More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_1615 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 411 aa  816    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  96.35 
 
 		 411 aa  790    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  41.67 
 
 		 386 aa  277  3e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  40.59 
 
 		 398 aa  259  7e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  42.06 
 
 		 472 aa  258  2e-67  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  41.71 
 
 		 377 aa  257  3e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  41.24 
 
 		 385 aa  253  5.000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  41.24 
 
 		 385 aa  253  5.000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  39.39 
 
 		 408 aa  246  4e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  39.28 
 
 		 385 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  39.66 
 
 		 386 aa  242  1e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  42.05 
 
 		 423 aa  238  1e-61  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  38.61 
 
 		 480 aa  233  5e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  38.68 
 
 		 392 aa  227  3e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  37.6 
 
 		 382 aa  218  2e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  35.56 
 
 		 388 aa  216  5.9999999999999996e-55  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0335  Extracellular ligand-binding receptor  39.13 
 
 		 374 aa  216  8e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1725  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  39.22 
 
 		 393 aa  211  2e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  37.24 
 
 		 377 aa  209  9e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  38.48 
 
 		 375 aa  207  2e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  36.49 
 
 		 379 aa  206  4e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03096  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  34.65 
 
 		 386 aa  202  9.999999999999999e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0768  extracellular ligand-binding receptor  40 
 
 		 380 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0953  extracellular ligand-binding receptor  36.59 
 
 		 426 aa  199  7.999999999999999e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  32.68 
 
 		 386 aa  195  9e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  30.41 
 
 		 380 aa  193  6e-48  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  36.13 
 
 		 378 aa  192  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  35.96 
 
 		 382 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3749  extracellular ligand-binding receptor  33.87 
 
 		 374 aa  189  7e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.314564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3030  Extracellular ligand-binding receptor  34.25 
 
 		 374 aa  189  9e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.394704  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  37.23 
 
 		 385 aa  187  3e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 		 370 aa  185  1.0000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1004  Extracellular ligand-binding receptor  32.1 
 
 		 416 aa  183  4.0000000000000006e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  33.71 
 
 		 370 aa  183  4.0000000000000006e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  33.43 
 
 		 370 aa  183  5.0000000000000004e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1033  extracellular ligand-binding receptor  32.1 
 
 		 416 aa  183  6e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.344987  hitchhiker  0.000487812 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  38.86 
 
 		 378 aa  182  1e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  32.7 
 
 		 367 aa  176  6e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  33.68 
 
 		 425 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  33.8 
 
 		 496 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  33.96 
 
 		 395 aa  172  1e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  38.64 
 
 		 382 aa  172  1e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  38.51 
 
 		 382 aa  171  2e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5732  extracellular ligand-binding receptor  33.53 
 
 		 403 aa  171  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588725 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4703  Extracellular ligand-binding receptor  32.18 
 
 		 368 aa  169  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  32.48 
 
 		 368 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0065  Extracellular ligand-binding receptor  35.12 
 
 		 385 aa  165  2.0000000000000002e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0549  extracellular ligand-binding receptor  33.53 
 
 		 384 aa  164  2.0000000000000002e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0807314 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  34.6 
 
 		 373 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0045  extracellular ligand-binding receptor  35.12 
 
 		 385 aa  163  4.0000000000000004e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.406138  normal  0.264074 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0550  extracellular ligand-binding receptor  33.23 
 
 		 383 aa  163  6e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  33.15 
 
 		 377 aa  162  9e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4704  Extracellular ligand-binding receptor  30.88 
 
 		 371 aa  162  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  32.87 
 
 		 377 aa  161  2e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  32.97 
 
 		 497 aa  159  7e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0210  Extracellular ligand-binding receptor  35.92 
 
 		 592 aa  157  3e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.019468 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  32.96 
 
 		 517 aa  157  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0789  extracellular ligand-binding receptor  30.4 
 
 		 383 aa  157  4e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394286  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21341  hypothetical protein  33.77 
 
 		 342 aa  152  8.999999999999999e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.551591 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  30.42 
 
 		 519 aa  152  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  33.14 
 
 		 384 aa  150  5e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  30.43 
 
 		 539 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0681  extracellular ligand-binding receptor  29.89 
 
 		 382 aa  139  7.999999999999999e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.35117  normal  0.336917 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  31.25 
 
 		 512 aa  139  7.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0299  extracellular ligand-binding receptor  30.54 
 
 		 378 aa  139  7.999999999999999e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1879  putative amino acids-binding transmembrane protein  29.92 
 
 		 383 aa  139  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.399388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 		 386 aa  139  1e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1661  hypothetical protein  35.82 
 
 		 430 aa  139  1e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.429909  normal  0.749387 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  30.61 
 
 		 386 aa  138  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3340  Extracellular ligand-binding receptor  31.78 
 
 		 394 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.157564  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.57 
 
 		 392 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  30.4 
 
 		 403 aa  134  3.9999999999999996e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3061  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  31.37 
 
 		 388 aa  132  9e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664691  normal  0.158134 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2080  Extracellular ligand-binding receptor  30.86 
 
 		 383 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2993  Extracellular ligand-binding receptor  32.3 
 
 		 363 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4031  extracellular ligand-binding receptor  29.59 
 
 		 381 aa  130  6e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.2083 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 		 387 aa  128  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2845  extracellular ligand-binding receptor  28.97 
 
 		 388 aa  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2334  Extracellular ligand-binding receptor  28.97 
 
 		 388 aa  126  6e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.10397  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1040  Extracellular ligand-binding receptor  30.46 
 
 		 382 aa  126  7e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.098407 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 		 387 aa  124  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  24.69 
 
 		 389 aa  124  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  26.9 
 
 		 438 aa  122  9e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  29.33 
 
 		 388 aa  121  3e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  25.57 
 
 		 392 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4409  extracellular ligand-binding receptor  26.5 
 
 		 383 aa  118  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2765  extracellular ligand-binding receptor  26.68 
 
 		 408 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.094864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1020  twin-arginine translocation pathway signal  26.99 
 
 		 383 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  26.75 
 
 		 436 aa  114  4.0000000000000004e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  24.66 
 
 		 394 aa  113  5e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0436  Extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 		 379 aa  113  6e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4388  extracellular ligand-binding receptor  29.86 
 
 		 372 aa  113  6e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.861875 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  28.81 
 
 		 434 aa  113  7.000000000000001e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.55 
 
 		 425 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  25.99 
 
 		 398 aa  111  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0358  extracellular ligand-binding receptor  29.14 
 
 		 386 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00342329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4371  extracellular ligand-binding receptor  29.43 
 
 		 391 aa  110  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  27.17 
 
 		 394 aa  110  6e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1452  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  27 
 
 		 458 aa  108  1e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.691281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1617  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 		 384 aa  107  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>