74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3475 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_3475  putative ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  100 
 
 		 392 aa  773    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3324  putative ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  74.7 
 
 		 379 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3285  putative Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  51.1 
 
 		 365 aa  315  9.999999999999999e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.475932  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3157  Extracellular ligand-binding receptor  52.37 
 
 		 362 aa  306  4.0000000000000004e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3484  putative Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  51.78 
 
 		 362 aa  305  8.000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.705117  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  27.64 
 
 		 375 aa  75.5  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2208  twin-arginine translocation pathway signal  26.63 
 
 		 384 aa  75.9  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3030  Extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 		 374 aa  73.2  0.000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.394704  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2031  twin-arginine translocation pathway signal  25.81 
 
 		 382 aa  72.8  0.000000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.229724  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5732  extracellular ligand-binding receptor  26.94 
 
 		 403 aa  72  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588725 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3749  extracellular ligand-binding receptor  27.06 
 
 		 374 aa  72  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.314564  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0335  Extracellular ligand-binding receptor  28.16 
 
 		 374 aa  70.5  0.00000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  25.37 
 
 		 398 aa  69.7  0.00000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  25.49 
 
 		 385 aa  69.3  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1040  Extracellular ligand-binding receptor  27.48 
 
 		 382 aa  69.3  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.098407 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  25.49 
 
 		 385 aa  69.3  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  26.29 
 
 		 385 aa  67.4  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0065  Extracellular ligand-binding receptor  25.39 
 
 		 385 aa  66.6  0.0000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  26.78 
 
 		 392 aa  66.2  0.0000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2250  twin-arginine translocation pathway signal  25.64 
 
 		 381 aa  66.2  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0789  extracellular ligand-binding receptor  26.54 
 
 		 383 aa  65.5  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394286  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  25.34 
 
 		 367 aa  65.9  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0045  extracellular ligand-binding receptor  25.39 
 
 		 385 aa  64.7  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.406138  normal  0.264074 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  24.48 
 
 		 379 aa  64.7  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1879  putative amino acids-binding transmembrane protein  26.01 
 
 		 383 aa  63.9  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.399388  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03096  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  25.82 
 
 		 386 aa  62.4  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  27.35 
 
 		 368 aa  62.4  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 		 378 aa  62.8  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  26.94 
 
 		 385 aa  61.6  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  25.61 
 
 		 370 aa  61.2  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  25.61 
 
 		 370 aa  60.8  0.00000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 		 386 aa  59.7  0.00000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0550  extracellular ligand-binding receptor  28.4 
 
 		 383 aa  57.4  0.0000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4704  Extracellular ligand-binding receptor  24.42 
 
 		 371 aa  57  0.0000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0681  extracellular ligand-binding receptor  25.26 
 
 		 382 aa  56.6  0.0000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.35117  normal  0.336917 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  24.66 
 
 		 373 aa  56.6  0.0000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2374  twin-arginine translocation pathway signal  25.45 
 
 		 377 aa  56.2  0.0000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1484  twin-arginine translocation pathway signal  25.76 
 
 		 352 aa  55.8  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  24.38 
 
 		 377 aa  56.2  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4409  extracellular ligand-binding receptor  23.78 
 
 		 383 aa  56.2  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  24.38 
 
 		 377 aa  55.5  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3061  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  24.18 
 
 		 388 aa  53.9  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664691  normal  0.158134 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3128  Extracellular ligand-binding receptor  27.4 
 
 		 387 aa  53.5  0.000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151168  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0549  extracellular ligand-binding receptor  25.84 
 
 		 384 aa  52.4  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0807314 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1690  extracellular ligand-binding receptor  24.34 
 
 		 382 aa  52.8  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.783096  normal  0.235233 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  22.45 
 
 		 386 aa  51.6  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  22.63 
 
 		 370 aa  51.6  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2080  Extracellular ligand-binding receptor  25.54 
 
 		 383 aa  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0768  extracellular ligand-binding receptor  27 
 
 		 380 aa  51.2  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21341  hypothetical protein  24.84 
 
 		 342 aa  51.2  0.00003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.551591 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3340  Extracellular ligand-binding receptor  23.99 
 
 		 394 aa  50.4  0.00006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.157564  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1431  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  24.38 
 
 		 380 aa  50.1  0.00008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.21554 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  25.15 
 
 		 386 aa  49.7  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0707  extracellular ligand-binding receptor  25.1 
 
 		 382 aa  48.5  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142871  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 		 395 aa  48.9  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2660  extracellular ligand-binding receptor  31.5 
 
 		 379 aa  48.1  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.51037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0299  extracellular ligand-binding receptor  24.02 
 
 		 378 aa  47.8  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 		 382 aa  47.4  0.0004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4031  extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 		 381 aa  47.4  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.2083 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  26.45 
 
 		 382 aa  47  0.0006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  26.25 
 
 		 472 aa  45.8  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1559  Extracellular ligand-binding receptor  29.17 
 
 		 386 aa  46.2  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2392  extracellular ligand-binding receptor  24.51 
 
 		 380 aa  46.2  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  23.74 
 
 		 382 aa  45.1  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1617  extracellular ligand-binding receptor  22.04 
 
 		 384 aa  45.1  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4703  Extracellular ligand-binding receptor  25.67 
 
 		 368 aa  45.4  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  26.25 
 
 		 411 aa  44.7  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2993  Extracellular ligand-binding receptor  23.65 
 
 		 363 aa  44.7  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  23.46 
 
 		 382 aa  44.7  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  25.94 
 
 		 411 aa  43.5  0.006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  24.37 
 
 		 378 aa  43.5  0.007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1661  hypothetical protein  29.86 
 
 		 430 aa  43.1  0.008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.429909  normal  0.749387 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1014  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  25.35 
 
 		 370 aa  43.1  0.009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0676014 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4371  extracellular ligand-binding receptor  23.38 
 
 		 391 aa  42.7  0.01  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>