More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2993 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_3340  Extracellular ligand-binding receptor  98.62 
 
 		 394 aa  715    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.157564  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2993  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 363 aa  719    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3061  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  82.92 
 
 		 388 aa  612  9.999999999999999e-175  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664691  normal  0.158134 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  40.11 
 
 		 375 aa  256  6e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  37.43 
 
 		 377 aa  219  6e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4388  extracellular ligand-binding receptor  35.44 
 
 		 372 aa  202  7e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.861875 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  36.26 
 
 		 395 aa  197  3e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  34.75 
 
 		 398 aa  195  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4371  extracellular ligand-binding receptor  36.91 
 
 		 391 aa  193  5e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4409  extracellular ligand-binding receptor  34.32 
 
 		 383 aa  186  4e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  35.01 
 
 		 392 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3749  extracellular ligand-binding receptor  34.46 
 
 		 374 aa  179  5.999999999999999e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.314564  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  33.42 
 
 		 385 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3030  Extracellular ligand-binding receptor  34.18 
 
 		 374 aa  178  1e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.394704  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  33.42 
 
 		 385 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  32.87 
 
 		 368 aa  178  1e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 		 382 aa  175  9e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  31.93 
 
 		 377 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  31.83 
 
 		 370 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2392  extracellular ligand-binding receptor  32.86 
 
 		 380 aa  172  7.999999999999999e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  32.43 
 
 		 379 aa  170  4e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  32.31 
 
 		 382 aa  169  5e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0768  extracellular ligand-binding receptor  35.33 
 
 		 380 aa  167  2.9999999999999998e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  32.22 
 
 		 373 aa  167  2.9999999999999998e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0364  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  34.17 
 
 		 390 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.194587 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5732  extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 		 403 aa  162  6e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588725 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1014  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  33.24 
 
 		 370 aa  162  6e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0676014 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1431  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  32.29 
 
 		 380 aa  162  9e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.21554 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  33.52 
 
 		 377 aa  160  2e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  33.52 
 
 		 377 aa  161  2e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  30.45 
 
 		 370 aa  157  3e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  31.71 
 
 		 378 aa  157  4e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  30.42 
 
 		 367 aa  156  4e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  30.45 
 
 		 370 aa  156  4e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03096  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  31.72 
 
 		 386 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4704  Extracellular ligand-binding receptor  34.19 
 
 		 371 aa  155  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  31.37 
 
 		 385 aa  152  8e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  34.27 
 
 		 385 aa  145  7.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00418  hypothetical protein  30.54 
 
 		 380 aa  144  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.303098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  33.52 
 
 		 378 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4703  Extracellular ligand-binding receptor  31.87 
 
 		 368 aa  143  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2765  extracellular ligand-binding receptor  28.94 
 
 		 408 aa  142  9e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.094864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  32.19 
 
 		 423 aa  142  9e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0045  extracellular ligand-binding receptor  31.11 
 
 		 385 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.406138  normal  0.264074 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  33.61 
 
 		 382 aa  140  3e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 		 472 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0335  Extracellular ligand-binding receptor  31.28 
 
 		 374 aa  139  7.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0065  Extracellular ligand-binding receptor  31.02 
 
 		 385 aa  138  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  33.06 
 
 		 382 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  29.81 
 
 		 425 aa  136  5e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2080  Extracellular ligand-binding receptor  30.81 
 
 		 383 aa  134  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0549  extracellular ligand-binding receptor  30.84 
 
 		 384 aa  133  3.9999999999999996e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0807314 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1040  Extracellular ligand-binding receptor  31.25 
 
 		 382 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.098407 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1020  twin-arginine translocation pathway signal  28.86 
 
 		 383 aa  132  7.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  31.25 
 
 		 386 aa  132  9e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  29.31 
 
 		 386 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  32.3 
 
 		 411 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1690  extracellular ligand-binding receptor  29.73 
 
 		 382 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.783096  normal  0.235233 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  31.99 
 
 		 411 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  29.3 
 
 		 384 aa  129  6e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1879  putative amino acids-binding transmembrane protein  29.05 
 
 		 383 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.399388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  32.07 
 
 		 480 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0550  extracellular ligand-binding receptor  28.9 
 
 		 383 aa  129  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3147  hypothetical protein  28.57 
 
 		 382 aa  126  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.303514 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  28.95 
 
 		 388 aa  125  2e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0789  extracellular ligand-binding receptor  31.09 
 
 		 383 aa  125  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394286  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  28.69 
 
 		 517 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0681  extracellular ligand-binding receptor  30.19 
 
 		 382 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.35117  normal  0.336917 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0707  extracellular ligand-binding receptor  28.69 
 
 		 382 aa  120  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  28.03 
 
 		 386 aa  119  7.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  28.45 
 
 		 408 aa  119  9e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0953  extracellular ligand-binding receptor  30.34 
 
 		 426 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  27.14 
 
 		 380 aa  117  5e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21341  hypothetical protein  26.99 
 
 		 342 aa  115  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.551591 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  27.47 
 
 		 386 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1004  Extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 		 416 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1033  extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 		 416 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.344987  hitchhiker  0.000487812 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2845  extracellular ligand-binding receptor  30.88 
 
 		 388 aa  113  5e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2334  Extracellular ligand-binding receptor  30.88 
 
 		 388 aa  113  5e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.10397  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1725  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  30.56 
 
 		 393 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1617  extracellular ligand-binding receptor  28.03 
 
 		 384 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3128  Extracellular ligand-binding receptor  30.59 
 
 		 387 aa  109  7.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151168  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4031  extracellular ligand-binding receptor  29.55 
 
 		 381 aa  108  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.2083 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0436  Extracellular ligand-binding receptor  28.69 
 
 		 379 aa  106  7e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0210  Extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 		 592 aa  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.019468 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0299  extracellular ligand-binding receptor  27.33 
 
 		 378 aa  105  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  26.63 
 
 		 395 aa  100  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.55 
 
 		 425 aa  100  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2660  extracellular ligand-binding receptor  28.37 
 
 		 379 aa  99.8  7e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.51037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  27.66 
 
 		 405 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1126  extracellular ligand-binding receptor  28.96 
 
 		 372 aa  97.8  3e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.293075 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  27.38 
 
 		 410 aa  97.1  4e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  27.42 
 
 		 398 aa  96.3  7e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  28.03 
 
 		 496 aa  95.5  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26.16 
 
 		 512 aa  93.2  6e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  27.76 
 
 		 497 aa  90.5  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  26.67 
 
 		 539 aa  90.1  5e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  25.51 
 
 		 519 aa  90.1  5e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  25.3 
 
 		 410 aa  89.4  9e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  28.91 
 
 		 435 aa  88.6  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>