More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3606 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 395 aa  810    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0768  extracellular ligand-binding receptor  43.22 
 
 		 380 aa  276  6e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  39.26 
 
 		 385 aa  258  2e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  39.26 
 
 		 385 aa  258  2e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  38.01 
 
 		 377 aa  256  4e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  39.68 
 
 		 385 aa  254  1.0000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0335  Extracellular ligand-binding receptor  40.23 
 
 		 374 aa  249  7e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  37.4 
 
 		 382 aa  247  2e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  40.8 
 
 		 378 aa  246  4.9999999999999997e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  38.62 
 
 		 377 aa  245  9e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  37.32 
 
 		 398 aa  236  5.0000000000000005e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  37.05 
 
 		 385 aa  234  3e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  35.99 
 
 		 379 aa  229  6e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5732  extracellular ligand-binding receptor  35.34 
 
 		 403 aa  228  1e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588725 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0045  extracellular ligand-binding receptor  36.46 
 
 		 385 aa  227  3e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.406138  normal  0.264074 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  35.66 
 
 		 378 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03096  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  35.53 
 
 		 386 aa  223  3e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  36 
 
 		 392 aa  224  3e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0065  Extracellular ligand-binding receptor  35.91 
 
 		 385 aa  222  8e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  37.82 
 
 		 373 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  35.39 
 
 		 368 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  37.43 
 
 		 375 aa  220  3e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  36.34 
 
 		 382 aa  219  6e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  38.96 
 
 		 382 aa  217  2.9999999999999998e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  38.96 
 
 		 382 aa  216  5e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  33.82 
 
 		 370 aa  211  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3030  Extracellular ligand-binding receptor  34.77 
 
 		 374 aa  208  1e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.394704  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3749  extracellular ligand-binding receptor  34.77 
 
 		 374 aa  208  1e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.314564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0550  extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 		 383 aa  207  2e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 		 370 aa  206  6e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3340  Extracellular ligand-binding receptor  36.06 
 
 		 394 aa  206  8e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.157564  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  32.95 
 
 		 370 aa  205  1e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2993  Extracellular ligand-binding receptor  36.06 
 
 		 363 aa  205  1e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3061  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  35.49 
 
 		 388 aa  202  9.999999999999999e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664691  normal  0.158134 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0549  extracellular ligand-binding receptor  31.28 
 
 		 384 aa  202  9.999999999999999e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0807314 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  32.77 
 
 		 367 aa  202  9.999999999999999e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  32.67 
 
 		 386 aa  197  3e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4703  Extracellular ligand-binding receptor  34.1 
 
 		 368 aa  196  7e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4704  Extracellular ligand-binding receptor  34.58 
 
 		 371 aa  195  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  34.39 
 
 		 377 aa  194  2e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  34.39 
 
 		 377 aa  194  2e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2080  Extracellular ligand-binding receptor  34.27 
 
 		 383 aa  192  8e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  32.7 
 
 		 384 aa  191  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1879  putative amino acids-binding transmembrane protein  33.05 
 
 		 383 aa  183  5.0000000000000004e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.399388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  34.31 
 
 		 386 aa  181  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  31.12 
 
 		 386 aa  180  4e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0436  Extracellular ligand-binding receptor  32.66 
 
 		 379 aa  179  5.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2334  Extracellular ligand-binding receptor  31.22 
 
 		 388 aa  177  2e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.10397  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2845  extracellular ligand-binding receptor  31.22 
 
 		 388 aa  177  2e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0789  extracellular ligand-binding receptor  30.97 
 
 		 383 aa  176  5e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394286  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  34.27 
 
 		 411 aa  176  5e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1020  twin-arginine translocation pathway signal  34.42 
 
 		 383 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  33.96 
 
 		 411 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  34.42 
 
 		 472 aa  172  7.999999999999999e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1040  Extracellular ligand-binding receptor  32.86 
 
 		 382 aa  170  3e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.098407 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21341  hypothetical protein  32.17 
 
 		 342 aa  170  5e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.551591 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  32.39 
 
 		 480 aa  169  8e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0681  extracellular ligand-binding receptor  31.94 
 
 		 382 aa  167  2.9999999999999998e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.35117  normal  0.336917 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  30.86 
 
 		 386 aa  159  6e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4031  extracellular ligand-binding receptor  31.79 
 
 		 381 aa  158  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.2083 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  33.13 
 
 		 423 aa  157  2e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  32.1 
 
 		 408 aa  157  3e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1690  extracellular ligand-binding receptor  33.53 
 
 		 382 aa  156  6e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.783096  normal  0.235233 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0707  extracellular ligand-binding receptor  29.63 
 
 		 382 aa  155  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2765  extracellular ligand-binding receptor  29.94 
 
 		 408 aa  149  9e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.094864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  28.11 
 
 		 388 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0953  extracellular ligand-binding receptor  32.75 
 
 		 426 aa  147  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  27.93 
 
 		 380 aa  146  5e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3128  Extracellular ligand-binding receptor  30.31 
 
 		 387 aa  146  7.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151168  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  29.38 
 
 		 425 aa  143  5e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1617  extracellular ligand-binding receptor  31.76 
 
 		 384 aa  143  6e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1725  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  29.45 
 
 		 393 aa  142  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0299  extracellular ligand-binding receptor  30.09 
 
 		 378 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2392  extracellular ligand-binding receptor  27.89 
 
 		 380 aa  140  4.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4388  extracellular ligand-binding receptor  26.88 
 
 		 372 aa  139  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.861875 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  29.49 
 
 		 517 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0210  Extracellular ligand-binding receptor  28.26 
 
 		 592 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.019468 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  28.25 
 
 		 386 aa  128  2.0000000000000002e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  28.67 
 
 		 403 aa  126  7e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4409  extracellular ligand-binding receptor  25.42 
 
 		 383 aa  126  8.000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4371  extracellular ligand-binding receptor  26.05 
 
 		 391 aa  124  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1004  Extracellular ligand-binding receptor  27.43 
 
 		 416 aa  123  5e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1033  extracellular ligand-binding receptor  27.14 
 
 		 416 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.344987  hitchhiker  0.000487812 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  29.81 
 
 		 512 aa  122  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  29.33 
 
 		 496 aa  119  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1661  hypothetical protein  32.74 
 
 		 430 aa  116  5e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.429909  normal  0.749387 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  30.67 
 
 		 519 aa  114  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  28.35 
 
 		 539 aa  113  8.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  27.54 
 
 		 398 aa  112  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.76 
 
 		 425 aa  107  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1014  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  24.79 
 
 		 370 aa  107  5e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0676014 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1126  extracellular ligand-binding receptor  26.71 
 
 		 372 aa  103  4e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.293075 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2660  extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 		 379 aa  102  1e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.51037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  25.21 
 
 		 497 aa  101  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1431  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.5 
 
 		 380 aa  100  6e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.21554 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  24.92 
 
 		 441 aa  97.8  3e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0364  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  23.99 
 
 		 390 aa  97.1  5e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.194587 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  26.23 
 
 		 406 aa  94  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  23.6 
 
 		 394 aa  92.8  9e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  27.2 
 
 		 406 aa  92.4  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>