 
 
 
419 aa  166  5.9999999999999996e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.553309  normal  0.40345 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3500  twin-arginine translocation pathway signal  31.32 
 
 
420 aa  166  6.9999999999999995e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29741  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  30.91 
 
 
431 aa  166  8e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2873  urea ABC transporter, urea binding protein  31.28 
 
 
422 aa  165  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.862041  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1340  urea ABC transporter urea binding protein  31.28 
 
 
422 aa  165  1.0000000000000001e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.231626 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2794  urea ABC transporter, urea binding protein  31.28 
 
 
422 aa  165  2.0000000000000002e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  29.36 
 
 
463 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4898  urea ABC transporter, urea binding protein  31.03 
 
 
421 aa  163  6e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0308389 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2161  urea ABC transporter, urea binding protein  29.41 
 
 
422 aa  162  7e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.269161  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4719  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  30.77 
 
 
421 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.14369  normal  0.0383938 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4841  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.77 
 
 
421 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.365474 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  28.69 
 
 
419 aa  162  9e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3702  branched-chain amino acid uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  31.15 
 
 
439 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2620  putative UreA short-chain amide  29.85 
 
 
428 aa  162  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0882904 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2007  urea ABC transporter, urea binding protein  30.03 
 
 
405 aa  161  2e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2250  putative urea ABC transporter, urea binding protein  30.13 
 
 
431 aa  161  2e-38  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.582147  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5668  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.25 
 
 
424 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851164  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3732  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.25 
 
 
424 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4636  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.25 
 
 
424 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08881  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  28.91 
 
 
425 aa  160  3e-38  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7018  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  30.85 
 
 
440 aa  160  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.450777 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1305  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.99 
 
 
397 aa  160  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.614657  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2500  urea ABC transporter, urea binding protein  29.41 
 
 
422 aa  160  3e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.172849  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4633  urea ABC transporter, urea binding protein  31.03 
 
 
421 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.688874  normal  0.0837107 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1421  putative substrate-binding periplasmic transport protein  29.82 
 
 
422 aa  160  4e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4426  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.77 
 
 
421 aa  159  6e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.171999 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>