More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4704 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4704  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 371 aa  745    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4703  Extracellular ligand-binding receptor  67.24 
 
 		 368 aa  495  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  55.91 
 
 		 370 aa  427  1e-118  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  57.41 
 
 		 370 aa  424  1e-117  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  57.14 
 
 		 370 aa  422  1e-117  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  56.87 
 
 		 367 aa  415  9.999999999999999e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  55.95 
 
 		 377 aa  411  1e-114  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  56.22 
 
 		 377 aa  412  1e-114  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3030  Extracellular ligand-binding receptor  54.3 
 
 		 374 aa  410  1e-113  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.394704  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3749  extracellular ligand-binding receptor  54.3 
 
 		 374 aa  410  1e-113  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.314564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  56.82 
 
 		 373 aa  404  1e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  55.01 
 
 		 368 aa  401  1e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  47.8 
 
 		 379 aa  310  4e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  46.43 
 
 		 378 aa  306  4.0000000000000004e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  35.47 
 
 		 385 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  35.61 
 
 		 385 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1879  putative amino acids-binding transmembrane protein  36.95 
 
 		 383 aa  222  9e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.399388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2080  Extracellular ligand-binding receptor  39 
 
 		 383 aa  218  1e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  34.86 
 
 		 385 aa  211  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  35.28 
 
 		 377 aa  209  8e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1040  Extracellular ligand-binding receptor  36.66 
 
 		 382 aa  207  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.098407 
 
 
-
 
NC_003296  RS03096  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  32.98 
 
 		 386 aa  207  3e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  34.68 
 
 		 398 aa  202  8e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  34.44 
 
 		 377 aa  200  3e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  34.09 
 
 		 382 aa  196  6e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0768  extracellular ligand-binding receptor  35.26 
 
 		 380 aa  195  1e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  35.36 
 
 		 378 aa  195  1e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  34.78 
 
 		 375 aa  193  5e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5732  extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 		 403 aa  192  8e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588725 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  34.2 
 
 		 392 aa  192  9e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0335  Extracellular ligand-binding receptor  33.52 
 
 		 374 aa  192  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  34.58 
 
 		 395 aa  191  2e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  35.51 
 
 		 382 aa  189  5e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  34.67 
 
 		 382 aa  181  1e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  34.67 
 
 		 382 aa  181  2e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 		 423 aa  176  6e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  31.22 
 
 		 408 aa  170  4e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  32.66 
 
 		 385 aa  167  2.9999999999999998e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  30.69 
 
 		 411 aa  166  4e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  32.69 
 
 		 480 aa  166  5.9999999999999996e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  31.44 
 
 		 472 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  30.88 
 
 		 411 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 		 386 aa  162  8.000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3061  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  33.33 
 
 		 388 aa  162  9e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664691  normal  0.158134 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  31.65 
 
 		 384 aa  160  3e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0549  extracellular ligand-binding receptor  31.01 
 
 		 384 aa  157  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0807314 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0436  Extracellular ligand-binding receptor  30.97 
 
 		 379 aa  157  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0550  extracellular ligand-binding receptor  30.23 
 
 		 383 aa  157  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  31.53 
 
 		 386 aa  157  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0045  extracellular ligand-binding receptor  30.45 
 
 		 385 aa  157  4e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.406138  normal  0.264074 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2993  Extracellular ligand-binding receptor  34.1 
 
 		 363 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0065  Extracellular ligand-binding receptor  30.17 
 
 		 385 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3340  Extracellular ligand-binding receptor  33.81 
 
 		 394 aa  153  5e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.157564  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2765  extracellular ligand-binding receptor  32.27 
 
 		 408 aa  152  8.999999999999999e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.094864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4031  extracellular ligand-binding receptor  31.41 
 
 		 381 aa  146  5e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.2083 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0299  extracellular ligand-binding receptor  30.73 
 
 		 378 aa  145  9e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0789  extracellular ligand-binding receptor  29.86 
 
 		 383 aa  145  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394286  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4388  extracellular ligand-binding receptor  32.08 
 
 		 372 aa  144  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.861875 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1020  twin-arginine translocation pathway signal  30.14 
 
 		 383 aa  143  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 		 386 aa  139  7e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  26.79 
 
 		 425 aa  139  8.999999999999999e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2392  extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 		 380 aa  137  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4409  extracellular ligand-binding receptor  30.22 
 
 		 383 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1690  extracellular ligand-binding receptor  32.7 
 
 		 382 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.783096  normal  0.235233 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21341  hypothetical protein  29.32 
 
 		 342 aa  136  7.000000000000001e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.551591 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0953  extracellular ligand-binding receptor  30.06 
 
 		 426 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2845  extracellular ligand-binding receptor  30.89 
 
 		 388 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2334  Extracellular ligand-binding receptor  30.89 
 
 		 388 aa  133  3.9999999999999996e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.10397  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0681  extracellular ligand-binding receptor  29.69 
 
 		 382 aa  132  9e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.35117  normal  0.336917 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1004  Extracellular ligand-binding receptor  28.15 
 
 		 416 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1033  extracellular ligand-binding receptor  28.15 
 
 		 416 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.344987  hitchhiker  0.000487812 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1725  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  30.45 
 
 		 393 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0364  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  30.87 
 
 		 390 aa  128  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.194587 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1617  extracellular ligand-binding receptor  31.69 
 
 		 384 aa  128  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4371  extracellular ligand-binding receptor  31.3 
 
 		 391 aa  128  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26.96 
 
 		 517 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  27.79 
 
 		 497 aa  124  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  26.85 
 
 		 388 aa  122  9e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  26.7 
 
 		 386 aa  121  1.9999999999999998e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 		 389 aa  120  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  26.51 
 
 		 387 aa  120  4.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 		 386 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0210  Extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 		 592 aa  116  5e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.019468 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  26.18 
 
 		 539 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1014  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.46 
 
 		 370 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0676014 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  26.63 
 
 		 387 aa  115  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1431  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.13 
 
 		 380 aa  113  5e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.21554 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  27.49 
 
 		 496 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  27.82 
 
 		 388 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 		 392 aa  110  5e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26.69 
 
 		 512 aa  107  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0707  extracellular ligand-binding receptor  25.43 
 
 		 382 aa  106  8e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142871  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3128  Extracellular ligand-binding receptor  29.44 
 
 		 387 aa  106  8e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151168  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26.9 
 
 		 519 aa  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  28.01 
 
 		 403 aa  102  1e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.45 
 
 		 425 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 436 aa  101  3e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1661  hypothetical protein  30.13 
 
 		 430 aa  99.8  6e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.429909  normal  0.749387 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  27.79 
 
 		 415 aa  99.8  7e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 		 381 aa  99.4  9e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>