183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1126 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1126  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 372 aa  732    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.293075 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0436  Extracellular ligand-binding receptor  35.96 
 
 		 379 aa  232  8.000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  31.36 
 
 		 382 aa  157  3e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  32.02 
 
 		 377 aa  155  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  27.89 
 
 		 377 aa  153  5e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  29.35 
 
 		 382 aa  143  5e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  28.76 
 
 		 385 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  28.76 
 
 		 385 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  29.83 
 
 		 398 aa  139  8.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  31.15 
 
 		 375 aa  139  8.999999999999999e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 		 392 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  29.7 
 
 		 385 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03096  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  26.81 
 
 		 386 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  26.9 
 
 		 368 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0768  extracellular ligand-binding receptor  30.46 
 
 		 380 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  26.56 
 
 		 378 aa  113  6e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  28.14 
 
 		 370 aa  112  8.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  26.38 
 
 		 379 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0549  extracellular ligand-binding receptor  29.66 
 
 		 384 aa  109  7.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0807314 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  31.99 
 
 		 382 aa  108  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  32.53 
 
 		 382 aa  108  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0550  extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 		 383 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  29.55 
 
 		 378 aa  105  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1879  putative amino acids-binding transmembrane protein  27.6 
 
 		 383 aa  104  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.399388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  25.15 
 
 		 386 aa  104  3e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  26.71 
 
 		 395 aa  101  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3061  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.73 
 
 		 388 aa  100  3e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664691  normal  0.158134 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  29.85 
 
 		 386 aa  100  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3340  Extracellular ligand-binding receptor  28.73 
 
 		 394 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.157564  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0335  Extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 		 374 aa  100  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 		 373 aa  100  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2392  extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 		 380 aa  99.8  7e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 		 367 aa  99.4  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2993  Extracellular ligand-binding receptor  28.73 
 
 		 363 aa  99.4  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 		 385 aa  97.4  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  26.63 
 
 		 370 aa  97.1  5e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1020  twin-arginine translocation pathway signal  28.53 
 
 		 383 aa  95.5  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 		 370 aa  95.9  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2765  extracellular ligand-binding receptor  27.68 
 
 		 408 aa  95.1  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.094864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2080  Extracellular ligand-binding receptor  27.17 
 
 		 383 aa  94.7  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1431  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.52 
 
 		 380 aa  95.1  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.21554 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4388  extracellular ligand-binding receptor  25.74 
 
 		 372 aa  95.1  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.861875 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3030  Extracellular ligand-binding receptor  26.02 
 
 		 374 aa  93.6  5e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.394704  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5732  extracellular ligand-binding receptor  27.54 
 
 		 403 aa  93.2  6e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588725 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0789  extracellular ligand-binding receptor  26.46 
 
 		 383 aa  93.6  6e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394286  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  25.78 
 
 		 384 aa  93.2  6e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3749  extracellular ligand-binding receptor  26.02 
 
 		 374 aa  93.2  6e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.314564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0065  Extracellular ligand-binding receptor  27.84 
 
 		 385 aa  93.2  7e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  28.76 
 
 		 472 aa  92.8  9e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21341  hypothetical protein  26.17 
 
 		 342 aa  92.4  1e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.551591 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0364  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.19 
 
 		 390 aa  92  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.194587 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0045  extracellular ligand-binding receptor  27.33 
 
 		 385 aa  90.9  3e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.406138  normal  0.264074 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3128  Extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 		 387 aa  90.5  4e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151168  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  25.08 
 
 		 388 aa  90.5  4e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4371  extracellular ligand-binding receptor  24.46 
 
 		 391 aa  90.1  5e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  27.58 
 
 		 386 aa  90.1  5e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4409  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 383 aa  90.1  6e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1690  extracellular ligand-binding receptor  25.55 
 
 		 382 aa  87.4  3e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.783096  normal  0.235233 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0707  extracellular ligand-binding receptor  26.03 
 
 		 382 aa  86.7  6e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142871  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4703  Extracellular ligand-binding receptor  28.77 
 
 		 368 aa  86.3  7e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  24.08 
 
 		 408 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4704  Extracellular ligand-binding receptor  26.1 
 
 		 371 aa  85.5  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1040  Extracellular ligand-binding receptor  26.23 
 
 		 382 aa  85.9  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.098407 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1014  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  25.68 
 
 		 370 aa  85.9  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0676014 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2334  Extracellular ligand-binding receptor  27.51 
 
 		 388 aa  84.3  0.000000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.10397  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2845  extracellular ligand-binding receptor  27.51 
 
 		 388 aa  84.3  0.000000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4031  extracellular ligand-binding receptor  26.97 
 
 		 381 aa  84  0.000000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.2083 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  29.62 
 
 		 480 aa  83.6  0.000000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  28.53 
 
 		 496 aa  83.2  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  25.47 
 
 		 377 aa  82.8  0.000000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0681  extracellular ligand-binding receptor  24.79 
 
 		 382 aa  82.4  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.35117  normal  0.336917 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 377 aa  82  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1617  extracellular ligand-binding receptor  29.32 
 
 		 384 aa  76.6  0.0000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  21.12 
 
 		 380 aa  74.7  0.000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  22.39 
 
 		 386 aa  74.3  0.000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  28.93 
 
 		 512 aa  73.2  0.000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  26.57 
 
 		 423 aa  72.8  0.000000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  25.99 
 
 		 411 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26.65 
 
 		 519 aa  70.5  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  22.87 
 
 		 403 aa  68.9  0.0000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0299  extracellular ligand-binding receptor  24.04 
 
 		 378 aa  69.3  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 		 411 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  27.12 
 
 		 539 aa  68.6  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26 
 
 		 517 aa  68.2  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3484  putative Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  25.41 
 
 		 362 aa  65.5  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.705117  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3157  Extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 		 362 aa  63.9  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.31 
 
 		 380 aa  63.9  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2660  extracellular ligand-binding receptor  24.45 
 
 		 379 aa  62.4  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.51037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  19.21 
 
 		 386 aa  60.5  0.00000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  22.9 
 
 		 394 aa  60.1  0.00000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  22.35 
 
 		 415 aa  59.3  0.00000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.68 
 
 		 425 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  23.15 
 
 		 382 aa  58.5  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0360  extracellular ligand-binding receptor  28.3 
 
 		 381 aa  58.2  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.86 
 
 		 378 aa  56.6  0.0000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  23.74 
 
 		 379 aa  56.6  0.0000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3285  putative Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  26.72 
 
 		 365 aa  55.8  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.475932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  25.74 
 
 		 497 aa  55.5  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  29.56 
 
 		 432 aa  55.5  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  27.01 
 
 		 380 aa  55.8  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>