More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1005 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 407 aa  842    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4823  extracellular ligand-binding receptor  67.1 
 
 		 437 aa  540  9.999999999999999e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.615465 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  58.45 
 
 		 407 aa  458  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  57.91 
 
 		 409 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  57.1 
 
 		 409 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  57.37 
 
 		 409 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  57.1 
 
 		 404 aa  447  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  53.16 
 
 		 410 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  52.51 
 
 		 418 aa  431  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  54.79 
 
 		 410 aa  430  1e-119  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  51.27 
 
 		 407 aa  422  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  53.74 
 
 		 411 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0352  extracellular ligand-binding receptor  54.2 
 
 		 410 aa  421  1e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115416  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1842  hypothetical protein  54.62 
 
 		 405 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  52.82 
 
 		 410 aa  417  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.112312 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  51.02 
 
 		 415 aa  414  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  53.35 
 
 		 406 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  51.52 
 
 		 435 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  52.2 
 
 		 411 aa  411  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  53.37 
 
 		 410 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  52.45 
 
 		 411 aa  411  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4244  Extracellular ligand-binding receptor  53.37 
 
 		 411 aa  408  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  52.55 
 
 		 411 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  52.15 
 
 		 406 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0583  Extracellular ligand-binding receptor  52.15 
 
 		 406 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.981919  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  49.87 
 
 		 409 aa  403  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  51.64 
 
 		 406 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  51.76 
 
 		 410 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  49.59 
 
 		 401 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4684  extracellular ligand-binding receptor  50.27 
 
 		 406 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  50.52 
 
 		 395 aa  393  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4000  Extracellular ligand-binding receptor  53.12 
 
 		 403 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  50.82 
 
 		 406 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  51.61 
 
 		 405 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  49.22 
 
 		 400 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  47.99 
 
 		 406 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  46.1 
 
 		 406 aa  362  6e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3265  twin-arginine translocation pathway signal  44.64 
 
 		 407 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.125818  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  47.04 
 
 		 406 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  45.52 
 
 		 402 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0801  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  45.5 
 
 		 409 aa  351  1e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.0350726 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3633  Extracellular ligand-binding receptor  41.98 
 
 		 402 aa  317  2e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  41.37 
 
 		 412 aa  308  1.0000000000000001e-82  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  40.66 
 
 		 399 aa  280  4e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4713  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  32.04 
 
 		 414 aa  192  1e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.656767  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  31.12 
 
 		 441 aa  176  5e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  31.7 
 
 		 438 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  30.11 
 
 		 434 aa  157  3e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 		 436 aa  147  3e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  30.99 
 
 		 415 aa  144  4e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  26.81 
 
 		 407 aa  118  1.9999999999999998e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 		 386 aa  117  3.9999999999999997e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  27.22 
 
 		 480 aa  117  5e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  24.7 
 
 		 408 aa  113  6e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  25.83 
 
 		 403 aa  112  1.0000000000000001e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  26.92 
 
 		 389 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  25.98 
 
 		 423 aa  103  5e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  25.58 
 
 		 472 aa  103  7e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  29.76 
 
 		 377 aa  102  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  26.23 
 
 		 386 aa  101  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  26.38 
 
 		 382 aa  100  4e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  28.2 
 
 		 384 aa  100  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  27.13 
 
 		 375 aa  100  5e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  28.1 
 
 		 377 aa  100  6e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  28.96 
 
 		 398 aa  99.8  8e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  27.63 
 
 		 385 aa  97.1  5e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  27.63 
 
 		 385 aa  97.1  5e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  26.3 
 
 		 378 aa  96.7  7e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.1 
 
 		 425 aa  96.7  7e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  28.05 
 
 		 377 aa  96.7  8e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  27.91 
 
 		 377 aa  95.9  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  24.87 
 
 		 368 aa  94.7  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  23.89 
 
 		 392 aa  94.4  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  25.6 
 
 		 401 aa  94.4  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 		 388 aa  93.6  6e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0479  extracellular ligand-binding receptor  26.16 
 
 		 390 aa  93.2  8e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  27.55 
 
 		 373 aa  92.8  9e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  27.96 
 
 		 385 aa  92.8  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  24.78 
 
 		 367 aa  91.3  3e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0768  extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 		 380 aa  91.3  3e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  28.32 
 
 		 394 aa  90.9  4e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.9 
 
 		 392 aa  90.9  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  22.45 
 
 		 387 aa  90.5  5e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  26 
 
 		 387 aa  90.5  5e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  25.5 
 
 		 370 aa  90.1  7e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  29.01 
 
 		 378 aa  88.2  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  25.86 
 
 		 519 aa  88.2  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  25.15 
 
 		 517 aa  87.8  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  25.88 
 
 		 539 aa  88.2  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  24.7 
 
 		 379 aa  87.8  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  26.46 
 
 		 386 aa  87.4  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  33.52 
 
 		 382 aa  87  5e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 		 370 aa  87  6e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  26.7 
 
 		 370 aa  86.7  7e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 		 398 aa  86.3  8e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3501  extracellular ligand-binding receptor  28.75 
 
 		 448 aa  86.3  0.000000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  26.2 
 
 		 392 aa  84.7  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 		 411 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  25.53 
 
 		 385 aa  83.6  0.000000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  28.91 
 
 		 411 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>