More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_5759 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_5759  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  100 
 
 
411 aa  861    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0809  Extracellular ligand-binding receptor  82.63 
 
 
414 aa  712    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2663  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  68.3 
 
 
412 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0749447  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3202  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, amiC  67.49 
 
 
412 aa  600  1e-170  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.836908 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3020  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  66.26 
 
 
412 aa  584  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.692302 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3322  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  66.84 
 
 
415 aa  561  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12992  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4292  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  58.82 
 
 
412 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0103855 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1560  urea ABC transporter, substrate-binding protein  44.09 
 
 
422 aa  366  1e-100  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4452  putative Leu/Ile/Val/Thr/Ala-binding protein  42.08 
 
 
412 aa  306  5.0000000000000004e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.133528 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0349  extracellular ligand-binding receptor  42.65 
 
 
407 aa  271  1e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3980  histidine kinase  36.08 
 
 
659 aa  246  4.9999999999999997e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  34.23 
 
 
443 aa  218  1e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  30.96 
 
 
418 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4361  extracellular ligand-binding receptor  32.3 
 
 
438 aa  198  2.0000000000000003e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000367621  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5695  Extracellular ligand-binding receptor  36.11 
 
 
382 aa  194  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0211011  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6648  Extracellular ligand-binding receptor  36.39 
 
 
382 aa  192  7e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0122953  normal  0.152 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2260  urea ABC transporter, urea binding protein  31.55 
 
 
440 aa  192  9e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.411735  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29741  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  31.69 
 
 
431 aa  191  2e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  29.78 
 
 
419 aa  191  2.9999999999999997e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2007  urea ABC transporter, urea binding protein  33.74 
 
 
405 aa  189  7e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.44 
 
 
393 aa  188  1e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0130  extracellular ligand-binding receptor  30.49 
 
 
423 aa  188  1e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0243473 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  29.95 
 
 
397 aa  188  2e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  30.84 
 
 
393 aa  186  5e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  30.87 
 
 
413 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1597  urea ABC transporter, urea binding protein  31.59 
 
 
414 aa  182  8.000000000000001e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.948764  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2620  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  32.24 
 
 
432 aa  181  2e-44  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0558299  normal  0.886918 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  30.99 
 
 
421 aa  181  2e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  30.99 
 
 
421 aa  181  2e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4422  extracellular ligand-binding receptor  33.8 
 
 
384 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2250  putative urea ABC transporter, urea binding protein  31.53 
 
 
431 aa  178  1e-43  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.582147  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2993  hypothetical protein  33.68 
 
 
386 aa  179  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  30.52 
 
 
405 aa  177  3e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1506  putative substrate-binding component of ABC transporter  32.26 
 
 
436 aa  176  6e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  30.6 
 
 
421 aa  175  9.999999999999999e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5900  extracellular ligand-binding receptor  30.83 
 
 
384 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.137338 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3881  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  28.28 
 
 
411 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  28.42 
 
 
402 aa  174  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  30.14 
 
 
402 aa  172  7.999999999999999e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1289  putative substrate-binding component of ABC transporter  31.61 
 
 
436 aa  172  7.999999999999999e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  29.54 
 
 
419 aa  172  9e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6254  putative urea/short-chain binding protein  29.71 
 
 
369 aa  171  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.172457  normal  0.370606 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0810  putative PAS/PAC sensor protein  31.39 
 
 
840 aa  171  3e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.643579  normal  0.828908 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08881  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  29.51 
 
 
425 aa  171  3e-41  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2996  putative amidase expression-regulating protein  30.87 
 
 
391 aa  170  4e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  29.49 
 
 
421 aa  170  4e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1310  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.52 
 
 
389 aa  169  7e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.381196  normal  0.934076 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4078  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.68 
 
 
414 aa  169  9e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.749846  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3112  urea ABC transporter, urea binding protein  31.93 
 
 
416 aa  168  1e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2975  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.43 
 
 
416 aa  169  1e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.13601 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1775  twin-arginine translocation pathway signal  31.52 
 
 
414 aa  169  1e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185236  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1953  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  29.17 
 
 
410 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1255  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.32 
 
 
415 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0484775 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5905  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.97 
 
 
391 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.607996  normal  0.0988317 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1360  urea ABC transporter, urea binding protein  33.22 
 
 
413 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396806  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1200  urea ABC transporter, urea binding protein  33.22 
 
 
413 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12535 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1305  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.75 
 
 
397 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.614657  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3780  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  27.49 
 
 
404 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.583472  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1674  urea ABC transporter, urea binding protein  27.9 
 
 
407 aa  162  1e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3381  twin-arginine translocation pathway signal  30.53 
 
 
419 aa  161  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5692  putative amidase expression-regulating protein  28.7 
 
 
377 aa  161  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0892365  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3638  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.25 
 
 
382 aa  160  3e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13399  normal  0.0727576 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1711  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.72 
 
 
421 aa  160  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0299695  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1139  urea ABC transporter, urea binding protein  30.94 
 
 
413 aa  160  5e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0049  putative amidase expression-regulating protein  29.85 
 
 
380 aa  160  5e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6645  Extracellular ligand-binding receptor  28.4 
 
 
377 aa  160  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548908  normal  0.064075 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0829  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  29.51 
 
 
425 aa  159  7e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  27.59 
 
 
463 aa  159  7e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08861  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  29.51 
 
 
425 aa  159  1e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1662  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  26.97 
 
 
428 aa  158  2e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1557  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  25.71 
 
 
441 aa  156  5.0000000000000005e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1393  twin-arginine translocation pathway signal  28.54 
 
 
428 aa  156  5.0000000000000005e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656328  normal  0.386042 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4012  urea ABC transporter, urea binding protein  29.19 
 
 
422 aa  156  6e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.394915  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5753  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  30.59 
 
 
384 aa  156  6e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.887831 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0997  twin-arginine translocation pathway signal  28.35 
 
 
427 aa  156  8e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1443  urea ABC transporter, urea binding protein  29.63 
 
 
420 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2161  urea ABC transporter, urea binding protein  27.98 
 
 
422 aa  155  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.269161  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0220  urea ABC transporter, urea binding protein  30.22 
 
 
421 aa  155  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618006  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2500  urea ABC transporter, urea binding protein  28.22 
 
 
422 aa  154  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.172849  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3211  twin-arginine translocation pathway signal  28.65 
 
 
420 aa  155  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.35137  normal  0.840301 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0976  urea ABC transporter, urea binding protein  28.81 
 
 
426 aa  155  2e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1443  twin-arginine translocation pathway signal  28.97 
 
 
420 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2746  urea ABC transporter, urea binding protein  27.82 
 
 
423 aa  153  5e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.276837  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2193  urea ABC transporter, urea binding protein  29.62 
 
 
418 aa  152  7e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1048  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  29.51 
 
 
425 aa  152  1e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.293483  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1951  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  29 
 
 
388 aa  152  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0942  twin-arginine translocation pathway signal  28.25 
 
 
407 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19191  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  29.51 
 
 
425 aa  152  1e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3145  urea ABC transporter, urea binding protein  30.4 
 
 
422 aa  151  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3864  amide-urea binding protein  29.01 
 
 
420 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601855  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1870  urea ABC transporter, urea binding protein  28.83 
 
 
418 aa  151  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.510403  normal  0.303887 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3587  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.55 
 
 
418 aa  150  3e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3690  urea ABC transporter, urea binding protein  28.46 
 
 
417 aa  150  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0564  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.46 
 
 
420 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3572  ABC transporter substrate-binding protein  29.46 
 
 
422 aa  150  3e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.536665  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3381  ABC transporter substrate-binding protein  28.46 
 
 
417 aa  150  3e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5668  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.34 
 
 
424 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851164  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5281  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  24.87 
 
 
425 aa  150  5e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1252  amide-urea binding protein  29.01 
 
 
392 aa  149  6e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0854371  normal  0.451875 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4636  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.41 
 
 
424 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>