More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4246 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 409 aa  840    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  92.18 
 
 		 409 aa  771    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  90.22 
 
 		 409 aa  747    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  84.33 
 
 		 407 aa  684    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  70.69 
 
 		 410 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  72.48 
 
 		 404 aa  609  1e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  68.81 
 
 		 409 aa  597  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  69.85 
 
 		 410 aa  587  1e-166  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  69.44 
 
 		 411 aa  586  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  68.83 
 
 		 410 aa  577  1.0000000000000001e-163  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.112312 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  66.84 
 
 		 411 aa  555  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  65.97 
 
 		 411 aa  551  1e-156  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  66.32 
 
 		 411 aa  551  1e-155  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0352  extracellular ligand-binding receptor  65.97 
 
 		 410 aa  549  1e-155  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115416  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  63.97 
 
 		 410 aa  541  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  62.6 
 
 		 435 aa  536  1e-151  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  63.16 
 
 		 410 aa  532  1e-150  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  62.53 
 
 		 407 aa  531  1e-149  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  61.65 
 
 		 418 aa  528  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  59.65 
 
 		 415 aa  513  1e-144  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4244  Extracellular ligand-binding receptor  60.43 
 
 		 411 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1842  hypothetical protein  59.75 
 
 		 405 aa  502  1e-141  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  60.69 
 
 		 406 aa  501  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  62.8 
 
 		 395 aa  500  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  59.69 
 
 		 406 aa  497  1e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0583  Extracellular ligand-binding receptor  58.58 
 
 		 406 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.981919  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  58.67 
 
 		 401 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  57.14 
 
 		 405 aa  464  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  54.94 
 
 		 407 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4823  extracellular ligand-binding receptor  56.06 
 
 		 437 aa  455  1e-127  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.615465 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4684  extracellular ligand-binding receptor  53.66 
 
 		 406 aa  443  1e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  54.52 
 
 		 406 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  54.38 
 
 		 406 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4000  Extracellular ligand-binding receptor  56.32 
 
 		 403 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  54.62 
 
 		 402 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  53.14 
 
 		 400 aa  418  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3265  twin-arginine translocation pathway signal  50.25 
 
 		 407 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.125818  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  49.75 
 
 		 406 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  49.25 
 
 		 406 aa  403  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0801  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  47.59 
 
 		 409 aa  388  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.0350726 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  48.79 
 
 		 406 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3633  Extracellular ligand-binding receptor  47.33 
 
 		 402 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  47.12 
 
 		 399 aa  367  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  41.94 
 
 		 412 aa  321  9.999999999999999e-87  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4713  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  34.99 
 
 		 414 aa  211  2e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.656767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  33.33 
 
 		 438 aa  202  9.999999999999999e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  30.27 
 
 		 441 aa  189  5e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  30.94 
 
 		 434 aa  190  5e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  28.24 
 
 		 436 aa  173  5e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  30.09 
 
 		 415 aa  163  6e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  26.81 
 
 		 423 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  28.06 
 
 		 480 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  26.51 
 
 		 408 aa  126  6e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.29 
 
 		 425 aa  126  7e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  25.51 
 
 		 472 aa  123  5e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  28.06 
 
 		 378 aa  116  8.999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  29.34 
 
 		 386 aa  113  7.000000000000001e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  27.74 
 
 		 368 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  27.67 
 
 		 379 aa  111  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  25.98 
 
 		 382 aa  110  6e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  30.37 
 
 		 519 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  28.87 
 
 		 403 aa  107  3e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  29.49 
 
 		 370 aa  107  6e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 		 377 aa  106  7e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 		 377 aa  106  9e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  25.62 
 
 		 387 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 		 398 aa  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  25.62 
 
 		 388 aa  104  2e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  24.6 
 
 		 389 aa  105  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 		 377 aa  104  3e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  24.8 
 
 		 407 aa  104  3e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  29.22 
 
 		 385 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  29.22 
 
 		 385 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  25.87 
 
 		 387 aa  101  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  26.19 
 
 		 401 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  27.72 
 
 		 370 aa  101  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  27.72 
 
 		 370 aa  100  3e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  26.88 
 
 		 373 aa  100  4e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  24.14 
 
 		 388 aa  100  6e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  26.9 
 
 		 367 aa  99.8  8e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  25.32 
 
 		 392 aa  99.8  8e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  27.51 
 
 		 411 aa  99  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 		 375 aa  97.4  4e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  27.46 
 
 		 398 aa  97.1  5e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  26.03 
 
 		 411 aa  95.9  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  25.66 
 
 		 517 aa  94.7  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  28.34 
 
 		 394 aa  94.4  3e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  25.81 
 
 		 377 aa  93.2  7e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 		 378 aa  92  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26.1 
 
 		 496 aa  90.9  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0479  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 		 390 aa  90.9  4e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  27.82 
 
 		 385 aa  90.5  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  25.95 
 
 		 539 aa  90.5  5e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  23.35 
 
 		 386 aa  90.5  5e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0768  extracellular ligand-binding receptor  26.96 
 
 		 380 aa  89.4  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0210  Extracellular ligand-binding receptor  28.18 
 
 		 592 aa  87.4  4e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.019468 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  24.22 
 
 		 386 aa  87.4  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 		 384 aa  87  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  23.46 
 
 		 380 aa  86.3  8e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  23.5 
 
 		 386 aa  86.3  9e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>