242 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_4388 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_4388  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 372 aa  751    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.861875 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4409  extracellular ligand-binding receptor  60 
 
 		 383 aa  472  1e-132  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4371  extracellular ligand-binding receptor  61.34 
 
 		 391 aa  457  1e-127  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1431  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  62.5 
 
 		 380 aa  439  9.999999999999999e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.21554 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1014  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  60 
 
 		 370 aa  416  9.999999999999999e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0676014 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0364  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  55.91 
 
 		 390 aa  412  1e-114  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.194587 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2392  extracellular ligand-binding receptor  46.59 
 
 		 380 aa  325  7e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  35.33 
 
 		 375 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3340  Extracellular ligand-binding receptor  35.94 
 
 		 394 aa  202  5e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.157564  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2993  Extracellular ligand-binding receptor  35.76 
 
 		 363 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3061  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  35.13 
 
 		 388 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664691  normal  0.158134 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  33.42 
 
 		 377 aa  188  1e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  35.04 
 
 		 377 aa  179  5.999999999999999e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  28.76 
 
 		 382 aa  175  9.999999999999999e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  30.81 
 
 		 382 aa  172  7.999999999999999e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  32.85 
 
 		 379 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2765  extracellular ligand-binding receptor  27.79 
 
 		 408 aa  157  3e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.094864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  31.86 
 
 		 378 aa  157  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0681  extracellular ligand-binding receptor  31.64 
 
 		 382 aa  157  3e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.35117  normal  0.336917 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  30.59 
 
 		 385 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  30.59 
 
 		 385 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0789  extracellular ligand-binding receptor  31.74 
 
 		 383 aa  154  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394286  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0768  extracellular ligand-binding receptor  30.2 
 
 		 380 aa  153  5e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  31.09 
 
 		 370 aa  152  1e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  30.34 
 
 		 386 aa  150  4e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  30.81 
 
 		 370 aa  149  5e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0335  Extracellular ligand-binding receptor  29.94 
 
 		 374 aa  149  6e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  30.14 
 
 		 385 aa  148  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  29.84 
 
 		 384 aa  146  7.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  27.97 
 
 		 398 aa  145  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  28.61 
 
 		 385 aa  144  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  27.89 
 
 		 392 aa  143  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4704  Extracellular ligand-binding receptor  32.02 
 
 		 371 aa  143  6e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2080  Extracellular ligand-binding receptor  30.75 
 
 		 383 aa  142  8e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  29.33 
 
 		 368 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  28.45 
 
 		 370 aa  142  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4703  Extracellular ligand-binding receptor  31.64 
 
 		 368 aa  141  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 		 377 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3030  Extracellular ligand-binding receptor  29.61 
 
 		 374 aa  140  3.9999999999999997e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.394704  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3749  extracellular ligand-binding receptor  29.61 
 
 		 374 aa  140  4.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.314564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  30.49 
 
 		 377 aa  139  8.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3128  Extracellular ligand-binding receptor  30.64 
 
 		 387 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151168  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03096  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  27.86 
 
 		 386 aa  136  5e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  29.27 
 
 		 378 aa  135  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  29.46 
 
 		 373 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  27.14 
 
 		 395 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1879  putative amino acids-binding transmembrane protein  28.27 
 
 		 383 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.399388  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00418  hypothetical protein  26.68 
 
 		 380 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.303098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1617  extracellular ligand-binding receptor  29.12 
 
 		 384 aa  129  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0707  extracellular ligand-binding receptor  30.31 
 
 		 382 aa  128  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4031  extracellular ligand-binding receptor  30.31 
 
 		 381 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.2083 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1040  Extracellular ligand-binding receptor  30.38 
 
 		 382 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.098407 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  29.05 
 
 		 367 aa  126  5e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  30.89 
 
 		 382 aa  125  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  30.62 
 
 		 382 aa  124  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1690  extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 		 382 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.783096  normal  0.235233 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  24.72 
 
 		 386 aa  119  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  29.86 
 
 		 411 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  30.42 
 
 		 411 aa  116  5e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  28.2 
 
 		 408 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  28.44 
 
 		 388 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1020  twin-arginine translocation pathway signal  25.71 
 
 		 383 aa  112  9e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0436  Extracellular ligand-binding receptor  26.33 
 
 		 379 aa  110  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  29.34 
 
 		 472 aa  109  6e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0299  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 		 378 aa  109  8.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  26.97 
 
 		 480 aa  107  3e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1004  Extracellular ligand-binding receptor  23.85 
 
 		 416 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1033  extracellular ligand-binding receptor  24.39 
 
 		 416 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.344987  hitchhiker  0.000487812 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  29.49 
 
 		 517 aa  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  28.17 
 
 		 423 aa  103  5e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2660  extracellular ligand-binding receptor  25.7 
 
 		 379 aa  102  8e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.51037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  29.08 
 
 		 512 aa  102  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0550  extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 		 383 aa  101  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1725  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  27.49 
 
 		 393 aa  100  4e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0210  Extracellular ligand-binding receptor  25.12 
 
 		 592 aa  100  4e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.019468 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0549  extracellular ligand-binding receptor  24.3 
 
 		 384 aa  99.4  9e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0807314 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5732  extracellular ligand-binding receptor  21.69 
 
 		 403 aa  99.4  9e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588725 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  30.06 
 
 		 519 aa  99.4  9e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  26.48 
 
 		 386 aa  96.7  6e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0953  extracellular ligand-binding receptor  28.06 
 
 		 426 aa  95.5  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  28.3 
 
 		 497 aa  92.4  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3147  hypothetical protein  25.68 
 
 		 382 aa  90.9  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.303514 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2845  extracellular ligand-binding receptor  24.23 
 
 		 388 aa  90.9  3e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2334  Extracellular ligand-binding receptor  24.23 
 
 		 388 aa  90.9  3e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.10397  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0065  Extracellular ligand-binding receptor  23.12 
 
 		 385 aa  90.9  4e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0045  extracellular ligand-binding receptor  23.12 
 
 		 385 aa  90.1  5e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.406138  normal  0.264074 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1126  extracellular ligand-binding receptor  25.74 
 
 		 372 aa  90.1  6e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.293075 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21341  hypothetical protein  24.84 
 
 		 342 aa  89  1e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.551591 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  29.19 
 
 		 496 aa  88.6  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  22.99 
 
 		 386 aa  87.8  3e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 		 403 aa  86.7  6e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  23.6 
 
 		 425 aa  86.3  9e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  24.62 
 
 		 380 aa  82.8  0.000000000000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  27.19 
 
 		 539 aa  77  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0358  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 		 386 aa  74.3  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00342329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  22.31 
 
 		 392 aa  71.6  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3285  putative Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  26.5 
 
 		 365 aa  70.9  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.475932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  24.59 
 
 		 386 aa  69.3  0.0000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  21.41 
 
 		 407 aa  68.9  0.0000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  22.64 
 
 		 389 aa  68.6  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>