More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0352 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_0352  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 410 aa  840    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115416  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  73.95 
 
 		 409 aa  626  1e-178  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  72.28 
 
 		 410 aa  612  9.999999999999999e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.112312 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  65.91 
 
 		 410 aa  568  1e-161  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  65.9 
 
 		 409 aa  554  1e-156  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  64.87 
 
 		 409 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  64.5 
 
 		 404 aa  544  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  64.4 
 
 		 410 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  64.49 
 
 		 407 aa  540  9.999999999999999e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  64.4 
 
 		 411 aa  536  1e-151  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  63.9 
 
 		 409 aa  531  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  60.89 
 
 		 411 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  60.05 
 
 		 411 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  60.1 
 
 		 411 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  58.9 
 
 		 435 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  58.94 
 
 		 418 aa  500  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  57.43 
 
 		 407 aa  497  1e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  58.53 
 
 		 410 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  58.78 
 
 		 410 aa  490  1e-137  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4244  Extracellular ligand-binding receptor  56.99 
 
 		 411 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  54.27 
 
 		 415 aa  471  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1842  hypothetical protein  53.73 
 
 		 405 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0583  Extracellular ligand-binding receptor  53.99 
 
 		 406 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.981919  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  53.83 
 
 		 406 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  54.03 
 
 		 395 aa  446  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  53.46 
 
 		 406 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  53.05 
 
 		 405 aa  430  1e-119  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4823  extracellular ligand-binding receptor  53.52 
 
 		 437 aa  426  1e-118  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.615465 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  50.13 
 
 		 401 aa  424  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  51.92 
 
 		 407 aa  423  1e-117  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  51.28 
 
 		 400 aa  418  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4000  Extracellular ligand-binding receptor  51.97 
 
 		 403 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4684  extracellular ligand-binding receptor  49.34 
 
 		 406 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  50.67 
 
 		 406 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  49.87 
 
 		 406 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  48.28 
 
 		 402 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3265  twin-arginine translocation pathway signal  45.59 
 
 		 407 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.125818  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  46.97 
 
 		 406 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  47.47 
 
 		 406 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  47.17 
 
 		 406 aa  375  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0801  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  45.28 
 
 		 409 aa  358  9.999999999999999e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.0350726 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3633  Extracellular ligand-binding receptor  44.39 
 
 		 402 aa  342  7e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  42.75 
 
 		 399 aa  341  1e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  39.89 
 
 		 412 aa  297  2e-79  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  33.43 
 
 		 441 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  34.31 
 
 		 438 aa  200  3e-50  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  31.76 
 
 		 434 aa  188  2e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  31.75 
 
 		 436 aa  177  4e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4713  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  31.32 
 
 		 414 aa  170  4e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.656767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  27.46 
 
 		 415 aa  151  2e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  26.01 
 
 		 408 aa  136  7.000000000000001e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.21 
 
 		 425 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  26.23 
 
 		 480 aa  123  5e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  28.02 
 
 		 386 aa  115  1.0000000000000001e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  24.09 
 
 		 407 aa  110  7.000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 		 403 aa  108  1e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  24.57 
 
 		 472 aa  108  2e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  25.45 
 
 		 423 aa  105  2e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  25.65 
 
 		 401 aa  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  27.47 
 
 		 398 aa  102  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  27.96 
 
 		 368 aa  101  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 		 382 aa  99.4  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  28.11 
 
 		 385 aa  97.4  4e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  28.11 
 
 		 385 aa  97.4  4e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  26.51 
 
 		 377 aa  97.1  6e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  25.66 
 
 		 377 aa  95.9  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  25.66 
 
 		 377 aa  95.9  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0479  extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 		 390 aa  95.5  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  26.89 
 
 		 394 aa  95.1  2e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 		 411 aa  95.1  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  28.41 
 
 		 519 aa  94.7  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  24.76 
 
 		 388 aa  93.6  6e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  28.76 
 
 		 382 aa  93.2  7e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  23.02 
 
 		 387 aa  92.8  9e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  25.36 
 
 		 378 aa  91.7  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  27.33 
 
 		 375 aa  92  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  32.28 
 
 		 377 aa  90.9  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 370 aa  90.1  6e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  25.63 
 
 		 367 aa  90.1  6e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  28.63 
 
 		 411 aa  90.1  7e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  23.94 
 
 		 388 aa  89.7  8e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  22.09 
 
 		 392 aa  89.7  9e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  22.44 
 
 		 386 aa  89  1e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  22.06 
 
 		 387 aa  87.8  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  22.19 
 
 		 389 aa  88.2  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  25.58 
 
 		 517 aa  87.8  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  25.36 
 
 		 370 aa  87.8  3e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0210  Extracellular ligand-binding receptor  30.18 
 
 		 592 aa  87  5e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.019468 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  25.36 
 
 		 370 aa  87.4  5e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  26.17 
 
 		 386 aa  87  6e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  27.8 
 
 		 385 aa  86.7  7e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  33.17 
 
 		 382 aa  86.7  8e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  33.17 
 
 		 382 aa  86.3  9e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  27.22 
 
 		 385 aa  85.5  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  25.15 
 
 		 373 aa  84.7  0.000000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  23.64 
 
 		 425 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  34.68 
 
 		 398 aa  84.3  0.000000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  24.31 
 
 		 380 aa  83.6  0.000000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3340  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 394 aa  84  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.157564  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2993  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 363 aa  83.2  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>