More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5154 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  100 
 
 
399 aa  805    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  47.58 
 
 
400 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  48.72 
 
 
415 aa  365  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  47.26 
 
 
409 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  47.12 
 
 
409 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  46.77 
 
 
409 aa  363  4e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  46.38 
 
 
411 aa  362  5.0000000000000005e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  46.65 
 
 
411 aa  360  3e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  47.31 
 
 
410 aa  359  6e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  45.84 
 
 
411 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1842  hypothetical protein  46.7 
 
 
405 aa  355  8.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  47.58 
 
 
407 aa  354  2e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  44.36 
 
 
409 aa  351  1e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  45.41 
 
 
395 aa  348  1e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  46.63 
 
 
406 aa  347  2e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  45.7 
 
 
410 aa  347  2e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.112312 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  45.41 
 
 
410 aa  347  3e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0583  Extracellular ligand-binding receptor  46.24 
 
 
406 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.981919  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3265  twin-arginine translocation pathway signal  44.53 
 
 
407 aa  341  2e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.125818  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0352  extracellular ligand-binding receptor  44.62 
 
 
410 aa  341  2e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115416  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  45.31 
 
 
401 aa  339  4e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  46.09 
 
 
410 aa  340  4e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  44.05 
 
 
411 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  45.82 
 
 
406 aa  335  1e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  44.09 
 
 
407 aa  332  8e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  43.86 
 
 
404 aa  330  2e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  41.21 
 
 
435 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  44.2 
 
 
410 aa  326  6e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4244  Extracellular ligand-binding receptor  42.82 
 
 
411 aa  323  5e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4000  Extracellular ligand-binding receptor  42.7 
 
 
403 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  43.92 
 
 
402 aa  320  3e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  39.19 
 
 
418 aa  317  2e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4684  extracellular ligand-binding receptor  43.82 
 
 
406 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  43.78 
 
 
405 aa  312  4.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  43.01 
 
 
406 aa  311  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  42.74 
 
 
406 aa  308  8e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3633  Extracellular ligand-binding receptor  41.44 
 
 
402 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  40.66 
 
 
407 aa  280  3e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  40.86 
 
 
406 aa  280  4e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  40.26 
 
 
406 aa  275  8e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  41.46 
 
 
406 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0801  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  39.95 
 
 
409 aa  265  8.999999999999999e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.0350726 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4823  extracellular ligand-binding receptor  37.86 
 
 
437 aa  264  2e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.615465 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  36.53 
 
 
412 aa  244  3e-63  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  30.09 
 
 
441 aa  158  2e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  32.94 
 
 
438 aa  154  4e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  29.7 
 
 
436 aa  147  4.0000000000000006e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  30.16 
 
 
434 aa  135  9.999999999999999e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.63 
 
 
425 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4713  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  27.62 
 
 
414 aa  120  3.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.656767  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  28.99 
 
 
415 aa  117  3e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 
408 aa  110  3e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  30.58 
 
 
407 aa  107  3e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  29.14 
 
 
386 aa  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 
401 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  27.13 
 
 
377 aa  100  4e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 
403 aa  99.8  9e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 
472 aa  99  1e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  25.98 
 
 
378 aa  99.4  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  24.78 
 
 
480 aa  98.2  2e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  32.05 
 
 
386 aa  98.6  2e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  25.79 
 
 
388 aa  95.5  1e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  26.71 
 
 
423 aa  95.5  2e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  25.69 
 
 
411 aa  92.8  9e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  25.49 
 
 
411 aa  92  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  25.98 
 
 
394 aa  90.5  5e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  28.52 
 
 
425 aa  90.1  6e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
387 aa  88.6  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  25.81 
 
 
382 aa  87  5e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  26.38 
 
 
388 aa  86.3  9e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1725  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  28.17 
 
 
393 aa  85.1  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  26.04 
 
 
379 aa  85.5  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  29.11 
 
 
387 aa  85.5  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  27.8 
 
 
386 aa  83.6  0.000000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5667  putative Leu/Ile/Val/Thr-binding protein precursor; putative signal peptide  26.46 
 
 
447 aa  83.6  0.000000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  34.18 
 
 
386 aa  83.2  0.000000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  28.39 
 
 
519 aa  83.2  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 
397 aa  82.8  0.000000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  31.2 
 
 
382 aa  82.8  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3501  extracellular ligand-binding receptor  31.58 
 
 
448 aa  82.8  0.00000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  26.22 
 
 
375 aa  82  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  25.94 
 
 
517 aa  81.3  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 
386 aa  81.3  0.00000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  25.9 
 
 
368 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26.53 
 
 
496 aa  80.1  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 
385 aa  79.3  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  26.86 
 
 
392 aa  79  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2165  extracellular ligand-binding receptor  25.56 
 
 
390 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  25.79 
 
 
512 aa  79.3  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 
385 aa  79.3  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  23.48 
 
 
389 aa  78.6  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 
380 aa  78.6  0.0000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 
394 aa  77  0.0000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  28.44 
 
 
385 aa  77  0.0000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  23.12 
 
 
393 aa  77  0.0000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0210  Extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 
592 aa  76.3  0.0000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.019468 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  22.13 
 
 
391 aa  75.9  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  32.08 
 
 
384 aa  75.5  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.75 
 
 
392 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  28.1 
 
 
377 aa  74.7  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>