More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3020 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2663  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  91.99 
 
 
412 aa  790    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0749447  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3322  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  85.56 
 
 
415 aa  696    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12992  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3020  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  100 
 
 
412 aa  859    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.692302 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3202  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, amiC  91.5 
 
 
412 aa  793    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.836908 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0809  Extracellular ligand-binding receptor  69.35 
 
 
414 aa  593  1e-168  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5759  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  66.26 
 
 
411 aa  584  1.0000000000000001e-165  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4292  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  61.82 
 
 
412 aa  514  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0103855 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1560  urea ABC transporter, substrate-binding protein  43.21 
 
 
422 aa  358  8e-98  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4452  putative Leu/Ile/Val/Thr/Ala-binding protein  37.13 
 
 
412 aa  276  4e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.133528 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0349  extracellular ligand-binding receptor  39.88 
 
 
407 aa  254  3e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3980  histidine kinase  33.14 
 
 
659 aa  220  3e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  32.11 
 
 
418 aa  205  1e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  31.49 
 
 
419 aa  199  6e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  32.53 
 
 
443 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  31.55 
 
 
413 aa  190  4e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  31.36 
 
 
393 aa  190  4e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3881  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  30.31 
 
 
411 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.88 
 
 
393 aa  188  1e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2260  urea ABC transporter, urea binding protein  32.68 
 
 
440 aa  187  3e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.411735  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  31.45 
 
 
421 aa  187  3e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  31.55 
 
 
463 aa  187  4e-46  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0130  extracellular ligand-binding receptor  29.32 
 
 
423 aa  184  3e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0243473 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29741  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  30.22 
 
 
431 aa  182  9.000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  29.46 
 
 
397 aa  182  1e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4361  extracellular ligand-binding receptor  30.52 
 
 
438 aa  181  2.9999999999999997e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000367621  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1289  putative substrate-binding component of ABC transporter  32.74 
 
 
436 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2007  urea ABC transporter, urea binding protein  31.18 
 
 
405 aa  179  9e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1506  putative substrate-binding component of ABC transporter  33.43 
 
 
436 aa  178  1e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  30.25 
 
 
421 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  30.25 
 
 
421 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2250  putative urea ABC transporter, urea binding protein  29.26 
 
 
431 aa  176  5e-43  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.582147  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  30.08 
 
 
402 aa  175  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5695  Extracellular ligand-binding receptor  32.05 
 
 
382 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0211011  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  29.69 
 
 
421 aa  174  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  29.72 
 
 
402 aa  173  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  29.01 
 
 
419 aa  173  5.999999999999999e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08881  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  30.02 
 
 
425 aa  172  1e-41  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6648  Extracellular ligand-binding receptor  31.51 
 
 
382 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0122953  normal  0.152 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1443  twin-arginine translocation pathway signal  29.98 
 
 
420 aa  170  4e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5900  extracellular ligand-binding receptor  30.63 
 
 
384 aa  170  4e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.137338 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1305  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.13 
 
 
397 aa  170  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.614657  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3780  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  28.65 
 
 
404 aa  170  5e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.583472  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1775  twin-arginine translocation pathway signal  29.69 
 
 
414 aa  168  1e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185236  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1310  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.76 
 
 
389 aa  168  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.381196  normal  0.934076 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  29.72 
 
 
405 aa  169  1e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5905  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.36 
 
 
391 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.607996  normal  0.0988317 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1597  urea ABC transporter, urea binding protein  26.46 
 
 
414 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.948764  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4078  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.22 
 
 
414 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.749846  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1252  amide-urea binding protein  29.86 
 
 
392 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0854371  normal  0.451875 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3638  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.34 
 
 
382 aa  166  6.9999999999999995e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13399  normal  0.0727576 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3864  amide-urea binding protein  29.58 
 
 
420 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601855  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4012  urea ABC transporter, urea binding protein  29 
 
 
422 aa  166  6.9999999999999995e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.394915  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3381  twin-arginine translocation pathway signal  30.12 
 
 
419 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0188  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.82 
 
 
444 aa  165  1.0000000000000001e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1200  urea ABC transporter, urea binding protein  29.77 
 
 
413 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12535 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1674  urea ABC transporter, urea binding protein  28.83 
 
 
407 aa  164  2.0000000000000002e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1360  urea ABC transporter, urea binding protein  29.77 
 
 
413 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396806  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2993  hypothetical protein  31.79 
 
 
386 aa  165  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1443  urea ABC transporter, urea binding protein  29.56 
 
 
420 aa  164  3e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0976  urea ABC transporter, urea binding protein  30.08 
 
 
426 aa  164  3e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1139  urea ABC transporter, urea binding protein  29.58 
 
 
413 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1953  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  28.46 
 
 
410 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1393  twin-arginine translocation pathway signal  29 
 
 
428 aa  163  6e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656328  normal  0.386042 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0654  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  29.01 
 
 
391 aa  163  7e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.379667 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3112  urea ABC transporter, urea binding protein  29.09 
 
 
416 aa  162  8.000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2996  putative amidase expression-regulating protein  29.61 
 
 
391 aa  162  9e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5692  putative amidase expression-regulating protein  28.31 
 
 
377 aa  162  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0892365  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0997  twin-arginine translocation pathway signal  29 
 
 
427 aa  162  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0994  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  29.92 
 
 
454 aa  161  2e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.603537  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6645  Extracellular ligand-binding receptor  28.01 
 
 
377 aa  161  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548908  normal  0.064075 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3211  twin-arginine translocation pathway signal  29.44 
 
 
420 aa  160  3e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.35137  normal  0.840301 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2975  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.81 
 
 
416 aa  160  3e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.13601 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1711  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.11 
 
 
421 aa  160  5e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0299695  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0829  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  29.79 
 
 
425 aa  159  8e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2193  urea ABC transporter, urea binding protein  30.15 
 
 
418 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5281  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  25 
 
 
425 aa  159  1e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2620  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  29.32 
 
 
432 aa  158  2e-37  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0558299  normal  0.886918 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08861  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  29.55 
 
 
425 aa  157  3e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3931  urea ABC transporter, urea binding protein  29.7 
 
 
417 aa  157  3e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.606906  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1951  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  29.38 
 
 
388 aa  157  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0564  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.35 
 
 
420 aa  157  4e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4422  extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 
384 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3572  ABC transporter substrate-binding protein  28.81 
 
 
422 aa  156  7e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.536665  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1048  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  29.62 
 
 
425 aa  155  9e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.293483  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1870  urea ABC transporter, urea binding protein  30.15 
 
 
418 aa  155  9e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.510403  normal  0.303887 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19191  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  29.62 
 
 
425 aa  155  9e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0220  urea ABC transporter, urea binding protein  28.87 
 
 
421 aa  155  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618006  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4014  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.53 
 
 
435 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0416471  normal  0.65931 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3381  ABC transporter substrate-binding protein  28.16 
 
 
417 aa  154  4e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3690  urea ABC transporter, urea binding protein  28.16 
 
 
417 aa  154  4e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1846  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.85 
 
 
380 aa  153  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.280778 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1255  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.58 
 
 
415 aa  153  5.9999999999999996e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0484775 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0787  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.97 
 
 
435 aa  153  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.238628  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3500  twin-arginine translocation pathway signal  28.65 
 
 
420 aa  153  5.9999999999999996e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4633  urea ABC transporter, urea binding protein  27.57 
 
 
421 aa  153  7e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.688874  normal  0.0837107 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2746  urea ABC transporter, urea binding protein  28.14 
 
 
423 aa  152  7e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.276837  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0701  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  27.32 
 
 
421 aa  152  7e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.525993  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0798  urea ABC transporter, urea binding protein  28.97 
 
 
435 aa  153  7e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.398503  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0593  urea ABC transporter, urea binding protein  28.96 
 
 
418 aa  153  7e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0692994 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4841  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.07 
 
 
421 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.365474 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>