More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0563 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
421 aa  849    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  61.23 
 
 
395 aa  480  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  63.44 
 
 
405 aa  476  1e-133  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  59.85 
 
 
411 aa  471  1.0000000000000001e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  58.93 
 
 
402 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0857  extracellular ligand-binding receptor  59.63 
 
 
411 aa  464  1e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  56.6 
 
 
401 aa  463  1e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  57.18 
 
 
402 aa  462  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  59.57 
 
 
402 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  59.1 
 
 
401 aa  460  9.999999999999999e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  56.81 
 
 
406 aa  456  1e-127  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  59.15 
 
 
395 aa  456  1e-127  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  59.15 
 
 
395 aa  458  1e-127  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  57.11 
 
 
398 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4215  extracellular ligand-binding receptor  56.95 
 
 
402 aa  453  1.0000000000000001e-126  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  55.91 
 
 
406 aa  432  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1976  extracellular ligand-binding receptor  56.16 
 
 
406 aa  426  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102141  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  32.2 
 
 
415 aa  186  6e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  28.42 
 
 
437 aa  136  6.0000000000000005e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  28.83 
 
 
408 aa  136  8e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  27.61 
 
 
410 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3427  ABC transporter substrate-binding protein  29.68 
 
 
422 aa  125  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  32.17 
 
 
384 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  29.33 
 
 
390 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  30.18 
 
 
415 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  28.46 
 
 
414 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0229  Extracellular ligand-binding receptor  28.46 
 
 
441 aa  113  6e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  decreased coverage  0.00108704  normal  0.192891 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  29.66 
 
 
415 aa  108  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  29.4 
 
 
415 aa  107  5e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  29.4 
 
 
415 aa  107  5e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 
413 aa  105  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  28.38 
 
 
417 aa  103  5e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  27.6 
 
 
415 aa  102  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  25.99 
 
 
396 aa  102  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  27.99 
 
 
395 aa  100  5e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  24.73 
 
 
395 aa  98.2  2e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  25.55 
 
 
397 aa  97.8  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  27.91 
 
 
417 aa  97.4  4e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4994  extracellular ligand-binding receptor  25.22 
 
 
400 aa  97.4  4e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.539292  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3830  Extracellular ligand-binding receptor  27.64 
 
 
390 aa  97.1  5e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6587  Extracellular ligand-binding receptor  30.51 
 
 
388 aa  96.3  8e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 
389 aa  95.9  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
391 aa  95.1  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4204  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
400 aa  95.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.669867 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  29.38 
 
 
417 aa  95.1  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1235  extracellular ligand-binding receptor  26.2 
 
 
445 aa  95.1  2e-18  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  27.08 
 
 
415 aa  94.7  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7682  putative branched-chain amino-acid ABC transporter, periplasmic binding protein  26.9 
 
 
397 aa  93.2  8e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.540186  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  25.93 
 
 
376 aa  92.8  9e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3322  twin-arginine translocation pathway signal  28.42 
 
 
423 aa  92.4  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.204494  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  26.25 
 
 
392 aa  92.8  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1826  extracellular ligand-binding receptor  25.22 
 
 
416 aa  92.8  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4882  Extracellular ligand-binding receptor  26.1 
 
 
394 aa  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  25.5 
 
 
392 aa  92  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20580  aliphatic amidase expression-regulating protein  27.09 
 
 
385 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0172164  normal  0.861433 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4795  Extracellular ligand-binding receptor  25.28 
 
 
420 aa  91.3  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  26.21 
 
 
390 aa  91.3  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  26.56 
 
 
399 aa  90.9  4e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.56 
 
 
399 aa  90.9  4e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4056  extracellular ligand-binding receptor  25.94 
 
 
394 aa  90.9  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.423392  normal  0.164952 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3910  Extracellular ligand-binding receptor  27.51 
 
 
420 aa  90.1  6e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.420808  normal  0.127498 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  25.28 
 
 
396 aa  90.1  7e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0955  transporter signal peptide protein  25.2 
 
 
416 aa  89  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.223807  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0417  extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 
393 aa  89.4  1e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.852036 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4420  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.14 
 
 
411 aa  89.4  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  25.82 
 
 
391 aa  88.6  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.33 
 
 
376 aa  88.6  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4452  putative Leu/Ile/Val/Thr/Ala-binding protein  26.1 
 
 
412 aa  88.6  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.133528 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1750  Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  24.27 
 
 
417 aa  88.2  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.175864  normal  0.531114 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1766  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  24.68 
 
 
405 aa  87.8  3e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7912  Extracellular ligand-binding receptor  29.04 
 
 
407 aa  88.2  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  24.05 
 
 
405 aa  87.8  3e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  23.86 
 
 
389 aa  87.8  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3411  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  24.68 
 
 
405 aa  87.8  3e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000582907 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  32.2 
 
 
432 aa  88.2  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1931  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  25.07 
 
 
405 aa  87.4  4e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1012  extracellular ligand-binding receptor  25.37 
 
 
438 aa  87  5e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0303063  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  24.8 
 
 
405 aa  86.7  7e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4434  extracellular ligand-binding receptor  26.4 
 
 
378 aa  86.7  8e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1749  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  24.68 
 
 
405 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  24.54 
 
 
405 aa  85.9  0.000000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4401  extracellular ligand-binding receptor  26.39 
 
 
407 aa  85.9  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.933784  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  24.68 
 
 
405 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 
390 aa  85.9  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0038  Extracellular ligand-binding receptor  27.08 
 
 
391 aa  86.3  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0144084  normal  0.178822 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 
389 aa  85.9  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  25.25 
 
 
397 aa  85.9  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1352  extracellular ligand-binding receptor  25.52 
 
 
432 aa  85.9  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.533055  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0920  putative transporter signal peptide protein  23.83 
 
 
417 aa  85.9  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  27.22 
 
 
392 aa  85.5  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  26.85 
 
 
404 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  25.75 
 
 
399 aa  85.5  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  25.91 
 
 
419 aa  84.3  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6014  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
387 aa  84.7  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00769519 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1766  aliphatic amidase expression-regulating protein  25.84 
 
 
385 aa  84.7  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1792  branched-chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  24.42 
 
 
405 aa  84  0.000000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3307  extracellular ligand-binding receptor  24.11 
 
 
411 aa  84  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0131361 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6489  extracellular ligand-binding receptor  30.03 
 
 
387 aa  83.6  0.000000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.225285  normal  0.518138 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3805  extracellular ligand-binding receptor  24.51 
 
 
450 aa  83.6  0.000000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0795418  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1454  putative Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  22.81 
 
 
418 aa  83.6  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.689269  hitchhiker  0.00017453 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>