More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_6254 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010625  Bphy_6254  putative urea/short-chain binding protein  100 
 
 
369 aa  761    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.172457  normal  0.370606 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0942  twin-arginine translocation pathway signal  52.76 
 
 
407 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1045  twin-arginine translocation pathway signal  52.62 
 
 
407 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.457214  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1255  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50 
 
 
415 aa  379  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0484775 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  29.78 
 
 
421 aa  190  2.9999999999999997e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  31.01 
 
 
393 aa  188  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  29.33 
 
 
397 aa  187  2e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4452  putative Leu/Ile/Val/Thr/Ala-binding protein  29.89 
 
 
412 aa  187  3e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.133528 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  31.18 
 
 
418 aa  186  8e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.17 
 
 
393 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  31.19 
 
 
419 aa  182  1e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1775  twin-arginine translocation pathway signal  29.67 
 
 
414 aa  181  2e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185236  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  31.22 
 
 
421 aa  180  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  31.22 
 
 
421 aa  180  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4078  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.3 
 
 
414 aa  178  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.749846  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  31.58 
 
 
402 aa  177  3e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1139  urea ABC transporter, urea binding protein  27.61 
 
 
413 aa  176  6e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3864  amide-urea binding protein  27.95 
 
 
420 aa  175  9e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601855  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  31.29 
 
 
443 aa  175  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1443  urea ABC transporter, urea binding protein  27.53 
 
 
420 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  30.66 
 
 
421 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1360  urea ABC transporter, urea binding protein  28.73 
 
 
413 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396806  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1200  urea ABC transporter, urea binding protein  28.73 
 
 
413 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12535 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0654  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  27.53 
 
 
391 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.379667 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3690  urea ABC transporter, urea binding protein  27.89 
 
 
417 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3381  ABC transporter substrate-binding protein  27.89 
 
 
417 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3572  ABC transporter substrate-binding protein  27.89 
 
 
422 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.536665  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0976  urea ABC transporter, urea binding protein  27.89 
 
 
426 aa  173  3.9999999999999995e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0349  extracellular ligand-binding receptor  29.05 
 
 
407 aa  173  3.9999999999999995e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0809  Extracellular ligand-binding receptor  30.59 
 
 
414 aa  172  6.999999999999999e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  31.11 
 
 
402 aa  172  9e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4361  extracellular ligand-binding receptor  30.21 
 
 
438 aa  171  1e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000367621  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3732  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.13 
 
 
424 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4636  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.13 
 
 
424 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5759  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  29.71 
 
 
411 aa  171  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  32.79 
 
 
405 aa  171  2e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1252  amide-urea binding protein  27.67 
 
 
392 aa  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0854371  normal  0.451875 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5668  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.85 
 
 
424 aa  170  4e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851164  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3112  urea ABC transporter, urea binding protein  28.99 
 
 
416 aa  170  4e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  32.04 
 
 
463 aa  169  7e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1597  urea ABC transporter, urea binding protein  28.61 
 
 
414 aa  169  9e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.948764  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6186  urea ABC transporter, urea binding protein  27.32 
 
 
410 aa  168  1e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.411723  normal  0.830735 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1711  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.85 
 
 
421 aa  168  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0299695  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2007  urea ABC transporter, urea binding protein  30.99 
 
 
405 aa  167  2e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1953  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  28.91 
 
 
410 aa  166  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0593  urea ABC transporter, urea binding protein  26.48 
 
 
418 aa  166  5e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0692994 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0564  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.62 
 
 
420 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29741  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  29.89 
 
 
431 aa  164  2.0000000000000002e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5281  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  30.9 
 
 
425 aa  164  2.0000000000000002e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5512  ABC transporter substrate-binding protein  26.76 
 
 
422 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115941  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2975  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.78 
 
 
416 aa  163  4.0000000000000004e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.13601 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1662  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  31.49 
 
 
428 aa  163  6e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2250  putative urea ABC transporter, urea binding protein  30.43 
 
 
431 aa  162  7e-39  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.582147  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0952  twin-arginine translocation pathway signal  29.89 
 
 
419 aa  162  8.000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.553309  normal  0.40345 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  29.83 
 
 
413 aa  162  1e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3881  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  30.68 
 
 
411 aa  162  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0986  twin-arginine translocation pathway signal  30.16 
 
 
418 aa  161  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3780  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  31.23 
 
 
404 aa  160  3e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.583472  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0130  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
423 aa  160  3e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0243473 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2161  urea ABC transporter, urea binding protein  29.09 
 
 
422 aa  160  4e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.269161  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4605  urea ABC transporter, urea binding protein  28.42 
 
 
430 aa  160  4e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0446253  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1421  putative substrate-binding periplasmic transport protein  28.96 
 
 
422 aa  160  5e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3587  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.45 
 
 
418 aa  159  6e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2193  urea ABC transporter, urea binding protein  29.95 
 
 
418 aa  159  6e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1870  urea ABC transporter, urea binding protein  29.95 
 
 
418 aa  159  8e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.510403  normal  0.303887 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2746  urea ABC transporter, urea binding protein  29.64 
 
 
423 aa  159  9e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.276837  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0810  putative PAS/PAC sensor protein  28.49 
 
 
840 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.643579  normal  0.828908 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3381  twin-arginine translocation pathway signal  28.1 
 
 
419 aa  158  1e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1443  twin-arginine translocation pathway signal  28.57 
 
 
420 aa  158  2e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3931  urea ABC transporter, urea binding protein  28.73 
 
 
417 aa  158  2e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.606906  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0220  urea ABC transporter, urea binding protein  29.41 
 
 
421 aa  157  2e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618006  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4229  hypothetical protein  29.08 
 
 
426 aa  158  2e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.527328  normal  0.405756 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4149  putative urea short-chain amide or branched-chain amino acid uptake ABC transporter  27.45 
 
 
434 aa  157  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2260  urea ABC transporter, urea binding protein  26.98 
 
 
440 aa  158  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.411735  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2794  urea ABC transporter, urea binding protein  29.23 
 
 
422 aa  157  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1674  urea ABC transporter, urea binding protein  31.72 
 
 
407 aa  158  2e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1340  urea ABC transporter urea binding protein  29.23 
 
 
422 aa  157  2e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.231626 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2873  urea ABC transporter, urea binding protein  29.23 
 
 
422 aa  157  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.862041  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2500  urea ABC transporter, urea binding protein  28.53 
 
 
422 aa  157  3e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.172849  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2620  putative UreA short-chain amide  27.45 
 
 
428 aa  157  3e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0882904 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3145  urea ABC transporter, urea binding protein  27.89 
 
 
422 aa  157  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0701  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  28.25 
 
 
421 aa  157  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.525993  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2041  putative urea/short-chain amide-binding signal peptide protein  29.67 
 
 
418 aa  157  4e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.300905 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1988  putative substrate-binding periplasmic transport protein  29.23 
 
 
423 aa  156  4e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.146215 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0994  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  28.3 
 
 
454 aa  156  5.0000000000000005e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.603537  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3211  twin-arginine translocation pathway signal  29 
 
 
420 aa  156  6e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.35137  normal  0.840301 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08881  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  28.61 
 
 
425 aa  156  6e-37  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1393  twin-arginine translocation pathway signal  28.11 
 
 
428 aa  155  8e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656328  normal  0.386042 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4885  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.98 
 
 
421 aa  155  9e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4426  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.25 
 
 
421 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.171999 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0697  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.96 
 
 
425 aa  155  1e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.951166  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  29.87 
 
 
419 aa  155  1e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1084  urea ABC transporter, urea binding protein  29.23 
 
 
425 aa  154  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4014  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.67 
 
 
435 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0416471  normal  0.65931 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0880  urea ABC transporter, urea binding protein  29.95 
 
 
435 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.824913 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0431  twin-arginine translocation pathway signal  29.95 
 
 
435 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0910  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  29.95 
 
 
435 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.988343  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4898  urea ABC transporter, urea binding protein  27.98 
 
 
421 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0308389 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0590  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.7 
 
 
421 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0787  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.59 
 
 
435 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.238628  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>