More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0752 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 405 aa  830    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  75.84 
 
 		 395 aa  622  1e-177  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  69.49 
 
 		 406 aa  585  1e-166  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  71.16 
 
 		 406 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  66.59 
 
 		 415 aa  584  1.0000000000000001e-165  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0583  Extracellular ligand-binding receptor  70.53 
 
 		 406 aa  577  1e-164  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.981919  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  59.22 
 
 		 410 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  57.46 
 
 		 404 aa  476  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  58.73 
 
 		 407 aa  476  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  57.74 
 
 		 410 aa  466  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.112312 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  57.11 
 
 		 409 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  55.36 
 
 		 409 aa  463  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  59.04 
 
 		 410 aa  464  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  57.37 
 
 		 409 aa  463  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  55.25 
 
 		 410 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  56.03 
 
 		 409 aa  454  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  56.43 
 
 		 411 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  55.64 
 
 		 410 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  52.11 
 
 		 407 aa  441  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  53.42 
 
 		 418 aa  441  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  54.62 
 
 		 411 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1842  hypothetical protein  53.13 
 
 		 405 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  53.39 
 
 		 435 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  54.35 
 
 		 411 aa  434  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0352  extracellular ligand-binding receptor  52.89 
 
 		 410 aa  431  1e-120  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115416  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  54.11 
 
 		 411 aa  430  1e-119  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4000  Extracellular ligand-binding receptor  54.07 
 
 		 403 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4244  Extracellular ligand-binding receptor  52.43 
 
 		 411 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  50 
 
 		 401 aa  410  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4823  extracellular ligand-binding receptor  53.98 
 
 		 437 aa  407  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.615465 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4684  extracellular ligand-binding receptor  51.04 
 
 		 406 aa  403  1e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  51.58 
 
 		 406 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  51.32 
 
 		 406 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3265  twin-arginine translocation pathway signal  45.48 
 
 		 407 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.125818  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  51.03 
 
 		 407 aa  390  1e-107  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  47.73 
 
 		 402 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  47.22 
 
 		 400 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  48.33 
 
 		 406 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3633  Extracellular ligand-binding receptor  45.09 
 
 		 402 aa  345  1e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  44.19 
 
 		 406 aa  345  1e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  44.74 
 
 		 406 aa  342  9e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0801  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  43.81 
 
 		 409 aa  341  1e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.0350726 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  43.56 
 
 		 399 aa  315  7e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  40.69 
 
 		 412 aa  298  1e-79  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4713  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  35.28 
 
 		 414 aa  201  9.999999999999999e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.656767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  32.03 
 
 		 438 aa  177  2e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  31.45 
 
 		 441 aa  176  9e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  29.67 
 
 		 434 aa  156  8e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  30.82 
 
 		 436 aa  147  5e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  27.35 
 
 		 415 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  29.24 
 
 		 480 aa  120  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  27.38 
 
 		 386 aa  116  6e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  26.55 
 
 		 408 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  27.05 
 
 		 392 aa  114  3e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.27 
 
 		 425 aa  114  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  29.89 
 
 		 375 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  28.1 
 
 		 377 aa  107  4e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 		 387 aa  107  5e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  27.38 
 
 		 407 aa  105  1e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 		 389 aa  104  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  24.74 
 
 		 378 aa  104  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 		 382 aa  103  7e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  26.22 
 
 		 472 aa  103  8e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  25.55 
 
 		 387 aa  101  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 		 386 aa  101  3e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  25.86 
 
 		 379 aa  100  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  24.22 
 
 		 388 aa  100  6e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  25.15 
 
 		 423 aa  99  1e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  26.57 
 
 		 385 aa  97.4  3e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2993  Extracellular ligand-binding receptor  27.78 
 
 		 363 aa  97.8  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3340  Extracellular ligand-binding receptor  28.83 
 
 		 394 aa  97.4  4e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.157564  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  25.89 
 
 		 385 aa  96.3  9e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  25.89 
 
 		 385 aa  95.9  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  25.76 
 
 		 401 aa  94.4  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 		 403 aa  94  4e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  26.5 
 
 		 425 aa  93.6  6e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  26.4 
 
 		 368 aa  92.8  9e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  23.95 
 
 		 380 aa  91.7  2e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  25.76 
 
 		 398 aa  91.7  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3061  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.24 
 
 		 388 aa  89  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664691  normal  0.158134 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  25.08 
 
 		 377 aa  88.2  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.92 
 
 		 403 aa  86.7  7e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0479  extracellular ligand-binding receptor  25.56 
 
 		 390 aa  86.7  7e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26.12 
 
 		 519 aa  85.9  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  25.33 
 
 		 394 aa  85.9  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  27.44 
 
 		 384 aa  85.1  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.24 
 
 		 392 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5667  putative Leu/Ile/Val/Thr-binding protein precursor; putative signal peptide  28.49 
 
 		 447 aa  84  0.000000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0210  Extracellular ligand-binding receptor  29.28 
 
 		 592 aa  83.2  0.000000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.019468 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4127  extracellular ligand-binding receptor  30.04 
 
 		 400 aa  83.2  0.000000000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.515914  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 		 377 aa  82.8  0.000000000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2334  Extracellular ligand-binding receptor  23.82 
 
 		 388 aa  82.8  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.10397  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2845  extracellular ligand-binding receptor  23.82 
 
 		 388 aa  82.8  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 		 377 aa  82.8  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  26.63 
 
 		 398 aa  82  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  26.38 
 
 		 385 aa  82  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  24.43 
 
 		 370 aa  82  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  23.35 
 
 		 411 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0299  extracellular ligand-binding receptor  23.81 
 
 		 378 aa  82  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  23.89 
 
 		 399 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>