226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1014 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_1014  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  100 
 
 		 370 aa  736    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0676014 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1431  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  71.71 
 
 		 380 aa  484  1e-135  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.21554 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4388  extracellular ligand-binding receptor  59.72 
 
 		 372 aa  440  9.999999999999999e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.861875 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4409  extracellular ligand-binding receptor  58.13 
 
 		 383 aa  419  1e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4371  extracellular ligand-binding receptor  55.46 
 
 		 391 aa  392  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0364  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  53.52 
 
 		 390 aa  374  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.194587 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2392  extracellular ligand-binding receptor  46.46 
 
 		 380 aa  301  2e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  35.41 
 
 		 375 aa  190  4e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3061  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  32.78 
 
 		 388 aa  179  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664691  normal  0.158134 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2993  Extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 		 363 aa  176  4e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3340  Extracellular ligand-binding receptor  32.95 
 
 		 394 aa  176  5e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.157564  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  32.42 
 
 		 377 aa  164  3e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 		 382 aa  158  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2765  extracellular ligand-binding receptor  28.45 
 
 		 408 aa  149  6e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.094864  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0335  Extracellular ligand-binding receptor  31.22 
 
 		 374 aa  149  8e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03096  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  31.58 
 
 		 386 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  29.55 
 
 		 377 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  32.79 
 
 		 370 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  32.52 
 
 		 370 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  30.31 
 
 		 385 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  30.31 
 
 		 385 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2080  Extracellular ligand-binding receptor  32.29 
 
 		 383 aa  143  5e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0768  extracellular ligand-binding receptor  29.71 
 
 		 380 aa  140  4.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  27.93 
 
 		 382 aa  138  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  29.89 
 
 		 379 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  30.63 
 
 		 377 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  30.63 
 
 		 377 aa  137  4e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  30.08 
 
 		 386 aa  136  7.000000000000001e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  29.86 
 
 		 378 aa  134  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  29.56 
 
 		 392 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 		 398 aa  132  6e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  30.69 
 
 		 370 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  30.03 
 
 		 384 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3030  Extracellular ligand-binding receptor  30.89 
 
 		 374 aa  130  3e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.394704  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3749  extracellular ligand-binding receptor  30.89 
 
 		 374 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.314564  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  27.93 
 
 		 385 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  29.3 
 
 		 378 aa  128  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3128  Extracellular ligand-binding receptor  30.42 
 
 		 387 aa  127  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151168  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4703  Extracellular ligand-binding receptor  30.34 
 
 		 368 aa  125  8.000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  28.45 
 
 		 385 aa  125  9e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4704  Extracellular ligand-binding receptor  29.49 
 
 		 371 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1040  Extracellular ligand-binding receptor  28.1 
 
 		 382 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.098407 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  30.79 
 
 		 367 aa  125  1e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  31.38 
 
 		 368 aa  124  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  31.91 
 
 		 382 aa  125  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  31.65 
 
 		 382 aa  124  3e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  30.75 
 
 		 373 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1879  putative amino acids-binding transmembrane protein  28.74 
 
 		 383 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.399388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4031  extracellular ligand-binding receptor  27.35 
 
 		 381 aa  116  5e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.2083 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0681  extracellular ligand-binding receptor  28.25 
 
 		 382 aa  116  6e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.35117  normal  0.336917 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0707  extracellular ligand-binding receptor  30.25 
 
 		 382 aa  116  6.9999999999999995e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0789  extracellular ligand-binding receptor  27.08 
 
 		 383 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394286  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1690  extracellular ligand-binding receptor  25.85 
 
 		 382 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.783096  normal  0.235233 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 		 395 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0299  extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 		 378 aa  110  4.0000000000000004e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0436  Extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 		 379 aa  106  6e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1617  extracellular ligand-binding receptor  25.47 
 
 		 384 aa  104  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  23.81 
 
 		 386 aa  104  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1126  extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 		 372 aa  103  4e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.293075 
 
 
-
 
NC_003296  RS00418  hypothetical protein  27.45 
 
 		 380 aa  103  5e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.303098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  27.82 
 
 		 517 aa  102  8e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  26.33 
 
 		 386 aa  100  4e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1020  twin-arginine translocation pathway signal  24.65 
 
 		 383 aa  99  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  29.33 
 
 		 496 aa  97.1  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  26.78 
 
 		 472 aa  93.6  6e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0549  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 		 384 aa  92.8  9e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0807314 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  25.93 
 
 		 408 aa  91.3  2e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  27.07 
 
 		 423 aa  91.7  2e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0953  extracellular ligand-binding receptor  28.38 
 
 		 426 aa  90.1  5e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5732  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 		 403 aa  90.1  6e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588725 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1725  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  28.31 
 
 		 393 aa  88.6  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0045  extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 		 385 aa  89  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.406138  normal  0.264074 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0065  Extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 		 385 aa  88.6  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0550  extracellular ligand-binding receptor  25.63 
 
 		 383 aa  88.2  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  26.81 
 
 		 480 aa  87  4e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26.24 
 
 		 512 aa  85.5  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2334  Extracellular ligand-binding receptor  27.4 
 
 		 388 aa  85.1  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.10397  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2845  extracellular ligand-binding receptor  27.4 
 
 		 388 aa  84.7  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  24.56 
 
 		 386 aa  83.2  0.000000000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  25.62 
 
 		 388 aa  83.2  0.000000000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  26.02 
 
 		 539 aa  83.2  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  25.99 
 
 		 411 aa  82.8  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 		 411 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21341  hypothetical protein  25.08 
 
 		 342 aa  80.1  0.00000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.551591 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  27.25 
 
 		 497 aa  79  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2660  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 		 379 aa  76.3  0.0000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.51037  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3285  putative Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  26.88 
 
 		 365 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.475932  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3147  hypothetical protein  25.07 
 
 		 382 aa  75.1  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.303514 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0210  Extracellular ligand-binding receptor  23.53 
 
 		 592 aa  74.7  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.019468 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  25.88 
 
 		 519 aa  72.8  0.000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  23.62 
 
 		 403 aa  69.3  0.0000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  22.55 
 
 		 425 aa  68.2  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2031  twin-arginine translocation pathway signal  23.08 
 
 		 382 aa  68.2  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.229724  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  22.92 
 
 		 380 aa  67.8  0.0000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3157  Extracellular ligand-binding receptor  24.79 
 
 		 362 aa  66.2  0.0000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1661  hypothetical protein  30.52 
 
 		 430 aa  66.2  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.429909  normal  0.749387 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3484  putative Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  24.52 
 
 		 362 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.705117  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  22.71 
 
 		 392 aa  62.4  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  23.73 
 
 		 387 aa  62.4  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  22.7 
 
 		 387 aa  60.1  0.00000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>