More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5604 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 386 aa  775    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  51.12 
 
 		 386 aa  352  8.999999999999999e-96  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  39.94 
 
 		 377 aa  259  5.0000000000000005e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  38.95 
 
 		 411 aa  258  1e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  39.21 
 
 		 411 aa  257  3e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  40.63 
 
 		 382 aa  256  4e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  37.02 
 
 		 408 aa  249  6e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  37.3 
 
 		 398 aa  249  7e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  38.9 
 
 		 385 aa  248  1e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  38.9 
 
 		 385 aa  248  1e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  37.07 
 
 		 377 aa  240  4e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  38.5 
 
 		 385 aa  238  1e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0335  Extracellular ligand-binding receptor  39.13 
 
 		 374 aa  236  4e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  36.72 
 
 		 392 aa  236  5.0000000000000005e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  37.33 
 
 		 480 aa  233  5e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  37.29 
 
 		 472 aa  232  8.000000000000001e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  35.51 
 
 		 386 aa  230  3e-59  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  36.74 
 
 		 385 aa  228  1e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  38.99 
 
 		 423 aa  224  2e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0953  extracellular ligand-binding receptor  40.71 
 
 		 426 aa  223  3e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0768  extracellular ligand-binding receptor  37.94 
 
 		 380 aa  223  3e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_003296  RS03096  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  34.2 
 
 		 386 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  37.13 
 
 		 378 aa  212  7.999999999999999e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  32.77 
 
 		 379 aa  209  6e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  35.29 
 
 		 388 aa  206  6e-52  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  39.49 
 
 		 382 aa  205  1e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  39.49 
 
 		 382 aa  204  2e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  35.36 
 
 		 382 aa  204  2e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1725  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  37.33 
 
 		 393 aa  201  9.999999999999999e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  34.57 
 
 		 380 aa  199  5e-50  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  34.19 
 
 		 375 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  35.31 
 
 		 496 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  35.85 
 
 		 425 aa  188  1e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  34.31 
 
 		 395 aa  188  2e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21341  hypothetical protein  33.77 
 
 		 342 aa  182  1e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.551591 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  30.42 
 
 		 378 aa  179  8e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0681  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 		 382 aa  176  5e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.35117  normal  0.336917 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5732  extracellular ligand-binding receptor  30.83 
 
 		 403 aa  172  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588725 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  31.71 
 
 		 539 aa  168  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4704  Extracellular ligand-binding receptor  31.53 
 
 		 371 aa  168  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  30.29 
 
 		 377 aa  167  4e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  30.29 
 
 		 377 aa  167  4e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0789  extracellular ligand-binding receptor  30.73 
 
 		 383 aa  166  8e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394286  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0210  Extracellular ligand-binding receptor  32.61 
 
 		 592 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.019468 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  31.34 
 
 		 370 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1033  extracellular ligand-binding receptor  30.08 
 
 		 416 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.344987  hitchhiker  0.000487812 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1004  Extracellular ligand-binding receptor  29.82 
 
 		 416 aa  164  3e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  31.61 
 
 		 368 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  30.31 
 
 		 367 aa  163  5.0000000000000005e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3030  Extracellular ligand-binding receptor  30.51 
 
 		 374 aa  163  6e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.394704  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3749  extracellular ligand-binding receptor  30.51 
 
 		 374 aa  162  7e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.314564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  31 
 
 		 497 aa  159  7e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  30.85 
 
 		 517 aa  159  8e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  30.72 
 
 		 373 aa  159  8e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  32.79 
 
 		 512 aa  157  4e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  31.52 
 
 		 519 aa  155  8e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  29.01 
 
 		 370 aa  155  1e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  28.73 
 
 		 370 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2080  Extracellular ligand-binding receptor  30.95 
 
 		 383 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0549  extracellular ligand-binding receptor  29.71 
 
 		 384 aa  151  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0807314 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4703  Extracellular ligand-binding receptor  31.23 
 
 		 368 aa  151  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0550  extracellular ligand-binding receptor  29.83 
 
 		 383 aa  150  3e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0299  extracellular ligand-binding receptor  27.89 
 
 		 378 aa  150  5e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3128  Extracellular ligand-binding receptor  30.81 
 
 		 387 aa  149  8e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151168  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  29.17 
 
 		 384 aa  149  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  31.99 
 
 		 386 aa  146  7.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1020  twin-arginine translocation pathway signal  27.27 
 
 		 383 aa  144  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1879  putative amino acids-binding transmembrane protein  29.89 
 
 		 383 aa  142  7e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.399388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0045  extracellular ligand-binding receptor  29.09 
 
 		 385 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.406138  normal  0.264074 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  25.66 
 
 		 392 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0065  Extracellular ligand-binding receptor  29.09 
 
 		 385 aa  140  3e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1040  Extracellular ligand-binding receptor  28.98 
 
 		 382 aa  139  6e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.098407 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  28.38 
 
 		 387 aa  138  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  28.7 
 
 		 387 aa  137  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0436  Extracellular ligand-binding receptor  28.38 
 
 		 379 aa  138  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  27.66 
 
 		 386 aa  137  2e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  25.78 
 
 		 389 aa  137  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3061  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.78 
 
 		 388 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664691  normal  0.158134 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0707  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 		 382 aa  133  6e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  32.95 
 
 		 388 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1452  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  28.65 
 
 		 458 aa  130  3e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.691281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.42 
 
 		 425 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3340  Extracellular ligand-binding receptor  28.03 
 
 		 394 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.157564  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4031  extracellular ligand-binding receptor  27.12 
 
 		 381 aa  129  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.2083 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2993  Extracellular ligand-binding receptor  28.03 
 
 		 363 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1617  extracellular ligand-binding receptor  27 
 
 		 384 aa  128  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1661  hypothetical protein  35.86 
 
 		 430 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.429909  normal  0.749387 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2765  extracellular ligand-binding receptor  28.32 
 
 		 408 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.094864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1690  extracellular ligand-binding receptor  26.89 
 
 		 382 aa  123  6e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.783096  normal  0.235233 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  25.07 
 
 		 410 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4409  extracellular ligand-binding receptor  26.03 
 
 		 383 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  30.58 
 
 		 415 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4388  extracellular ligand-binding receptor  24.61 
 
 		 372 aa  120  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.861875 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0358  extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 		 386 aa  120  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00342329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  28.61 
 
 		 407 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  29.62 
 
 		 399 aa  117  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  28.3 
 
 		 410 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.112312 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 		 410 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  24.72 
 
 		 411 aa  116  5e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  26.06 
 
 		 411 aa  117  5e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>