More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1740 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 435 aa  889    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  85.17 
 
 		 418 aa  730    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4244  Extracellular ligand-binding receptor  82.71 
 
 		 411 aa  650    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  64.39 
 
 		 404 aa  540  9.999999999999999e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  63.64 
 
 		 409 aa  535  1e-151  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  62.72 
 
 		 409 aa  533  1e-150  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  63.05 
 
 		 409 aa  531  1e-150  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  59.36 
 
 		 409 aa  521  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  59.08 
 
 		 410 aa  518  1e-146  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  61.1 
 
 		 410 aa  519  1e-146  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.112312 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  62.27 
 
 		 407 aa  518  1e-146  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  59.79 
 
 		 410 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  60.47 
 
 		 411 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  59.95 
 
 		 411 aa  508  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  59.79 
 
 		 411 aa  511  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  58.53 
 
 		 411 aa  504  1e-141  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  58.04 
 
 		 407 aa  499  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0352  extracellular ligand-binding receptor  59.84 
 
 		 410 aa  494  9.999999999999999e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115416  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1842  hypothetical protein  56.25 
 
 		 405 aa  488  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  57.81 
 
 		 410 aa  485  1e-136  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  58.16 
 
 		 410 aa  480  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  55.15 
 
 		 406 aa  472  1e-132  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  52.8 
 
 		 415 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  55.1 
 
 		 395 aa  467  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  55.41 
 
 		 406 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0583  Extracellular ligand-binding receptor  54.35 
 
 		 406 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.981919  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4000  Extracellular ligand-binding receptor  54.35 
 
 		 403 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  53.85 
 
 		 405 aa  431  1e-119  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4823  extracellular ligand-binding receptor  53.11 
 
 		 437 aa  426  1e-118  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.615465 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  50.27 
 
 		 401 aa  418  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  51.52 
 
 		 407 aa  412  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4684  extracellular ligand-binding receptor  48.79 
 
 		 406 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  50.55 
 
 		 406 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  48.87 
 
 		 400 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  50.27 
 
 		 406 aa  388  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0801  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  46.19 
 
 		 409 aa  371  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.0350726 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3265  twin-arginine translocation pathway signal  45.19 
 
 		 407 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.125818  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  44.97 
 
 		 406 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  45.95 
 
 		 406 aa  364  2e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  46.77 
 
 		 406 aa  362  1e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  44.78 
 
 		 402 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  41.21 
 
 		 399 aa  327  2.0000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3633  Extracellular ligand-binding receptor  42.12 
 
 		 402 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  41.22 
 
 		 412 aa  306  3e-82  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4713  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  34.99 
 
 		 414 aa  201  1.9999999999999998e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.656767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  35.94 
 
 		 438 aa  198  2.0000000000000003e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  32.11 
 
 		 434 aa  186  7e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  33.52 
 
 		 441 aa  185  2.0000000000000003e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  32.39 
 
 		 436 aa  164  4.0000000000000004e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  28.7 
 
 		 415 aa  156  7e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  28.06 
 
 		 408 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 		 386 aa  117  6e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  29.7 
 
 		 423 aa  116  8.999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  27.67 
 
 		 403 aa  115  1.0000000000000001e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.81 
 
 		 425 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  28.7 
 
 		 480 aa  113  8.000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  26.6 
 
 		 472 aa  110  5e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  24.87 
 
 		 401 aa  106  9e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  29.52 
 
 		 407 aa  105  2e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  29.34 
 
 		 386 aa  105  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 		 378 aa  104  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  30.04 
 
 		 411 aa  103  5e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  28.34 
 
 		 411 aa  101  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  28.2 
 
 		 375 aa  100  4e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  28.31 
 
 		 368 aa  100  4e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  27.75 
 
 		 398 aa  100  6e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 		 425 aa  99.8  9e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  23.62 
 
 		 392 aa  99.4  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  30.33 
 
 		 384 aa  99  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 		 394 aa  98.6  2e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  28.07 
 
 		 385 aa  98.6  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  26.49 
 
 		 379 aa  98.6  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  26.59 
 
 		 382 aa  98.2  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  28.18 
 
 		 377 aa  97.8  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  28.07 
 
 		 385 aa  98.2  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  27.93 
 
 		 367 aa  98.2  3e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  27.19 
 
 		 377 aa  97.4  4e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  28.79 
 
 		 373 aa  97.4  4e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  27.19 
 
 		 377 aa  97.1  5e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  27.19 
 
 		 370 aa  93.2  8e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1004  Extracellular ligand-binding receptor  29.51 
 
 		 416 aa  93.2  9e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  26.51 
 
 		 370 aa  92  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  23.56 
 
 		 387 aa  92  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  26.51 
 
 		 370 aa  91.7  3e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1033  extracellular ligand-binding receptor  29.18 
 
 		 416 aa  91.3  3e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.344987  hitchhiker  0.000487812 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  24.8 
 
 		 377 aa  90.1  7e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  24.3 
 
 		 388 aa  90.1  7e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3340  Extracellular ligand-binding receptor  29.34 
 
 		 394 aa  89.7  9e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.157564  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  22.73 
 
 		 387 aa  89.4  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  21.89 
 
 		 386 aa  89.7  1e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  29.01 
 
 		 382 aa  88.2  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2993  Extracellular ligand-binding receptor  29.04 
 
 		 363 aa  88.6  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0479  extracellular ligand-binding receptor  26.4 
 
 		 390 aa  88.6  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  27.66 
 
 		 376 aa  87.4  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  21.31 
 
 		 380 aa  87  6e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  26.81 
 
 		 388 aa  87  6e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  22.68 
 
 		 389 aa  87  6e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  26.77 
 
 		 385 aa  85.9  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  26.6 
 
 		 379 aa  86.3  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  27.34 
 
 		 379 aa  86.3  0.000000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>