More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2001 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  93.67 
 
 		 411 aa  773    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 411 aa  839    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  91.48 
 
 		 411 aa  771    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  69.43 
 
 		 411 aa  590  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  65.84 
 
 		 410 aa  579  1e-164  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  67.5 
 
 		 407 aa  579  1e-164  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  67.79 
 
 		 410 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  69.43 
 
 		 410 aa  568  1e-161  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  68.77 
 
 		 404 aa  565  1e-160  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  68.5 
 
 		 407 aa  559  1e-158  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  68.5 
 
 		 410 aa  558  1e-158  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  65.64 
 
 		 409 aa  551  1e-156  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  66.32 
 
 		 409 aa  549  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  65.9 
 
 		 409 aa  546  1e-154  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  60.95 
 
 		 418 aa  530  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  60.2 
 
 		 409 aa  524  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  60.47 
 
 		 435 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  61.36 
 
 		 410 aa  508  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.112312 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0352  extracellular ligand-binding receptor  60.89 
 
 		 410 aa  506  9.999999999999999e-143  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115416  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1842  hypothetical protein  58.54 
 
 		 405 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  56.9 
 
 		 415 aa  487  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  58.25 
 
 		 406 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4244  Extracellular ligand-binding receptor  59.63 
 
 		 411 aa  484  1e-135  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  60 
 
 		 395 aa  480  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  58.27 
 
 		 406 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0583  Extracellular ligand-binding receptor  57.85 
 
 		 406 aa  471  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.981919  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4000  Extracellular ligand-binding receptor  59.74 
 
 		 403 aa  464  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  54.64 
 
 		 405 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  53.74 
 
 		 401 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3265  twin-arginine translocation pathway signal  51.48 
 
 		 407 aa  433  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.125818  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4684  extracellular ligand-binding receptor  54.31 
 
 		 406 aa  425  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  53.83 
 
 		 406 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  53.56 
 
 		 406 aa  425  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  50.88 
 
 		 400 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4823  extracellular ligand-binding receptor  50.77 
 
 		 437 aa  414  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.615465 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  52.55 
 
 		 407 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  48.26 
 
 		 402 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  49.5 
 
 		 406 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  49.25 
 
 		 406 aa  388  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  50.67 
 
 		 406 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0801  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  48.27 
 
 		 409 aa  372  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.0350726 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  45.38 
 
 		 399 aa  358  9.999999999999999e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3633  Extracellular ligand-binding receptor  44.15 
 
 		 402 aa  353  4e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  40.54 
 
 		 412 aa  324  1e-87  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4713  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  33.99 
 
 		 414 aa  204  3e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.656767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  33.9 
 
 		 438 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  36.63 
 
 		 434 aa  181  1e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  30.24 
 
 		 441 aa  171  1e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  29 
 
 		 436 aa  160  3e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  27.76 
 
 		 415 aa  160  4e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  25.32 
 
 		 480 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  24.66 
 
 		 408 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  24.15 
 
 		 407 aa  117  3.9999999999999997e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  23.3 
 
 		 472 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  28.7 
 
 		 386 aa  111  2.0000000000000002e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.46 
 
 		 425 aa  111  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 		 382 aa  109  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  25.12 
 
 		 392 aa  108  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  26.1 
 
 		 380 aa  107  3e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  28.88 
 
 		 411 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  27.38 
 
 		 375 aa  107  4e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  22.62 
 
 		 423 aa  106  8e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 		 403 aa  105  1e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 378 aa  105  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  28.74 
 
 		 401 aa  104  4e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  25.34 
 
 		 386 aa  103  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 		 394 aa  103  8e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  29.39 
 
 		 411 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  26.47 
 
 		 377 aa  101  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  26.63 
 
 		 377 aa  97.8  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  23.98 
 
 		 398 aa  97.8  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  23.65 
 
 		 386 aa  97.8  3e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  24.62 
 
 		 389 aa  97.4  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 		 387 aa  97.4  4e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  22.09 
 
 		 386 aa  97.1  6e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.04 
 
 		 392 aa  96.7  7e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  25.44 
 
 		 368 aa  96.7  8e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  29.8 
 
 		 389 aa  95.5  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  24.15 
 
 		 379 aa  95.9  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  28.84 
 
 		 519 aa  95.9  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  24.58 
 
 		 388 aa  94.4  3e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  26.96 
 
 		 388 aa  94  4e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  26.11 
 
 		 384 aa  93.6  6e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  25.36 
 
 		 370 aa  93.2  7e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  25.79 
 
 		 387 aa  93.2  7e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 		 370 aa  93.2  9e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  26.09 
 
 		 385 aa  92.8  9e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 		 382 aa  92.4  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  26.09 
 
 		 385 aa  92.8  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26.22 
 
 		 517 aa  92.8  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 		 370 aa  92  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  27.31 
 
 		 367 aa  92.4  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0210  Extracellular ligand-binding receptor  26.79 
 
 		 592 aa  90.9  4e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.019468 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  26.86 
 
 		 398 aa  89.4  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  30.35 
 
 		 376 aa  89.4  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  25.2 
 
 		 539 aa  88.6  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  24.78 
 
 		 373 aa  88.6  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.93 
 
 		 420 aa  87.8  3e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  26.28 
 
 		 385 aa  87.4  4e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26.09 
 
 		 496 aa  87  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>