More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1559 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1559  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 386 aa  778    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4127  extracellular ligand-binding receptor  40.62 
 
 		 400 aa  265  1e-69  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.515914  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.45 
 
 		 380 aa  166  5e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  31.4 
 
 		 389 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  29.26 
 
 		 385 aa  163  6e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  31.02 
 
 		 380 aa  161  2e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  28.72 
 
 		 379 aa  155  8e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.95 
 
 		 378 aa  155  1e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  29.55 
 
 		 379 aa  155  1e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1404  Extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 		 383 aa  154  2e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11568  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  29.64 
 
 		 379 aa  150  3e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  30.71 
 
 		 379 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  29.4 
 
 		 379 aa  145  9e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  28.07 
 
 		 379 aa  145  2e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  28.45 
 
 		 380 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  29.06 
 
 		 399 aa  137  4e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1478  Extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 		 405 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  28.31 
 
 		 382 aa  132  7.999999999999999e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0378  extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 		 396 aa  132  7.999999999999999e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.432032 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 		 383 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  26.7 
 
 		 394 aa  127  3e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 		 393 aa  126  6e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  27.12 
 
 		 379 aa  125  1e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  26.24 
 
 		 379 aa  125  1e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  27.6 
 
 		 393 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  26.03 
 
 		 392 aa  122  9.999999999999999e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  24.8 
 
 		 394 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2502  Extracellular ligand-binding receptor  30.89 
 
 		 400 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4434  extracellular ligand-binding receptor  33.48 
 
 		 378 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2607  Extracellular ligand-binding receptor  27.17 
 
 		 372 aa  119  9e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  30.71 
 
 		 376 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4797  extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 		 381 aa  117  3.9999999999999997e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.863571  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  29.36 
 
 		 385 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  29.36 
 
 		 385 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2397  extracellular ligand-binding receptor  29.32 
 
 		 372 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.285564  normal  0.778884 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  27.88 
 
 		 394 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  26.55 
 
 		 381 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  29.7 
 
 		 398 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0612  high-affinity branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid-binding protein  29.39 
 
 		 371 aa  113  7.000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  25.41 
 
 		 381 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3577  extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 		 412 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.85 
 
 		 376 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.2 
 
 		 395 aa  110  6e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  29.34 
 
 		 382 aa  109  9.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  31.25 
 
 		 382 aa  108  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  25.2 
 
 		 381 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  29.72 
 
 		 374 aa  107  4e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  26.96 
 
 		 402 aa  107  4e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 		 381 aa  106  7e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  32 
 
 		 397 aa  105  1e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0893  extracellular ligand-binding receptor  26.17 
 
 		 396 aa  105  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  28.11 
 
 		 382 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  25.61 
 
 		 394 aa  104  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  29.16 
 
 		 382 aa  105  2e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3906  Extracellular ligand-binding receptor  30.95 
 
 		 386 aa  105  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3793  Extracellular ligand-binding receptor  30.95 
 
 		 386 aa  105  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.15379 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.88 
 
 		 388 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  27.74 
 
 		 379 aa  105  2e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.17 
 
 		 382 aa  103  4e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  31.25 
 
 		 376 aa  103  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  27.63 
 
 		 382 aa  103  6e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.04 
 
 		 396 aa  102  9e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  31.17 
 
 		 388 aa  102  9e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  30.2 
 
 		 382 aa  101  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  25.47 
 
 		 404 aa  101  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  25.33 
 
 		 383 aa  100  4e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1429  Extracellular ligand-binding receptor  25.58 
 
 		 386 aa  100  4e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0505624  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4013  extracellular ligand-binding receptor  29.2 
 
 		 391 aa  100  5e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00118971  normal  0.173861 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  25.94 
 
 		 404 aa  99.4  9e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0612  extracellular ligand-binding receptor  25.42 
 
 		 412 aa  99.4  9e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  25.94 
 
 		 404 aa  99.4  1e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01985  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.21 
 
 		 386 aa  98.2  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.222636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  28.88 
 
 		 396 aa  98.6  2e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 		 382 aa  98.2  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 		 379 aa  98.2  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4331  extracellular ligand-binding receptor  26.25 
 
 		 373 aa  98.6  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  27.27 
 
 		 392 aa  98.6  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  28.22 
 
 		 384 aa  97.8  3e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  25.92 
 
 		 405 aa  97.8  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3208  Extracellular ligand-binding receptor  28.74 
 
 		 376 aa  97.8  3e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  29.08 
 
 		 383 aa  97.8  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  32.11 
 
 		 411 aa  97.1  4e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  32.29 
 
 		 385 aa  96.7  7e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  24.76 
 
 		 419 aa  96.3  8e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.49 
 
 		 385 aa  95.9  9e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 		 386 aa  95.9  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  27.62 
 
 		 390 aa  95.5  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  26.99 
 
 		 392 aa  95.9  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  25.98 
 
 		 383 aa  95.5  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  25.36 
 
 		 373 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  28.21 
 
 		 394 aa  95.5  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.39 
 
 		 405 aa  95.1  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  33 
 
 		 381 aa  95.1  2e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  26.23 
 
 		 384 aa  94.4  3e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  29.45 
 
 		 390 aa  94.4  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 		 377 aa  94.4  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0398  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26.37 
 
 		 391 aa  94.7  3e-18  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000849541  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  28.16 
 
 		 383 aa  94  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 		 385 aa  94  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  25.64 
 
 		 373 aa  94  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>