More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0963 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  100 
 
 		 517 aa  1041    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  60.69 
 
 		 496 aa  630  1e-179  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  63.23 
 
 		 519 aa  627  1e-178  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  62.2 
 
 		 512 aa  625  1e-178  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  57.43 
 
 		 539 aa  597  1e-169  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  56.63 
 
 		 497 aa  471  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0953  extracellular ligand-binding receptor  43.06 
 
 		 426 aa  269  1e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1725  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  41.03 
 
 		 393 aa  261  2e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  37.16 
 
 		 398 aa  209  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  38.84 
 
 		 377 aa  206  1e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 		 408 aa  197  5.000000000000001e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  36.14 
 
 		 423 aa  194  3e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  36.54 
 
 		 385 aa  192  2e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  36.54 
 
 		 385 aa  191  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  34.71 
 
 		 480 aa  190  5.999999999999999e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  34.69 
 
 		 386 aa  190  5.999999999999999e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  35.07 
 
 		 472 aa  189  1e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  36.01 
 
 		 382 aa  187  3e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  36.24 
 
 		 385 aa  182  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  35.07 
 
 		 392 aa  181  4e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  33.89 
 
 		 377 aa  179  9e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0335  Extracellular ligand-binding receptor  36.15 
 
 		 374 aa  174  3.9999999999999995e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0768  extracellular ligand-binding receptor  34.96 
 
 		 380 aa  167  5e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  34.01 
 
 		 375 aa  167  5e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  32.62 
 
 		 388 aa  165  2.0000000000000002e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  30.06 
 
 		 380 aa  164  4.0000000000000004e-39  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  31.64 
 
 		 386 aa  164  4.0000000000000004e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1033  extracellular ligand-binding receptor  31.47 
 
 		 416 aa  163  8.000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.344987  hitchhiker  0.000487812 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1004  Extracellular ligand-binding receptor  31.47 
 
 		 416 aa  163  9e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  34.73 
 
 		 378 aa  159  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  32.96 
 
 		 411 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  32.68 
 
 		 411 aa  156  7e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  30.35 
 
 		 382 aa  156  9e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03096  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  32.51 
 
 		 386 aa  155  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  34.73 
 
 		 385 aa  155  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  29.22 
 
 		 425 aa  155  2e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  31.47 
 
 		 378 aa  153  8.999999999999999e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  29.83 
 
 		 379 aa  150  5e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  31.79 
 
 		 386 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  33.69 
 
 		 382 aa  144  3e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  33.69 
 
 		 382 aa  144  3e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0358  extracellular ligand-binding receptor  27.74 
 
 		 386 aa  143  7e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00342329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  32.11 
 
 		 384 aa  142  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.45 
 
 		 425 aa  140  7.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0789  extracellular ligand-binding receptor  31.55 
 
 		 383 aa  137  5e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394286  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0210  Extracellular ligand-binding receptor  30.8 
 
 		 592 aa  134  3e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.019468 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  29.49 
 
 		 395 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  28.28 
 
 		 377 aa  130  7.000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  28.28 
 
 		 377 aa  129  9.000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  27.76 
 
 		 415 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21341  hypothetical protein  29.21 
 
 		 342 aa  128  3e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.551591 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  30.86 
 
 		 386 aa  126  9e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  29.74 
 
 		 373 aa  125  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4704  Extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 		 371 aa  125  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2080  Extracellular ligand-binding receptor  30.4 
 
 		 383 aa  124  6e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3340  Extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 		 394 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.157564  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  28.78 
 
 		 387 aa  121  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 		 368 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2993  Extracellular ligand-binding receptor  28.93 
 
 		 363 aa  120  7e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 		 386 aa  119  9.999999999999999e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1040  Extracellular ligand-binding receptor  28.77 
 
 		 382 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.098407 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1879  putative amino acids-binding transmembrane protein  29.16 
 
 		 383 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.399388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0681  extracellular ligand-binding receptor  29.76 
 
 		 382 aa  118  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.35117  normal  0.336917 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  26.01 
 
 		 367 aa  118  3e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  28.19 
 
 		 387 aa  117  3.9999999999999997e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5732  extracellular ligand-binding receptor  29.31 
 
 		 403 aa  117  6.9999999999999995e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588725 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  25.83 
 
 		 392 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0550  extracellular ligand-binding receptor  31.18 
 
 		 383 aa  115  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3061  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.07 
 
 		 388 aa  114  5e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664691  normal  0.158134 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  25.75 
 
 		 389 aa  114  5e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3030  Extracellular ligand-binding receptor  29.06 
 
 		 374 aa  113  8.000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.394704  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  29.55 
 
 		 410 aa  113  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  25.8 
 
 		 370 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  24.36 
 
 		 398 aa  111  3e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4409  extracellular ligand-binding receptor  26.54 
 
 		 383 aa  111  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3749  extracellular ligand-binding receptor  28.77 
 
 		 374 aa  111  4.0000000000000004e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.314564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0045  extracellular ligand-binding receptor  29.35 
 
 		 385 aa  110  6e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.406138  normal  0.264074 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  27.72 
 
 		 403 aa  110  8.000000000000001e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  26.21 
 
 		 370 aa  109  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0065  Extracellular ligand-binding receptor  29.54 
 
 		 385 aa  109  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4371  extracellular ligand-binding receptor  26.83 
 
 		 391 aa  109  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  29.65 
 
 		 410 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  25.93 
 
 		 370 aa  108  3e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4703  Extracellular ligand-binding receptor  26.53 
 
 		 368 aa  106  9e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0549  extracellular ligand-binding receptor  27.55 
 
 		 384 aa  106  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0807314 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0299  extracellular ligand-binding receptor  27.07 
 
 		 378 aa  105  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4031  extracellular ligand-binding receptor  28.99 
 
 		 381 aa  104  4e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.2083 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  28.41 
 
 		 410 aa  103  8e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 		 401 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  27.61 
 
 		 409 aa  101  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  27.88 
 
 		 407 aa  101  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  26.81 
 
 		 388 aa  101  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4388  extracellular ligand-binding receptor  28.74 
 
 		 372 aa  101  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.861875 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  27.91 
 
 		 409 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1661  hypothetical protein  32.34 
 
 		 430 aa  100  6e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.429909  normal  0.749387 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  27.84 
 
 		 406 aa  99.4  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2845  extracellular ligand-binding receptor  27.93 
 
 		 388 aa  99  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1452  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  24.74 
 
 		 458 aa  98.6  2e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.691281  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2334  Extracellular ligand-binding receptor  27.93 
 
 		 388 aa  99  2e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.10397  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  28.23 
 
 		 406 aa  98.6  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>