More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1898 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  91.48 
 
 		 411 aa  772    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  93.67 
 
 		 411 aa  768    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 411 aa  840    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  68.91 
 
 		 411 aa  586  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  67.5 
 
 		 407 aa  575  1.0000000000000001e-163  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  67.01 
 
 		 410 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  68.92 
 
 		 404 aa  573  1.0000000000000001e-162  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  64.29 
 
 		 410 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  68.24 
 
 		 410 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  68.5 
 
 		 407 aa  563  1.0000000000000001e-159  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  67.36 
 
 		 410 aa  559  1e-158  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  66.49 
 
 		 409 aa  556  1e-157  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  67.01 
 
 		 409 aa  553  1e-156  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  66.58 
 
 		 409 aa  546  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  61.5 
 
 		 409 aa  535  1e-151  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  59.02 
 
 		 418 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  58.73 
 
 		 435 aa  510  1e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  61.1 
 
 		 410 aa  510  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.112312 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0352  extracellular ligand-binding receptor  60.1 
 
 		 410 aa  506  9.999999999999999e-143  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115416  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4244  Extracellular ligand-binding receptor  59.09 
 
 		 411 aa  485  1e-136  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1842  hypothetical protein  57.79 
 
 		 405 aa  482  1e-135  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  56.27 
 
 		 406 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  58.7 
 
 		 395 aa  479  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  56.03 
 
 		 415 aa  475  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  57.48 
 
 		 406 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0583  Extracellular ligand-binding receptor  57.07 
 
 		 406 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.981919  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4000  Extracellular ligand-binding receptor  57.89 
 
 		 403 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  54.81 
 
 		 401 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  54.38 
 
 		 405 aa  434  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  55.67 
 
 		 406 aa  434  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  55.15 
 
 		 406 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4684  extracellular ligand-binding receptor  55.09 
 
 		 406 aa  428  1e-119  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3265  twin-arginine translocation pathway signal  49.75 
 
 		 407 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.125818  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  52.7 
 
 		 400 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  52.45 
 
 		 407 aa  412  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4823  extracellular ligand-binding receptor  53.23 
 
 		 437 aa  410  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.615465 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  48.63 
 
 		 402 aa  404  1e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  47.38 
 
 		 406 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  47.62 
 
 		 406 aa  378  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  47.98 
 
 		 406 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  46.29 
 
 		 399 aa  363  3e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0801  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  46.52 
 
 		 409 aa  359  4e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.0350726 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3633  Extracellular ligand-binding receptor  43.62 
 
 		 402 aa  347  3e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  39.07 
 
 		 412 aa  314  9.999999999999999e-85  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4713  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  34.47 
 
 		 414 aa  201  1.9999999999999998e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.656767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  32.72 
 
 		 438 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  37.36 
 
 		 434 aa  180  4e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  30.24 
 
 		 441 aa  171  2e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  28.91 
 
 		 415 aa  164  3e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 		 436 aa  159  1e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  25.32 
 
 		 480 aa  125  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 		 408 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  28.7 
 
 		 386 aa  115  2.0000000000000002e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25 
 
 		 425 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  24.94 
 
 		 407 aa  114  3e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  24.59 
 
 		 411 aa  113  6e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  24.09 
 
 		 472 aa  113  8.000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  28.34 
 
 		 382 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  24.25 
 
 		 423 aa  110  6e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  25.69 
 
 		 392 aa  108  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  26.53 
 
 		 394 aa  107  3e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 		 380 aa  107  4e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 		 378 aa  107  5e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  28.28 
 
 		 403 aa  107  6e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 		 411 aa  105  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 386 aa  105  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  26.69 
 
 		 377 aa  103  5e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  24.85 
 
 		 386 aa  103  5e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  27.16 
 
 		 375 aa  101  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  23.86 
 
 		 398 aa  101  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  28.95 
 
 		 401 aa  100  5e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  26.9 
 
 		 377 aa  100  6e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  27.76 
 
 		 385 aa  99.4  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  27.76 
 
 		 385 aa  99.4  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  22.92 
 
 		 386 aa  98.6  2e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 		 387 aa  97.4  4e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  23.37 
 
 		 379 aa  96.7  7e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  28.85 
 
 		 389 aa  94.7  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  26.79 
 
 		 384 aa  95.1  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.93 
 
 		 392 aa  95.1  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  29.37 
 
 		 519 aa  94.4  4e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26.3 
 
 		 517 aa  94.4  4e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  27.09 
 
 		 496 aa  93.6  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  25.3 
 
 		 370 aa  93.6  6e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  23.71 
 
 		 389 aa  92.4  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  25.9 
 
 		 387 aa  92.8  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 370 aa  92.8  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 		 367 aa  92.4  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  26.52 
 
 		 388 aa  91.7  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  24.92 
 
 		 388 aa  91.7  2e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  24.25 
 
 		 368 aa  92  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0210  Extracellular ligand-binding receptor  26.79 
 
 		 592 aa  91.7  2e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.019468 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  26.27 
 
 		 539 aa  91.3  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 370 aa  90.5  5e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  23.8 
 
 		 373 aa  90.5  5e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  24.53 
 
 		 377 aa  90.1  6e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  30.74 
 
 		 389 aa  90.1  6e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  24.53 
 
 		 377 aa  89.7  8e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 		 382 aa  89  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  29.85 
 
 		 376 aa  89.4  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>