109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3157 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3157  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 362 aa  727    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3484  putative Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  99.17 
 
 		 362 aa  725    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.705117  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3285  putative Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  78.63 
 
 		 365 aa  572  1.0000000000000001e-162  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.475932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3475  putative ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  52.37 
 
 		 392 aa  306  3e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3324  putative ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  50.59 
 
 		 379 aa  299  4e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  28.81 
 
 		 385 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  28.81 
 
 		 385 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 		 398 aa  103  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03096  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  28.83 
 
 		 386 aa  99.4  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  27.98 
 
 		 377 aa  96.7  5e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 		 392 aa  95.1  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  28.95 
 
 		 368 aa  93.2  7e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2031  twin-arginine translocation pathway signal  26.83 
 
 		 382 aa  92.8  8e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.229724  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  29.12 
 
 		 379 aa  92.8  8e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3061  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.96 
 
 		 388 aa  89.4  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664691  normal  0.158134 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4031  extracellular ligand-binding receptor  27.45 
 
 		 381 aa  89.4  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.2083 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  26.89 
 
 		 385 aa  88.2  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1879  putative amino acids-binding transmembrane protein  25.07 
 
 		 383 aa  87.8  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.399388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  27.85 
 
 		 378 aa  87  5e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1040  Extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 		 382 aa  86.7  6e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.098407 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2250  twin-arginine translocation pathway signal  26.63 
 
 		 381 aa  84.7  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3340  Extracellular ligand-binding receptor  29.25 
 
 		 394 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.157564  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  27.66 
 
 		 386 aa  82.4  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2993  Extracellular ligand-binding receptor  29.25 
 
 		 363 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2080  Extracellular ligand-binding receptor  26.24 
 
 		 383 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2208  twin-arginine translocation pathway signal  24.85 
 
 		 384 aa  79.3  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0335  Extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 		 374 aa  79.3  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0768  extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 		 380 aa  78.6  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  26.46 
 
 		 382 aa  76.6  0.0000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  25.49 
 
 		 375 aa  75.9  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3030  Extracellular ligand-binding receptor  27.39 
 
 		 374 aa  75.9  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.394704  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3749  extracellular ligand-binding receptor  27.39 
 
 		 374 aa  75.1  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.314564  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 		 385 aa  75.1  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5732  extracellular ligand-binding receptor  26.1 
 
 		 403 aa  75.1  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588725 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  27.72 
 
 		 382 aa  72.8  0.000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  26.4 
 
 		 377 aa  72.8  0.000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  26.5 
 
 		 370 aa  73.2  0.000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  28.13 
 
 		 373 aa  72  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  25.91 
 
 		 367 aa  72.4  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  27.46 
 
 		 382 aa  72  0.00000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  26.4 
 
 		 377 aa  72.4  0.00000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0065  Extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 		 385 aa  71.6  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  26.23 
 
 		 370 aa  71.6  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0549  extracellular ligand-binding receptor  25.29 
 
 		 384 aa  70.9  0.00000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0807314 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2374  twin-arginine translocation pathway signal  27.3 
 
 		 377 aa  70.5  0.00000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1484  twin-arginine translocation pathway signal  27.3 
 
 		 352 aa  70.5  0.00000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0045  extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 		 385 aa  70.1  0.00000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.406138  normal  0.264074 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  24.41 
 
 		 386 aa  69.7  0.00000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0299  extracellular ligand-binding receptor  23.84 
 
 		 378 aa  69.7  0.00000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  25.63 
 
 		 384 aa  69.3  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 370 aa  67.8  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4409  extracellular ligand-binding receptor  23.85 
 
 		 383 aa  66.2  0.0000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0707  extracellular ligand-binding receptor  27.6 
 
 		 382 aa  65.5  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142871  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  27.46 
 
 		 395 aa  65.5  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  26.68 
 
 		 411 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2845  extracellular ligand-binding receptor  28.46 
 
 		 388 aa  64.3  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  25.89 
 
 		 388 aa  64.7  0.000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2334  Extracellular ligand-binding receptor  28.46 
 
 		 388 aa  63.9  0.000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.10397  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0436  Extracellular ligand-binding receptor  25.08 
 
 		 379 aa  63.5  0.000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0681  extracellular ligand-binding receptor  25.98 
 
 		 382 aa  61.6  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.35117  normal  0.336917 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1431  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  23.99 
 
 		 380 aa  61.2  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.21554 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  25.68 
 
 		 411 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1126  extracellular ligand-binding receptor  24.72 
 
 		 372 aa  60.8  0.00000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.293075 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4704  Extracellular ligand-binding receptor  25.87 
 
 		 371 aa  61.2  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1690  extracellular ligand-binding receptor  23.96 
 
 		 382 aa  60.5  0.00000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.783096  normal  0.235233 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0550  extracellular ligand-binding receptor  27.67 
 
 		 383 aa  60.5  0.00000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  23.92 
 
 		 382 aa  59.7  0.00000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  28.76 
 
 		 480 aa  59.7  0.00000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4388  extracellular ligand-binding receptor  23.51 
 
 		 372 aa  59.7  0.00000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.861875 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4703  Extracellular ligand-binding receptor  25.29 
 
 		 368 aa  59.7  0.00000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  24.92 
 
 		 378 aa  58.5  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3128  Extracellular ligand-binding receptor  26.38 
 
 		 387 aa  58.5  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151168  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0364  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  24.35 
 
 		 390 aa  57.8  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.194587 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0210  Extracellular ligand-binding receptor  31.85 
 
 		 592 aa  57.8  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.019468 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 408 aa  57.4  0.0000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2392  extracellular ligand-binding receptor  23.54 
 
 		 380 aa  56.6  0.0000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  27.16 
 
 		 386 aa  55.8  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  26.38 
 
 		 472 aa  55.1  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1617  extracellular ligand-binding receptor  25.22 
 
 		 384 aa  54.3  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 		 423 aa  54.3  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  23.38 
 
 		 377 aa  53.5  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  28.32 
 
 		 386 aa  53.5  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2765  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 408 aa  53.1  0.000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.094864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0789  extracellular ligand-binding receptor  25.74 
 
 		 383 aa  53.5  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394286  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1661  hypothetical protein  25.69 
 
 		 430 aa  52.8  0.000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.429909  normal  0.749387 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  24.86 
 
 		 519 aa  52  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  22.77 
 
 		 389 aa  51.2  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.544878  normal  0.0284097 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2660  extracellular ligand-binding receptor  31.15 
 
 		 379 aa  49.3  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.51037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  22.9 
 
 		 387 aa  48.9  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3147  hypothetical protein  28.79 
 
 		 382 aa  48.1  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.303514 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1020  twin-arginine translocation pathway signal  22.41 
 
 		 383 aa  48.5  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  25.51 
 
 		 517 aa  48.1  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0953  extracellular ligand-binding receptor  25.15 
 
 		 426 aa  48.1  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  30.58 
 
 		 386 aa  47.4  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  22.22 
 
 		 387 aa  47  0.0005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0718  Extracellular ligand-binding receptor  25.16 
 
 		 412 aa  47  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  23.03 
 
 		 425 aa  44.7  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  23.89 
 
 		 539 aa  44.7  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  25.67 
 
 		 409 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1033  extracellular ligand-binding receptor  26.92 
 
 		 416 aa  44.3  0.003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.344987  hitchhiker  0.000487812 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>