103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3147 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3147  hypothetical protein  100 
 
 		 382 aa  732    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.303514 
 
 
-
 
NC_003296  RS00418  hypothetical protein  60.33 
 
 		 380 aa  414  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.303098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3340  Extracellular ligand-binding receptor  28.32 
 
 		 394 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.157564  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3061  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.13 
 
 		 388 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664691  normal  0.158134 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2993  Extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 		 363 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  28.89 
 
 		 375 aa  127  5e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  25.47 
 
 		 382 aa  120  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2765  extracellular ligand-binding receptor  27.53 
 
 		 408 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.094864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  27.09 
 
 		 385 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  27.09 
 
 		 385 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 		 370 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2392  extracellular ligand-binding receptor  28.13 
 
 		 380 aa  110  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  27.15 
 
 		 370 aa  110  5e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 		 370 aa  110  6e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  26.45 
 
 		 392 aa  107  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  25.53 
 
 		 377 aa  106  6e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1431  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.53 
 
 		 380 aa  106  6e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.21554 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 		 368 aa  102  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 		 384 aa  100  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  28.02 
 
 		 378 aa  99.8  8e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  26.94 
 
 		 385 aa  99  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  24.79 
 
 		 367 aa  99  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2080  Extracellular ligand-binding receptor  28.98 
 
 		 383 aa  99  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  25.23 
 
 		 398 aa  98.2  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 		 373 aa  96.7  6e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  29.5 
 
 		 377 aa  96.3  8e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  23.48 
 
 		 382 aa  95.1  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1020  twin-arginine translocation pathway signal  26.87 
 
 		 383 aa  94.4  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  25.14 
 
 		 379 aa  93.2  7e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1879  putative amino acids-binding transmembrane protein  26.79 
 
 		 383 aa  92.4  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.399388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4388  extracellular ligand-binding receptor  25.68 
 
 		 372 aa  92.4  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.861875 
 
 
-
 
NC_003296  RS03096  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  25.97 
 
 		 386 aa  92  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4703  Extracellular ligand-binding receptor  25.8 
 
 		 368 aa  92  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 		 377 aa  88.2  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4409  extracellular ligand-binding receptor  24.14 
 
 		 383 aa  87.8  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 		 377 aa  87.4  4e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2660  extracellular ligand-binding receptor  27.82 
 
 		 379 aa  86.7  7e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.51037  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4704  Extracellular ligand-binding receptor  24.29 
 
 		 371 aa  86.7  7e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0364  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  25.87 
 
 		 390 aa  83.6  0.000000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.194587 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0045  extracellular ligand-binding receptor  25.47 
 
 		 385 aa  83.2  0.000000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.406138  normal  0.264074 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0768  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 		 380 aa  82.8  0.000000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 		 395 aa  81.6  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  26.53 
 
 		 386 aa  80.9  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0065  Extracellular ligand-binding receptor  25.31 
 
 		 385 aa  80.1  0.00000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4371  extracellular ligand-binding receptor  24.65 
 
 		 391 aa  79.7  0.00000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  26.16 
 
 		 385 aa  79  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  26.57 
 
 		 472 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3030  Extracellular ligand-binding receptor  25.06 
 
 		 374 aa  78.2  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.394704  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5732  extracellular ligand-binding receptor  25.99 
 
 		 403 aa  77.4  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588725 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21341  hypothetical protein  23.42 
 
 		 342 aa  76.6  0.0000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.551591 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1040  Extracellular ligand-binding receptor  26.23 
 
 		 382 aa  76.3  0.0000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.098407 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0789  extracellular ligand-binding receptor  26.42 
 
 		 383 aa  75.9  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394286  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0681  extracellular ligand-binding receptor  24.25 
 
 		 382 aa  75.9  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.35117  normal  0.336917 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3749  extracellular ligand-binding receptor  24.81 
 
 		 374 aa  75.5  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.314564  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  25.15 
 
 		 425 aa  75.1  0.000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0335  Extracellular ligand-binding receptor  24.24 
 
 		 374 aa  72.4  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 		 423 aa  71.6  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0549  extracellular ligand-binding receptor  24.36 
 
 		 384 aa  72  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0807314 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1617  extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 		 384 aa  68.9  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  25.41 
 
 		 378 aa  67.8  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1014  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  24.25 
 
 		 370 aa  65.9  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0676014 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  24.48 
 
 		 408 aa  64.3  0.000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  25.4 
 
 		 480 aa  63.5  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3128  Extracellular ligand-binding receptor  25.42 
 
 		 387 aa  63.5  0.000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151168  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1725  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  27.01 
 
 		 393 aa  61.6  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1690  extracellular ligand-binding receptor  27.53 
 
 		 382 aa  60.8  0.00000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.783096  normal  0.235233 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  21.52 
 
 		 394 aa  60.1  0.00000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1004  Extracellular ligand-binding receptor  20.29 
 
 		 416 aa  60.1  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1033  extracellular ligand-binding receptor  20.29 
 
 		 416 aa  59.3  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.344987  hitchhiker  0.000487812 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4031  extracellular ligand-binding receptor  23.18 
 
 		 381 aa  58.9  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.2083 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2845  extracellular ligand-binding receptor  24.42 
 
 		 388 aa  56.2  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2334  Extracellular ligand-binding receptor  24.42 
 
 		 388 aa  55.8  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.10397  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0299  extracellular ligand-binding receptor  22.56 
 
 		 378 aa  55.5  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0550  extracellular ligand-binding receptor  23.84 
 
 		 383 aa  55.5  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  23.22 
 
 		 517 aa  54.7  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  20.5 
 
 		 398 aa  54.3  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  24.32 
 
 		 497 aa  53.9  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.66 
 
 		 425 aa  53.9  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0436  Extracellular ligand-binding receptor  24.36 
 
 		 379 aa  52.8  0.000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  23.78 
 
 		 407 aa  51.6  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0707  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 382 aa  51.6  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  23.69 
 
 		 386 aa  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  36.44 
 
 		 382 aa  49.3  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  23.66 
 
 		 404 aa  49.3  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  40.79 
 
 		 382 aa  48.9  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3157  Extracellular ligand-binding receptor  28.79 
 
 		 362 aa  48.5  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  22.58 
 
 		 394 aa  48.5  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  22.22 
 
 		 403 aa  47.8  0.0003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3484  putative Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  28.03 
 
 		 362 aa  47.4  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.705117  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  20.62 
 
 		 406 aa  47  0.0005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  22.25 
 
 		 386 aa  45.4  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  23.43 
 
 		 392 aa  46.2  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1559  Extracellular ligand-binding receptor  23.12 
 
 		 386 aa  46.2  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3633  Extracellular ligand-binding receptor  26.39 
 
 		 402 aa  45.8  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2250  twin-arginine translocation pathway signal  38.89 
 
 		 381 aa  45.1  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  22.41 
 
 		 496 aa  45.1  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1798  extracellular ligand-binding receptor  23.46 
 
 		 402 aa  44.7  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.637603  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 411 aa  44.7  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  21.9 
 
 		 519 aa  44.3  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  20.28 
 
 		 410 aa  44.3  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>